當然，今天看來，作為正統思想家的董仲舒，其思想成分確實存在許多消極的，不利於社會前進與發展的東西，特別是其思想的各個方麵都充滿著神學的迷霧。他對那些被同時代人尖銳批評為“閎大不經”的陰陽學說、五行學說乃至方士之術，都毫不例外地加以吸收，大力頌揚，其著作中關於求雨、止雨的宗教儀式的設計幾近巫師的表演，既荒唐又可笑。不過，透過複雜的曆史背景，站在同情理解的立場上，我們看到董仲舒企圖通過公開行賄的手段使“天”（上帝）降福祛禍，其願望不可謂不善良，其精神不可謂不虔誠。這一方麵表明董仲舒試圖運用神學的形式表達其人學思想，因為在這裏，董仲舒最關心的是如何調動包括天、神在內的一切因素為現實政治、社會生活服務，是站在人的立場上而不是站在神的立場上，因此，董仲舒的神學思想在本質上是積極用世的而不是消極避世的，是為人著想而不是為神著想。比如說，董仲舒津津樂道的陽尊陰卑，表麵上看荒誕不經，而實際上是在為他的君主專製的中央集權政治理論、防止女主、外戚集團專政等世俗問題尋找自然科學的依據。另一方麵，我們也看到，那個時代的所謂大思想家，所謂經學大師，其思想見識也不過爾爾。
董仲舒的思想當然代表了統治階級的利益，既是當時社會存在的必然反映，也是董仲舒前此思想資料的邏輯繼承。
通觀中國思想發展史，各種觀念差不多都萌生於夏商社會，體係於商周之際，繁榮於春秋戰國。當是時，百家林立，相互詰難與爭鳴，各家學說都得以充分地表現。但是，隨著秦王朝剪滅六國的刀光劍影和楚漢之際氣吞河山的統一呼聲，中國社會由諸侯專政、小國林立的分散局麵向大一統的傳統國家逐步過渡。相應的，在意識形態領域也麵臨一個如何篩選各家思想的精華、淘汰其槽粕或不合時宜的那些部分的曆史任務。經過商鞅、荀況、韓非、李斯以及賈誼諸人的努力，到了董仲舒的時代，這一任務基本上大功告成，隻等待出現一個巨人對先秦以來思想的發展進行全麵的清理和綜合，以形成適應於那個時代需要的新的理論體係。時代需要思想巨人，社會必然貢獻出來。董仲舒思想的出現，正是迎合了這樣一種時代需要。
董仲舒作為漢代經學的開山者，特別是作為今文經學的開創者，企圖對罷黜百家、獨尊儒術之前的中國思想成果進行理論上的概括，他成功地建立了以儒學為主體的思想體係，並有效地吸收、糅合了儒學之外的其他學派如陰陽學說、五行學說、名學、墨學、法家、道家乃至巫術、方士的東西。在這個意義上說，他是先秦思想的集大成者，是“舊時代”的最後一位思想巨匠。另一方麵，董仲舒又是“新時代”統治階級意識形態的建構者，他立足於現實的前提，適時提出罷黜百家、獨尊儒術的建議，在意識形態領域至少在形式上完成了統一意識形態的曆史任務，顯然有助於剛剛建立起來而在此後持續兩千餘年的中央集權的政治體製。在這個意義上說，董仲舒又屬於“新時代”的第一位思想巨匠。
當然，如前所述，董仲舒從來不是一個純正的儒者，他博學多聞，思考深沉，對包括儒學在內的一切舊有思想資料持嚴厲的批評態度。粗略地看，他一方麵繼承了先秦儒學積極進取的入世精神和人文主義傳統，另一方麵也吸收了道家輕人事和墨家看神力的思想成分，從而構成具有人學內容和神學形式的矛盾的思想體係。誠然，“在科學中，內容和形式在本質上是結合著的”。[4]所以，董仲舒思想體係外在的神學形式便極大地禁錮了其內在的人學內容。這一點不僅是董仲舒思想的局限性，而且對後來王充的命定論也產生了一定的消極影響。他雖然看到了天、神（實際上是自然與社會）對人的深刻作用，和天人之間單方麵的一致性，但明顯忽略了作為社會主體的人在曆史運動過程中的主觀能動作用和群體作用，是對荀子盲目誇大人的主觀能動作用的極端唯心主義的救偏補正，然矯枉過正，最終困惑於中世紀的神學藩籬之中，僅僅將人視為純粹的生物學意義上的對象，而忽視了人的社會性。
不過，從另一方麵看，作為中國傳統社會統治階級的思想家，董仲舒的思想形式無可選擇地需要披上神學的外衣，這是時代使然。恩格斯在論述歐洲思想的發展線索時指出：“中世紀隻知道一種意識形態，即宗教和神學。”[5]“中世紀的世界觀本質上是神學的世界觀。”[6]僅以儒學為例，早期儒家作為在野的百家之一，雖然也存在某些消極的思想內容，但也不乏閃光的積極因素，對社會現實還多少持有一種批判精神。然而，到了中央專製集權的政治體製確立之後，儒學經過董仲舒、公孫弘的改造，雖然上升為統治階級的思想，但其積極的批判精神大大減少，而代之以虛偽造作的成分。在這裏，我們清楚地看到，不論董仲舒如何假借原始儒學的思想形式與內容，但實質仍不外乎恩格斯曾經指出過的：“每一時代的理論思維，……都是一種曆史的產物，在不同的時代具有非常不同的形式，並因而具有非常不同的內容。”[7]
董仲舒的思想及其所倡導的“新儒學”與原始儒學有著本質的差別，但其在形式上，在名義上畢竟使曾經受到嚴重摧殘的儒學得以複興並進而上升到社會意識形態的統治地位，“自漢武初立，魏其、武安侯為相而隆儒矣。及仲舒對策，推明孔氏，抑黜百家，立學校之官，州郡舉茂才孝廉，皆自仲舒發之”。[8]不惟漢代，即使在整個中國傳統社會，董仲舒都是公認的統治階級的思想教父，其所開創的儒學事業實質上成為中國二千年來的國教。事實表明，儒家學說演化為統治思想之後，逐步適應了時勢對理論的需求，並充分驗證了漢初學者所謂儒學不足以進取，而可以守成的評價乃至理名言。從此之後，儒學就不再隻是一種學術，而成為統治階級禦用的思想武器。