孫家鼐不再信任康有為，他以為康有為通過梁啟超的表白不過是惺惺作態，不值得注意。他按照自己的意誌安排著京師大學堂的人事，主持著各項工作。大致上說，在那短短的時間裏，進展還是比較順利的。8月9日，孫家鼐向清廷報告了進展情形，並就若幹未決事項請求進一步指示。
關於專業及課程設置。孫家鼐建議在大學堂內設立仕學院，專門招收那些進士、舉人出身的京官，這些京官既有科甲出身，對中國傳統學問當已通曉。因此不必再為他們設置中國傳統文化方麵的基礎課程，重點放在西方近代以來的各種專門之學。這樣就可以使他們在比較短的時間裏補充實際工作進程中所需要的新學問。這大概類似於後來的幹部進修班，在職培訓：仕而優則學，以期經濟博通。
除了幹部進修之類補習班外，大學堂普通班還存在著學生出路問題。孫家鼐建議，凡大學堂肄業生，其已授有職務者，由管學大臣出具考語，然後由朝廷各就所長予以提拔使用；其作為進士之學生，亦由管學大臣嚴核品學，請旨錄用。擬采取湖北巡撫譚繼洵的建議，學政治者歸吏部，學商務、礦務者歸戶部，學法律者歸刑部，學兵製者歸兵部及水陸軍營，學製造者歸工部及各製造局，學語言文字、公法者歸總理衙門及使館參隨，終身遷轉不出本衙門，以便使他們所學與所用相符，成為各個領域中的專門人才。在這項考評分配中，不難看出，管學大臣的權力不僅大，且非常有含量，每一個學生都必須經過他這一關。這才是真正的校長。
關於大學堂的中西學分科，當時也有一些爭論。孫家鼐建議分門不宜太多，每門之下可再設子目，仿往昔科舉體製下專經之例。至於學生能夠學習幾門學科，應該由學生根據自己的能力與興趣進行選報。孫家鼐建議，宋明理學不必單獨設科，可附在經學之下為一門；諸子、文學雷同理學，亦不必各自專立一門，子書中有關政治、經學的內容，可附入政治、經學專門。至於大學堂在最初規劃中準備設立兵學一門，現在從各方麵反映及各國經驗看，似乎將兵學附在大學堂之中不太合適，建議參照各國慣例由總理衙門考慮創設專門的武備學堂，所以大學堂不再設立兵學一門。
關於大學堂畢業生的名分，一直存在很多爭論，主要爭論之點就是大學堂畢業生是否要向科舉體製靠攏。清政府過去曾規定小學堂、中學堂、大學堂肄業生卒業後依次領取生員、舉人、進士等學位，在國家鼓勵人才時，原可不惜破格之獎，但冒充濫發等弊端似乎也非常嚴重，假學曆假文憑似乎也非常嚴重。鑒於這種情況，孫家鼐建議政府似宜於鼓勵之中仍示限製，由相關部門製定數額與考核的具體標準，以便把握和控製。
鑒於康有為版本的大學堂章程中總教習職權引發的爭執，孫家鼐建議分設中文總教習與西文總教習。西文總教習負責大學堂西學的總體設計及執行，並設西文分教習具體負責。如果政府同意設立西文總教習這一職務，孫家鼐鄭重推薦美國傳教士丁韙良擔任。丁韙良是當時首屈一指的中國通，1865年開始擔任同文館教習，1869年至1894年任總教習，具有非常豐富的教育經驗，對於西學的引進與傳播做出了巨大貢獻，是西文總教習最合適的人選。清政府稍後接受了這個建議，聘請丁韙良出任京師大學堂總教習。孫家鼐：《孫家鼐奏覆籌辦大學堂情形折》，《北京大學史料》卷一，第48頁。
孫家鼐的這些建議對於京師大學堂的發展起到過重要作用，也是他指導一大批專門人才比較深入研究了東西洋各國成功經驗後的心得，因此獲得清廷的重視，京師大學堂的籌建由此獲得迅速推進。至1898年秋，盡管中國政治發生了巨大轉折，但京師大學堂並沒有因此受到太大影響，因而許多學者鹹稱京師大學堂是戊戌年政治變革留下的唯一紀念品。
由孫家鼐主導的京師大學堂在迅速發展，但在籌建過程中依然潛藏著兩個派係之間的較勁和衝突。這些衝突很難說是新與舊，但要說是權力的衝突、利益的衝突，可能還比較接近曆史的真實。