當食團由食道進入胃以後，由於胃壁的不斷蠕動，食團可以與胃液混合。胃液的主要成分是胃蛋白酶和鹽酸（胃酸）等等。胃液中的主要消化酶是胃蛋白酶。胃最初分泌的是不具有催化作用的胃蛋白酶原，這個蛋白酶原後來受到鹽酸的作用，變為具有催化作用的胃蛋白酶。胃蛋白酶隻有在酸性環境中才能起作用，最合適它的PH值為1.8左右。它可以使食物中的蛋白質分解為月示（shì）和腖（dòng）。
鹽酸的主要作用是能激活胃蛋白酶原，使胃蛋白酶原轉變為胃蛋白酶，並為胃蛋白酶提供所需要的酸性環境；鹽酸還能殺死隨著食物進入胃內的細菌；當鹽酸進入小腸以後，還能促進胰液、腸液和膽汁的分泌。如果胃酸分泌不足，會引起消化不良，出現明顯的食欲減退，有時還會腹瀉；當然，胃酸也不能過多，過多的胃酸對胃和十二指腸黏膜具有侵蝕作用，是發生潰瘍病的原因之一。
食團經過胃液的初步消化而形成像粥一樣的食糜。食糜進入十二指腸的過程叫胃的排空。胃的排空時間，與食物的量有關，也和食物的質和胃的運動狀況有關。一般地說，水隻需要10分鍾就可以被排空，糖類就需要2個小時以上，蛋白質比較慢，脂肪就更慢了。吃了油性大的食物我們不容易感到餓，就是因為這種食物的胃排空時間長。如果糖類、蛋白質、脂肪類的食物混合在一起，胃排空大約需要4～5個小時。胃排空後不久，空胃仍在運動，就會出現強烈的空胃運動，這樣就會產生饑餓的感覺。
食糜進入小腸以後，經過小腸的蠕動，食糜逐漸與小腸裏的消化液混合。小腸裏的消化液有膽汁、胰液、小腸液。膽汁由位於腹腔右上部的肝髒分泌。平時，膽汁由肝髒經過肝管流入附著在肝下麵的膽囊內儲存。當食物進入口腔、胃和小腸時，可以反射性地引起膽囊收縮，膽汁經總膽管流入十二指腸，膽汁中沒有消化酶，主要成分是膽鹽和膽色素。膽鹽可以使脂肪乳化成極為細小的微粒，以增加與脂肪酶的接觸麵積，同時還能激活胰脂肪酶，有利於脂肪的分解和吸收，還可以對脂溶性維生素的吸收產生幫助。從以上的分析我們可以看出，膽鹽對脂肪的消化和吸收具有重要作用。
人類的膽色素主要是膽紅素。膽紅素呈橙色，是紅細胞破壞後的產物。當紅細胞被大量破壞或肝髒和膽道損壞時，膽紅素在血中的濃度就會升高，皮膚和黏膜等組織就會被染成紅色，這在臨床治療時被稱為黃疸（dǎn）。
胰液是由在胃下麵的胰腺的腺細胞分泌的。分泌出的胰液經過胰管排入十二指腸，組成胰液的主要成分是碳酸氫鈉和各種消化酶，比如胰澱粉酶、胰蛋白酶、胰脂肪酶等等。碳酸氫鈉是堿性物質，堿性物質可以中和酸性物質，因此碳酸氫鈉和由胃進入小腸的鹽酸相遇，發生中和作用，就可以為小腸內的各種消化酶提供適宜的弱堿性環境。胰澱粉酶、胰蛋白酶、胰脂肪酶能夠分別促使澱粉分解為麥芽糖、蛋白質分解為氨基酸、脂肪分解為脂肪酸和甘油。
由此可見，胰液能夠比較徹底地消化各種食物。
小腸液是由腸腺分泌的消化液。小腸液呈弱堿性，小腸液中除了含有腸激活酶胰蛋白酶原以外，還含有多種消化酶。例如澱粉酶、麥芽糖酶、蔗糖酶、腸肽酶和脂肪酶等等，這些消化酶的作用是進一步分解食糜中的糖、脂肪和蛋白質，使這些糖、脂肪和蛋白質成為可以被人體吸收的物質。
在人們的食物中，有三種主要成分：澱粉、脂肪和蛋白質。下麵我們概括一下這三種成分在消化道內的分解過程。
首先，澱粉的消化：口腔和胃中的少量的澱粉，在唾液澱粉酶的作用下，分解為麥芽糖。澱粉的消化主要是在小腸內進行的。胰液和小腸液中的澱粉酶，可將澱粉分解為麥芽糖，再經過胰、腸麥芽糖酶的作用，將麥芽糖分解為葡萄糖。
其次，脂肪的消化：脂肪不能在口腔內消化。脂肪到達小腸後被膽汁乳化，然後在脂肪酶的作用下脂肪分解為甘油和脂肪酸。
第三，蛋白質的消化：蛋白質在胃內，在胃蛋白酶的作用下分解為月示和腖，在腸內再經過胰蛋白酶的作用進一步分解為多肽，多肽經腸肽酶的作用，分解成氨基酸。
小腸的運動主要是促進食物的化學性消化和營養物質的吸收，並將還沒有消化的食物殘渣推進大腸裏麵。
在正常情況下，小腸蠕動時，腸內有食糜，水和氣體等被推進而發出一種“咕嚕咕嚕”的聲音，這種聲音叫做腸鳴音。用聽診器可以在腹壁上聽到腸鳴音。有時候小腸蠕動加強，可直接聽到，就是平時人們常說的“肚子叫”，這種情況在腸炎或腹瀉時會非常明顯，在醫學上被稱為“腸鳴音亢進（即增強）”。
營養物質的吸收