董仲舒後學的分化變質，勢必削弱董仲舒思想學說在漢代社會的地位和影響力。而恰當此時，足以與董仲舒思想學說相抗衡的另一種思潮蓬勃發展起來，並最終分享董仲舒思想學說一度擁有的對漢代最高法典的解釋權。這就是江公、尹更始、劉向一係的《穀梁》。因此可以說，董仲舒思想學說麵對的第一次遭遇戰，不是儒學之外的“異端邪說”，而是當年被董仲舒戰而勝之的儒學內部，確切地說是《春秋》學內部的另一分支。
《穀梁》學是與《公羊》學並行發展的一種思想學說，它也淵源於子夏，中經荀子的傳授，漢興之後，由申公傳瑕丘江公，江公為武帝時博士，與董仲舒同時。在推翻黃老之學的統治地位的過程中，《公羊》、《穀梁》曾結成統一戰線，前赴後繼，終於將黃老之學逐出曆史舞台。但在此之後，為了爭奪最高法典解釋權的獨占地位，《公羊》學與《穀梁》學的統一戰線終於瓦解，互為仇讎，展開了一場不下於與黃老之學激烈鬥爭的內部爭奪戰。然而由於種種機緣巧合，董仲舒一係的《公羊》取得了勝利，《穀梁》依然處於在野的地位。當時的情況是，“仲舒通經，能持論，善屬文。江公呐於口，上使與仲舒儀，不如仲舒。而丞相公孫弘本為《公羊》學，比輯其議，卒用董生。於是上因尊《公羊》家，詔太子受《公羊春秋》，由是《公羊》學大興”。[1]
不過，《穀梁》學雖然遭到武帝的冷遇，但武帝衛太子劉據學通《公羊》之後，“複私問《穀梁》而善之”；而江公雖然沒有在政治權力結構中謀得什麼地位，但退而傳學，培養人材，以期在適當的時機起而反撲，奪取最高法典的解釋權。曆史沒有辜負江公的一片用心，江公“傳子至孫為博士”，特別是魯人榮廣、皓星公等從學於江公，不僅使《穀梁》學得以繼續流傳，而且使其勢力逐漸獲得擴展，隻等待時機成熟，便可與《公羊》學再決雌雄。
榮廣字王孫，高才敏捷，全麵繼承了申公、江公一係的魯學傳統，能盡傳其《詩》、《春秋》。當《公羊》勢力相當鼎盛之際，他勇於站出來向《公羊》挑戰，與齊學《公羊》大師眭孟等人辯論數次且每每勝之，為《穀梁》學贏得了相當的信譽，“故學者頗複受《穀梁》”。另一方麵，榮廣也竭盡全力培養弟子，廣植勢力，弟子知名者有沛人蔡千秋，梁人周慶、丁姓等。他們後來都對《穀梁》戰勝《公羊》立下了汗馬功勞。蔡千秋也曾師事皓星公，“為學最篤”，深得《穀梁》之精神也，正是通過他的努力才使《穀梁》學取得與《公羊》學同等的地位。
當然，《穀梁》地位的上升，決非一人一時之功，而經曆了武、昭、宣三朝眾多學者的不斷努力，最後以石渠閣會議的召開為標誌。宣帝為武帝衛太子劉據之孫，在經曆了長達十數年的生命磨難之後繼承皇位。他上台伊始，便有為乃祖父劉據徹底翻案的用心，更有徹底拋棄漢武帝思想路線和基本政策的意思。當他得知劉據本好《穀梁》，遂誘導性地詢問丞相韋賢、長信少府夏侯勝及侍中史高，期望由他們提議提高《穀梁》學的地位。而恰巧這幾個人皆為魯國人，深受以《穀梁》為代表的魯學影響，對以《公羊》為代表的齊學早有怨言。於是他們眾口一辭，皆稱《穀梁》本魯學，《公羊》乃齊學，宜興《穀梁》。
韋賢、夏侯勝、史高等人的回答正中宣帝下懷。然為妥善起見，宣帝又詔此時任郎的《穀梁》大師蔡千秋，使蔡與《公羊》學者辯訟《公》、《穀》得失。能言善辯的蔡千秋不負眾望，終於取得辯論的勝利。宣帝於是更加喜歡《穀梁》，任千秋為郎中戶將，選郎十人，從受《穀梁春秋》。
