（四）農產品產業鏈短，增加值低。元謀銷售的糧食、蔬菜、肉類、水果、花生等主要農產品均屬於未經過加工的初級農產品。這些農產品科技含量低，產業鏈短，效益偏低，農民靠簡單、粗放的種養業難以積累資金和迅速脫貧致富。
（五）生產基地建設工作推進慢。一是農產品基地規模尚小。二是現有基地科技水平尚需提高。三是主導產品“走出去”的能力不強。“大路貨”占了農產品的主體地位，能占領高端消費市場的品種還比較稀少，難以進入選擇性強的消費終端。四是現有基地尚不足以支撐現代加工業發展。
（六）農產品重認證輕應用情況突出。雖然元謀縣在2010年成為了全省第一個出口蔬菜基地區域化備案縣，多個農產品獲得產品或產地認證，但在獲得認證後，農產品基地、產品生產過程控製、投入品管理和生產記錄基本上處於鬆散管理狀態，生產記錄不完整、農資來源不可追溯的現象普遍存在，農產品質量安全責任感和緊迫感需進一步提高。
四、加快元謀縣發展高原特色農業的思考
從元謀發展高原特色農業的優勢和存在的問題出發，筆者認為加快元謀發展高原特色農業，必須做好“12345”的文章。
（一）“1”是緊扣一個主題——可持續發展
對元謀發展高原特色農業而言，可持續發展是指一是要把農業發展、農業資源合理開發利用和資源環境保護結合起來，盡可能減少農業發展對農業資源環境的破壞和汙染，置農業發展於農業資源的良性循環之中。二是要提高農業生產效益，優化農業投入結構。全麵發展農、林、牧、副、漁各業，實現生產經營適度規模化，農業生產結構合理化，農產品品種多樣化和品質優良化，實現農業生產的高產、優質、高效、安全和低耗。三是要使農業與農村經濟和社會經濟全方麵的持續發展，使農村的資源環境、人口、經濟和社會相互協調，共同發展。
（二）“2”是突出兩個重點——壩區與山區半山區平衡發展
元謀縣發展高原特色農業，要以“生態環保、優質安全、農業增效、農民增收”為目標，按照“穩定糧食產業、提升蔬菜產業、優化林果產業、發展畜牧產業、壯大製繁種業、鞏固煙草產業、盤活淡水漁業、打造開放農業”的工作思路，以“三化三區”建設為主抓手，大力推進產業化布局、標準化生產、規模化種養、產業化經營，努力構建和完善現代農業產業體係。根據元謀縣壩區、山區半山區發展不平衡的現實，要采取根據壩區、山區半山區資源優勢科學規劃產業發展。
1.壩區產業發展。對壩區產業發展而言，一定要做好的是綠色蔬菜產業。可加強農機現代化、種苗工廠化、種植標準化、植保新型化、設施科學化、管理精細化、檢測常規化、銷售網絡化等“六化”措施來促進綠色蔬菜產業實現新提升。
2.山區半山區產業發展。要按照“穩定糧食生產、做強特色林果、做大特色養殖、發展現代煙草、擴大山區蔬菜、發展勞務經濟、建立良種基地、開發林下資源”的工作思路，圍繞糧食、林果、養殖、煙草、蔬菜、製繁種、野生菌等特色優勢產業發展，促進全縣山區半山區農村經濟增長和農民收入增加。
（三）“3”是推進三項工程——推進現代農業示範園區、滇台高原特色有機農業合作示範園區和高原特色莊園項目建設
1.現代農業示範園區建設。元謀縣現代農業示範區建設要按照“政府推動，多元投入，市場運作，產業興園”的發展思路，立足元謀縣的經濟發展水平、資源區位條件和產業發展基礎，在農業主導產業相對集中連片的區域，通過強化農業基礎設施和裝備設施建設，優化結構布局，推廣先進技術，創新經營管理機製等途徑，集中力量，高起點、高標準、高水平地規劃建設一批土地集約型、資本密集型、技術密集型和生態循環型的園區，使之成為全縣農業主導產業集聚的先行區、承接農業產業轉移的示範區和農村產權製度改革的試驗區，找到元謀發展高原特色農業的突破口。
2.滇台高原特色有機農業合作示範園區建設。要借助台灣在有機農業市場體係建設方麵的技術和人才優勢，依托元謀縣生物多樣性富集、低緯高原光熱條件好、氣候立體多樣等優勢條件，發揮地方特色，打造有機農業產業，構建完整有機農產品標準化產業體係，促進農業增效和農民增收，全力推進高原特色農業發展。
3.高原特色莊園建設。要把高原特色莊園建設作為元謀發展高原特色農業的一種重要組織方式、一種重要發展模式、一種重要實現途徑，從而推動元謀縣高原特色農業實現大變革、大飛躍、大發展，形成一大批高原特色農業精品農莊，產出一大批高原特色農業產品。
（四）“4”是加強四個保障——農田水利基礎設施建設、田間道路交通建設、農業生態環境保護、土地保護與開發利用
1.農田水利基礎設施建設。要高度重視元謀水利基礎設施建設。在“高、規、蓄、引、提、節、管、改”八個方麵進行加強。“高”：就是高度重視水利建設。“規”：高標準修改完善全縣水利發展規劃。“蓄”：就是在加快壇罐窯、挨小河等中小型水庫項目工程建設同時，采取多種方式支持小水窖、小水池、小塘壩、小泵站、小水渠等“五小水利”工程建設。“引、提”：就是高度重視縣外引水入元工作。“節”：就是因地製宜大力推廣渠道防滲、管道輸水、微灌、滴灌、噴灌等節水灌溉技術。“管”：就是積極探索農村水利工程“建、管、用”的辦法措施。“改”：就是在改變傳統“大水滿灌”向高效節水的灌溉方式轉變。