然而，當孫家鼐看到梁啟超根據康有為的意思擬定的大學堂章程中關於總教習權力規定時，不禁勃然大怒。
根據梁啟超的擬定，總教習擁有大學堂事務的全部權力，清廷命官管學大臣反而成為擺設和象征。對於這樣的權力結構，管學大臣孫家鼐不憤怒肯定是不正常的，他相信張狂的康有為和梁啟超之所以這樣設計完全是別有用心，居心叵測。孫家鼐的憤怒引出很多新問題，甚至在很大程度上深刻影響了1898年中國政治走向。
或許是康有為覺得自己這樣做可能有點過分了，開始意識到理虧；或許此時正當紅的康有為對其他更高職務的獲得抱有期待；或許由於康有為在其他許多事務比如《時務報》的歸屬等問題上還必須有求於孫家鼐。馬勇：《近代中國知識分子的悲劇——試論〈時務報〉內訌》，《安徽史學》2006年第一期；《維新運動中的“生意人”——〈時務報〉控製權爭奪史》，《傳記文學》2010年第六、七期。總而言之，當他獲悉孫家鼐的憤怒後，遂委梁啟超轉告孫家鼐，表示他康有為自己決不會插手大學堂任何事務，以此化解孫家鼐的心結，然而這一切都晚了，來不及了。《康南海自編年譜》，第48頁。
如果僅就政治觀點而言，孫家鼐不僅是當時比較有學識的開明官僚，而且是當時最具維新思想的大員之一，所以當京師大學堂開辦之初，清廷就將這一重任交給了孫家鼐以管學大臣的身份全權負責。現在被康有為這樣一攪和，孫家鼐的情緒肯定受到莫大影響。康有為通過梁啟超的聲明和表白，無法挽回孫家鼐對其信任。原本具有非常強烈維新思想的孫家鼐竟然被康有為推向反對的一派，而且越來越強烈。
也就是說，作為管學大臣，孫家鼐肯定先前就知道康有為的學術傾向和政治傾向，隻是在他們惺惺相惜關係比較友好時，孫家鼐對康有為思想傾向、學術傾向中的問題不太計較，所有差異似乎都可忽略不計。但是，現在既然已經反目成仇，這些原本可以忽略不計的問題卻成了大問題。而且，從孫家鼐身份、地位來說，他雖然惱怒梁啟超的大學堂製度設計，但這個話題實在無法提上台麵，於是事情的發展迫使孫家鼐從學術上去封殺康有為。
7月17日，也即梁啟超擬定的京師大學堂章程由總理衙門上奏之後半個月光景，孫家鼐向清廷呈遞了一份舉報康有為的奏折。孫家鼐在這份奏折中說，他最近仔細閱讀了康有為的全部著述，其《中西學門徑七種》一書稍有價值，其第六種《幼學通議》一條言小學教育方法，深合儒家經典《學記》中立教之意，最有價值。但其第四種、第五種《春秋界說》《孟子界說》言《公羊》之學，及《孔子改製考》第八卷中《孔子製法稱王》一篇，雜引讖緯之書，牽強附會，必證實孔子改製稱王而後已，稱《春秋》既作，周統遂亡，此時王者即是孔子。這個觀點就很荒唐了，不要說孔子是曆代中國人景仰的至聖先師，絕不可能有這種犯上作亂或僭亂之心，即便是後人有此推尊，亦何必以此事反複征引，教化天下？當今聖上正在奮發有為，康有為必欲以衰周之事行之今時，孫家鼐擔心康有為以此為教，鼓吹人人存改製之心，人人謂素王可作。學堂的設立本是為了培養人才，而現在康有為卻利用學堂宣傳什麼孔子改製，危言聳聽，蠱惑民誌，是導天下於大亂。因此孫家鼐建議清廷明降諭旨，將康有為書中凡有關孔子改製的內容一律刪除。孫家鼐：《奏譯書局編纂各書請候欽定頒發並嚴禁悖書疏》，《皇朝蓄艾文編》卷七十二，第5頁。
就當時的政治格局看，康有為在當時確實是一個極有爭議的人物，不過既然是爭議，就是有人肯定，有人否定，隻是朝廷對康有為的真實態度如何，孫家鼐心中似乎並沒有底，所以他在這封實際上是彈劾康有為的奏折中並沒有完全抹殺康有為，並稱康有為才氣可用，以為宜如西漢文帝之對待賈誼那樣，老其才折其氣而後大用之。孫家鼐試圖借助於行政力量遏製康有為的霸道。
康有為的《孔子改製考》確曾引起過學界的爭論，但康有為將這部著作進呈後並沒有在皇帝那裏引起孫家鼐所擔心的歧義，即認為康有為有意作教主，作民主，更沒有孫家鼐所說的蠱惑民誌、導天下於大亂的意思。所以，皇上在得到孫家鼐的奏折後，也就沒有明降諭旨，下令康有為去刪除《孔子改製考》中的內容，而是命軍機大臣傳旨孫家鼐，再令孫傳旨康有為而已，似乎有意調解孫家鼐與康有為之間的矛盾或誤會。
康有為在孫家鼐無端攻擊的第一個回合中獲得了初步的勝利，孫對康的反感與對立當然也沒有因皇上調解而緩解，而是相反。