作為完整的思想體係，董仲舒思想的曆史評價並不甚高。但作為個人，董仲舒又確實受到曆代的重視與推崇。司馬遷、劉向、班固、王充的評論已見前述，即使在漢代之後也仍有人對董仲舒的人格、博學表示極端的尊重。三國時人何晏說：“儒雅博通，莫賢乎董仲舒。”[6]北宋學者司馬光也作詩頌揚董仲舒，他寫道：“吾愛董仲舒，窮經守幽獨。所居雖有園，三年不遊目。邪說遠耳去，聖言飽滿腹。發策登漢庭，百家始消伏。”[7]依然側重於博學、人格兩個方麵。
對於董仲舒思想見解的稱讚似乎始於程朱。程子說：“漢儒如毛萇、董仲舒，最得聖賢之意，然見道不甚分明。下此，即至揚雄，規模窄狹。道即性也。言性已錯，更何所得？”[8]雖然從總體上肯定董仲舒學說的思想價值，“最得聖賢之意”，但也不無微詞。[9]
朱熹的見解和程子較為接近，他說：“漢儒惟董仲舒純粹，其學甚正，非（賈誼）諸人比。隻是困苦無精彩，極好處也隻有‘正誼、明道’兩句。”又說：“仲舒本領純正。如說‘正心以正朝廷’，與‘命者天之令也’以下諸語，皆善。班固所謂‘純儒’，極是。至於天下國家事業，恐施展未必得。”他還將董仲舒與揚雄、王通、韓愈等人進行比較，認為王通“論治體處，高似仲舒，而本領不及；爽似仲舒，而純不及”。“董仲舒自是好人，揚子雲不足道。”“仲舒卻純正，然亦有偏，又是一般病。韓退之卻見得又活潑，然亦隻是見得下麵一層，上麵一層都不曾見得。大概此諸子之病皆是如此，都隻是見得下麵一層，源頭處都不曉。”“隻有董仲舒資質純良，摸索道得數句著（如‘正誼不謀利’之類），然亦非他真見得這道理。”[10]
程朱對董仲舒的不滿，主要集中在董仲舒對“性”的理解上。董仲舒認為“性者，生之質”，“以情為人之欲”，“命非聖人不行，性非教化不成，情非製度不節”。“明於無性，知自貴於物；知自貴於物，然後知仁義；知仁義然後重禮節；知禮節然後安處善；安處善然後樂循理。”很顯然，董仲舒認為，命是外在而施加於內在的東西，非人力所能左右，而是一個自然的過程。而性，則是人之所以為人的共有的本質特征；而情，則是人類本能的欲望。由於自然之功，人群不可能劃而為一，而是存在形形色色的差異，“或壽或夭，或仁或鄙，陶冶而成之，不能粹美，有治亂之所生，故不齊也”。[11]董仲舒主要在於論證禮樂教化的必要性。而程朱基於理學家的立場，認為這種解釋是錯誤的，“隻當雲，性者，生之理也；氣者，生之質也”。“蓋欲為善，欲為惡，皆人之情也”。董仲舒的說法“貌似見得性善模樣。終是說得騎牆，不分明端的”。[12]顯然，這是以理學的觀念評價董仲舒。
像程朱對董仲舒的評論，雖然近似於苛求，但總體上還算公允。而在曆史上，另外兩種狀況則顯得更不易接受，即一種出於門戶或其他偏見的指責，一種出於政治需要的盲目歌頌。
前一種狀況由來已久，早在西漢末年，劉歆雖然稱頌董仲舒為漢代儒學不祧之宗，謂“承秦滅學，六經離析，下帷發憤，潛心大業，令後世學者有所統一，為群儒首。”[13]但劉歆出於古文經學的門戶之見對董仲舒肆意貶損，稱董仲舒連孔子的弟子遊、子夏都不如。王充雖然欽佩董仲舒的人格與學問，承認董仲舒“不違儒家，不反孔子”，“仲舒之言道德政事，可嘉美也。質定世事，論說世疑，桓君山莫上也”。[14]“董仲舒表《春秋》之義，稽合於律，無乖異者。”[15]肯定董仲舒依據《春秋》之義所闡釋的政治見解的合理性，對董仲舒政治學說的外在形式災異譴生說表示能夠理解，但似乎又不滿意於這種形式。他說：“孔子終論，定於仲舒之言，其修雩治龍，必將有義，未可怪也。”但“仲舒之言雩祭可以應天，土龍可以致雨，頗難曉也”。[16]