千秋死後，宣帝征江公之孫為博士。“始，江博士受胡常”，開《穀梁》胡氏學派。江博上死，又征榮廣高足、蔡千秋的同學周慶、丁姓“待詔保宮”，使卒受蔡千秋所選的十名《穀梁》傳人。劉向此時也以故諫大夫通達待詔，從受《穀梁》。[2]此外，從蔡千秋受《穀梁》的還有後來以《左氏》學名家的尹更始。“漢《穀梁》學自榮廣、皓星公開之，尹得其宗。”[3]“漢儒傳《穀梁》學者，惟尹（更始）及劉向有書。”[4]由此可見，尹更始、劉向都是漢代《穀梁》學的中堅人物。
在宣帝的倡導與扶持下，《穀梁》學經過相當長時間的積極發展，實際上已經擁有與《公羊》學相埒的勢力，惟一缺憾的是法定程序的認可。“自元康中始講，至甘露元年，積十餘歲，皆明習。”於是宣帝“乃詔五經名儒太子太傅蕭望之得大議殿中，平《公羊》、《穀梁》同異，各以經處是非”。為《穀梁》學地位的真正確立鋪平了道路。
甘露元年這次禦前會議的實際進程及其結果，由於史料闕如不得而知。但有一點可以肯定，爭論雖然激烈，但《穀梁》的實際地位尚未能最終確立。於是又過了兩年，遂有甘露三年石渠閣會議的召開。
石渠閣會議顯然是為了解決甘露元年禦前會議未曾解決的問題。這次會議的文件據《漢書·藝文誌》記載計有：《尚書》類四十二篇，《禮》類三十八篇，《春秋》類三十七篇，《論語》類十八篇，《孝經》類有《五經雜議》十八篇，可惜這些文件都未能傳下來。
文件未能傳下來，但石渠閣會議的結果相當清楚，於《春秋》學，則是《穀梁》學的地位最終得以確立，與董仲舒一係的《公羊》學平分漢代最高法典的解釋權。使《穀梁》得立學官，“由是《穀梁》之學大盛”，周慶、丁姓成為《穀梁》博士，後者官至中山太傅，授《穀梁》於楚人申章昌；申章昌為博士，官至長沙太傅，“徒眾尤盛”。[5]而《公羊》學的地位則從此江河日下，勢力日趨縮減。
《公羊》學在石渠閣會議的失利，有其偶然的因素，也是其必然的結果。據《漢書·儒林傳》記載，參加這次會議的，除宣帝、蕭望之外，《公羊》學有博士嚴彭祖，侍郎申貌、尹推、宋顯；《穀梁》學有議郎尹更始，待詔劉向、周慶、丁姓。嚴、尹二人作為雙方的首席發言人，而二人的個人素質則有顯著差別，嚴主正直，墨守陳規，既不肯委曲從俗以求富貴，安能隨機應變，即席發言？尹不僅深得《穀梁》之學的精神（“尹得其宗”），而且從其後來又學《左氏》的表現推測，他應屬於那些相當善於因時因地而改變自己主張的人。那麼，由嚴、尹相辯，結果不是極為明白嗎？
經過一個階段的辯論，《公羊》家每每失利，於是提出增加侍郎許廣。基於對等的原則，《穀梁》學也相應增加中郎王亥。每方各五人，討論的問題有三十餘條，每條一篇文章，此即《漢書·藝文誌》著錄的《春秋》類奏議三十七篇。兩派學者雖然都以經義對，但最後的結論多從《穀梁》。《公羊》學不僅無還手之力，恐怕已無招架之功。再加上宣帝和蕭望之對《穀梁》學的袒護，《公羊》學不失敗，可能嗎？
董仲舒後學在第一次遭遇戰中就敗下陣來，這不能不影響董仲舒學說的地位。我們看到，董仲舒的學說在兩漢社會雖仍有人信奉，實際上已很難說占據統治思想的主導地位。東漢古文經學盛行，作為今文學派宗師的董仲舒自然不會受到重視。
不惟漢代社會如此，即使從漢以後二千年中國曆史來觀察，董仲舒思想的某些方麵如道德修養論、性論等一直具有莫大的影響力，但作為完整思想體係的董仲舒學說則不被重視也是事實，董氏著作長期得不到係統整理即為顯明的例證。