從孫家鼐的奏折看，他的這些“籌思”也不過是在履行自己的協辦職責，並無康有為、梁啟超等人後來所說的與維新勢力鬥智鬥勇的絲毫跡象。
9月3日，給事中龐鴻書也對大學堂章程中的經學課程等一些規定提出了不同看法。9月9日，孫家鼐就這些問題進行了解釋。孫家鼐認為，學堂之設，所以造就群才，以普通之學為初基，以專門之學為進境。創設規模，必求詳備。至於課程設置中的經學問題，龐鴻書在奏折中稱諸生往往皓首而不能通一經，現在學堂章程中所擬的功課，四書用朱熹集注本，五經遵用欽定義疏本，切要詳明，易於卒業，不必以皓首難窮為慮。龐鴻書原奏中又稱，凡諸生已熟讀四書五經者，方準收入學堂，庶幾略有限製。經學隻須溫習，不須另立一門。對此，孫家鼐解釋道，將來開辦學堂收考章程，自當以熟讀群經者為上，專通數經及一經者次之。至普通功課，已奏請刪並理學歸入經學，刪去諸子、文學歸入各門，業已刪繁就簡，無可再減。況經學所以正人心、明義理，中西學問皆以此為根柢。若不另立一門，何以為造端之地？從這些爭論看來，戊戌年間或者說整個維新時代的西學取向已引起主流意識形態的深深憂慮。
對於大學堂的專業設置，龐鴻書的奏折也提出了不同看法。他根據大學堂已將兵學歸並到將來成立的武備大學堂為例，提出將農學、礦學、衛生學、醫學等需要實驗的學科剔除出大學堂，以待將來成立各種專門學校。他的理由是，農學、礦學皆當驗諸實事，不容托之空言。農學各省異宜，當於省會設立學堂；礦學五金異用，已議於礦廠設學堂；衛生學、醫學，不必兼普通學，且無關政治，算學中天文亦然。對於龐鴻書的說法，孫家鼐不以為然。他指出，大學堂所以統轄各省學堂，在於其規模既廣，門類宜詳。至於先前將兵學一門歸入武備學堂，因陸軍槍炮陣法，水師駕駛測量，堂中不便教習；而中西兵製，皆政治門應有之事，仍當討論。礦學、農學、醫學，皆與化學相表裏，算學中之天文，凡方輿繪圖、海道駕駛皆以天文之緯度為憑，需用尤巨，更不得謂為無關政治。凡此數端，均大學堂應設之專門，無可議減。
龐鴻書剝離農學、醫學等學科的建議也不是沒有引起孫家鼐的注意，事實上，在孫家鼐向清廷酌核具奏的同時，他也頗有猶豫地表示，醫學一門所以保全生靈，關係至重。古者九流之學，醫居其一。近來泰西各國尤重醫學，都城皆有醫院。現在農務、礦務，均已特派大員設立專門學堂。至於是否可以援例推廣，另設醫學堂，考求中西醫學，即歸大學堂兼轄？他個人並無一定之見，希望能夠獲得朝廷明確指示，然後再詳擬辦法，請旨施行。孫家鼐：《管理大學堂大臣孫家鼐片》（光緒二十四年七月二十四日），《戊戌變法檔案史料》，第286頁。明顯表現出一種動搖的心態。
孫家鼐設立專門醫學堂的構想獲得了清廷首肯，9月9日上諭稱醫學一門關係至重，亟應另設醫學堂，考求中西醫理。歸大學堂兼轄，以期醫學精進。即命孫家鼐詳擬辦法具奏。根據這個指示，孫家鼐於9月14日進呈醫學堂章程，決定在大學堂之下設立醫學堂，並認為中西醫學各有專長：考驗腑髒，抉去壅滯，中不如西；培養根元，辨別虛實，西不如中。孫家鼐對中西醫學差異的這種判斷應該說深刻影響了後來者。在所設立的醫學堂中，孫家鼐建議兼寓醫院之製：凡來就治者，皆隨時施診，且酌施中西通用藥品，以期保衛生靈。孫家鼐：《管理大學堂大臣孫家鼐折》（光緒二十四年七月二十九日），《戊戌變法檔案史料》，第298頁。
設立專門的礦務學堂、鐵路學堂應該說是清政府一項既定政策，7月11日上諭就指出，鐵路、礦務為現今切要之圖。造端伊始，亟宜設立學堂，預儲人才，方可冀收實效。所有各處鐵路扼要之區及開礦省份，應行增設學堂，切實舉辦之處，即命總理衙門大臣王文韶、張蔭桓悉心籌議，奏明辦理。根據這些指示，路礦總局大臣王文韶、張蔭桓於9月6日就舉辦鐵路礦務學堂及其與大學堂的關係問題提出詳盡建議，要求各鐵路、各礦廠均應設法早日籌建自己的學堂，培養人才，並為大學堂普通學卒業後的一門專門之學進一步深造的場所。王文韶等：《路礦總局王文韶等折》（光緒二十四年七月二十五日），《戊戌變法檔案史料》，第288頁。