由於抗環瓜氨酸肽抗體陽性患者的滑膜液中含有大量的抗環瓜氨酸肽抗體特異性B細胞，這種細胞在某種外來刺激的作用下發生了抗原誘導的突變，自動產生抗環瓜氨酸肽抗體，導致局部抗環瓜氨酸肽抗體聚集，因此抗環瓜氨酸肽抗體陽性的患者晨僵時間明顯長，其骨質破壞更為嚴重。抗環瓜氨酸肽抗體的臨床意義在於可鑒別侵蝕性、非侵蝕性類風濕關節炎，陽性者通常會出現或易發生嚴重的關節骨質破壞。
抗核周因子抗核周因子主要為免疫蛋白G（IgG），也含有免疫蛋白M（IgM）及免疫蛋白A（IgA）成分。
可能是類風濕關節炎病情活動性及嚴重性指標之一，其對類風濕關節炎診斷的敏感性和特異性分別為48%～92%和72.7%～90%，因此對於類風濕關節炎的診斷尤其是早期診斷有較大的價值。
抗核周因子的檢測方法中，常用的是間接免疫熒光法，其步驟為：以磷酸鹽緩衝液（PBS）稀釋的1∶10待檢血清與抗原底物在室溫下孵育90分鍾，洗滌(10分鍾×3次)，加入1∶20稀釋的異硫氰酸熒光素標記的羊抗人IgG抗體，室溫下孵育30分鍾。洗滌(10分鍾×3次)，風幹後以1∶1甘油(內含0.5mg/L溴化乙啶)封片，於熒光顯微鏡下觀察。當至少1個底物細胞胞漿內核周出現典型圓或橢圓、勻質且與胞漿分界清楚的熒光顆粒時為陽性。
抗核周因子的靶抗原存在於頰黏膜上皮細胞核周胞漿內，是上皮細胞的中等纖維結合蛋白或其前體，它是一種不溶性蛋白質。其臨床意義在於抗核周因子與類風濕關節炎有明顯的相關性，不僅陽性率高，特異性也好。抗核周因子可出現在類風濕關節炎早期，甚至在發病之前。在早期類風濕因子陰性的類風濕關節炎患者中可有53.3%的患者抗核周因子呈陽性。抗核周因子陽性、類風濕因子陰性的類風濕關節炎患者往往預後較差，這不僅有助於早期診斷，也有助於判斷預後。同時，抗核周因子與類風濕關節炎病情活動性指標也呈正相關。
類風濕因子
類風濕因子是由於感染因子如細菌、病毒等引起體內產生的以變性抗體免疫蛋白G（IgG）為抗原的一種抗體，多出現於類風濕關節炎患者血清或滑膜液中。類風濕因子可分為免疫蛋白M（IgM）、免疫蛋白A（IgA）、免疫蛋白G（IgG）、免疫蛋白D（IgD）、免疫蛋白E（IgE）五型，常見的類風濕因子主要為IgM類自身抗體，但也有IgG類、IgA類、IgD類和IgE類。各類類風濕因子臨床意義有所不同。類風濕因子除見於類風濕關節炎外，亦可見於其他風濕免疫性疾病、非風濕性疾病，甚至健康人。
測定免疫蛋白G（IgG）、免疫蛋白A（IgA）、免疫蛋白M（IgM）類類風濕因子通常用酶聯免疫吸附劑測定間接法，即用熱凝集免疫蛋白G（IgG）包被反應板微孔，加入檢樣後，再分別加入抗免疫蛋白G（IgG）、免疫蛋白A（IgA）、免疫蛋白M（IgM）酶標記抗體，使反應後再與底物呈色。為防止各免疫蛋白類別類風濕因子相互幹擾，酶標記抗體使用標記的抗體F（ab’）2片段。
類風濕因子的臨床意義在於其對類風濕關節炎、係統性紅斑狼瘡、幹燥綜合征等都具有診斷意義。如類風濕5項，即類風濕因子、抗角蛋白抗體、動物蛋白因子、抗核蛋白抗體、抗環瓜氨酸肽抗體，聯合檢測類風濕關節炎特異性抗體，有助於類風濕關節炎早期診斷；狼瘡5項，即抗核抗體、雙鏈DNA（dsDNA）、m-DNA、生物化學解偶聯劑、抗核小體抗，聯合檢測係統性紅斑狼瘡特異性抗體，有助於係統性紅斑狼瘡早期診斷；幹燥4項，即抗核抗體、抗可溶性抗原、類風濕因子、抗α胞襯蛋白（α-Fodrin），聯合檢測幹燥綜合征特異性抗體，有助於幹燥綜合征早期診斷。
應該說明的是，以上各種抗體的檢查，其結果都應當是經過綜合分析後得出的。
除了實驗室的檢查項目外，風濕病患者還應做一些特殊檢查，以便進一步確診。常用的幾種特殊檢查如下。
特殊檢查
關節穿刺及滑液分析