京師大學堂章程製定出來後，大學堂的籌建也就緊鑼密鼓開展起來了，總理衙門尤其是管理大學堂大臣孫家鼐忙著為大學堂尋找合適地點建築全新校舍，並委托出使日本大臣裕庚將日本大學堂建築藍圖設法寄回，以便參考。
總理衙門指定將馬神廟一處房產作為大學堂臨時校舍後，由於修葺整理還需一段時間，因此孫家鼐於8月30日建議派大學堂辦事人員李盛鐸、李家駒、壽富、楊士燮等前往日本遊曆考察，將日本大學、中學、小學一切規製、課程並考試之法，逐條詳查，彙為日記，繕寫成書，以供參考。
孫家鼐之所以選定日本，主要是因為日本在創建新教育之初，曾選派博通之士分赴歐美各國進行考察，然後酌定規製，通國遵行，有力推動了日本現代教育的發展，學校如林，人才蔚起。現在京師大學堂章程略具，各省中學堂、小學堂已立者未能劃一，未立者尚待講求，均應由大學堂參核定議。即如同文館與民間私塾、書院所習西文入門之書，傳授各殊，文法深淺互異，故有二三年已通者，有三五年而尚未通者，雖然可能有學生資稟敏鈍不同等各種各樣複雜原因，但由於教學方法有善有不善，可能還是主要原因。基於此種考慮，孫家鼐等認為應該選派專人赴各國考察，以便製定統一的教育標準和教學方法。至於選派要員專赴日本的另外一個原因，畢竟中日一衣帶水，同文同種，且往返需時需費都較歐美方便。孫家鼐：《管理大學堂大臣孫家鼐折》（光緒二十四年七月十四日），《戊戌變法檔案史料》，第276頁。
京師大學堂緊鑼密鼓準備開張，引起了各方麵廣泛興趣，尤其是已公布的大學堂章程，有人讚成，有人反對，各種意見針鋒相對。禦史何乃瑩就章程中的一些規定特別是考試策論、嚴加搜檢等問題提出一些修正意見，建議在招考生員時援引鄉試之例，二十取一，從嚴掌握，寧缺毋濫，保證大學堂教學品質和學生質量。至於章程建議大學堂畢業生授予進士、舉人等名義，何乃瑩認為沒有必要，理由是科舉考試所產生的進士、舉人等已弊端叢生，新教育沒有必要向舊體製靠攏。
何乃瑩的建議引起了清廷重視。8月9日的禦旨要求孫家鼐對何乃瑩的建議進行研究，給予答複。9月17日，孫家鼐就何乃瑩提出的問題做了解釋，表示總理衙門原奏中規定大學堂學成者作為舉人、進士使用，其主觀目的是為了鼓勵人才起見，其議亦未可盡非，但究竟如何辦理，還可以再研究。此事關係甚重，議論各殊，在中國沒有先例可循，他個人一個多月以來反複籌思，也未敢就此下一個絕對結論。所以，大學堂畢業生將來究竟授予何種學位，待進一步研究各國經驗後再做決定。
至於何乃瑩以及其他一些人提出的問題，孫家鼐也有解釋。他指出，有人建議將科舉、經濟、學堂的考試三合一，這個方法可能並不妥當。因為如果按照這個三合一的合並考試之法，非博覽群書，難以入選。其得舉人、進士也較難，其弊也則在於懷挾抄襲。學成卒業之法，普通學既熟，但專精一門即可入彀，其得舉人、進士也較易，其弊則在於徇情濫舉。今將通用科場考試，則學堂肄業諸生，必將分心於博覽，無以致專一之功，於專門學業恐有窒礙。將不用考試，則所謂學堂出身也就流於形式。孫家鼐建議此後科場考試仍照張之洞等人建議的新方案辦理；而學堂卒業諸生，果能屢試優等，學堪致用，即予以生員、舉人、進士等名分，仿唐人分科舉士之例。習化學者名曰化學舉人、進士，習算學者名曰算學舉人、進士；推之各科，皆冠以專門之名。將來何項需人，政府即按所習之科采擇錄用，如此則學堂之士可以爭自濯磨，發奮學習。若慮徇情濫舉，則應製定規則，一旦發現，嚴懲不貸，隻要切實可行，便可以杜絕流弊。
至於何乃瑩奏折中關於嚴搜檢一節，孫家鼐認為，搜檢之法係科舉考試製度下的科場舊章，自當認真照辦。這個製度雖然規定比較嚴厲，但每每變成具文形式主義，也自有其原因。其主要的原因，就是參加考試的人太多。現在的新體製，每次錄取的差額不過一比十，且由各省學政嚴加甄別，這樣每省每次參加考試的人數就能夠大幅度減少。人數減少，當然有利於稽查，有利於嚴格考場紀律。一旦發現作弊，嚴懲不貸，罰其不準入場，取消當年考試資格，不複加以罪名，這樣考生必能注意，不會隨便冒險，搜檢也就能夠認真執行。孫家鼐：《協辦大學士孫家鼐折》（光緒二十四年八月二日），《戊戌變法檔案史料》，第239頁。