如果放到中國思想發展特別是天人關係理論發展的廣闊背景看，王充對董仲舒的不滿實際上意味著他對天人理論問題的思考又預示著對董仲舒的超越，他隱約地覺得，董仲舒對天人理論的解釋雖有一定的道理，但似乎又不是那麼明晰，對荀子思想的批判也似乎過於背離了荀子“製天命而用之”命題的真實意義，因此，他才感到這樣一種困惑。
王充的困惑到了唐代便由不明晰變得明晰，柳宗元、劉禹錫等人對天人關係的重新認識雖然有新的提高，其實說到底不過是對荀子思想的複歸。因此他們當然更不能滿意董仲舒對天人關係的解釋。柳宗元寫道：“負罪臣宗元惶恐言：臣所貶州流人吳武陵為臣言：董仲舒對三代受命之符，誠然非邪？臣曰：非也。何獨仲舒爾。自司馬相如、劉向、揚雄、班彪、彪子固，皆沿襲嗤嗤，推古瑞物以配受命。其言類淫巫瞽史，誑亂後代，不足以知聖人立極之本，顯至德，揚大功，甚失厥趣。……斯皆詭譎闊涎，其可羞也，而莫知本於厥貞。……是故受命不於天；休符不於祥，於其仁。……未有喪仁而久者也，未有恃祥而壽者也。”[17]從理論價值和思維深度上說，柳宗元對董仲舒等人的指責不無道理，但他顯然忘記了董仲舒所處的時代背景以及董仲舒天人理論對荀子思想糾正的理論意義，因而似不免有苛求古人之嫌。
類似的苛求不始於柳宗元，也不終於柳宗元。北宋學者歐陽修在談到董仲舒的思想價值時也說：“董生儒者，其論深極《春秋》之旨，然惑於改正朔，而雲王者大一元者，牽於其師之說，不能高其論以明聖人之道。惜哉，惜哉！”[18]言下之意，似對董仲舒的天人之際的理論也不滿意。
對歐陽修的說法，無需我們費筆墨，南宋學者黃震曾針鋒相對地指出：“漢世之儒，惟仲舒仁義三策炳炳萬世，曾謂仲舒之《繁露》而有是乎？歐陽公讀《繁露》不言其非真，而譏其不能高其論以明聖人之道，且有惜哉惜哉之歎。夫仲舒純儒，歐公文人，此又學者所宜審也。”[19]黃震對歐陽修的指責或許是對的，但他全部否定《春秋繁露》的價值似乎也不足取。
南宋時另一著名學者葉適，基於其功利主義的立場，不僅指責董仲舒天人理論的錯誤，而且批評其道德倫理觀念。葉適說：“董仲舒首推孔氏，觀劉向一家之論，其為儒者重輕可知矣。後世學者指意亦多本之仲舒。故略為分別精粗離合之際，歸於統壹，毋由絕潢而自謂宗海也。”那麼“精粗”何以分別呢？葉適說，大道必有要，至論必有極，然這些內容“仲舒不能知。所能知者，《春秋》災異而已。此類者，非要非極也”。“仲舒負能言之智，任治病之責，今也前以災異禁之，後以勉強開之，所禁者為難信無用之迂說，所開者為可喜還至之立效。”故“仲舒雖能泛然諷導其外，固不能戚然救止其內也”。而且，“仲舒勸武帝以更化，張而大之，武帝之所欲也，然其酷反甚於秦也”，“仲舒比晁錯，公孫弘雖無刻薄從諛之失，然不見武帝受病處，不能統一聖人之道以切其身”。尤其是“正其誼不謀其利”一語，“初見極好，細看全疏闊。古人以利與人而不自居其功，故道義光明。後世儒者行仲舒之論，既無功利，則道義者乃無用之虛語耳；然舉者不能勝，行者不能至，而反以為詬於天下矣”。[20]像這樣對董仲舒思想的價值進行全盤否定，恐怕也很難說合乎曆史真實。