這兩幅畫中的一幅目前已經遺失了，另外一幅是荷塞所設計命名的《科學與慈悲》，上麵是一個醫生正在測量一個生病女人的脈搏，而床的另一邊站著一位修女，一手抱著一個小孩，另一隻手端著湯給病人喝。畢加索很用心地作這幅畫，而其結果也確實讓全家人感到欣喜。《科學與慈悲》被送到馬德裏參加全國展覽，得到審查委員會的榮譽獎狀，另外又送到馬拉加參加地方展覽，得到一枚金質獎章。這幅畫讓所有喜愛惟妙惟肖簡藝手法的人都很高興，但這卻是畢加索對學院傳統畫法的告別作，他以後再也沒有畫過這一類的作品。
這一年裏，畢加索仍然同時進行著學校的課業和自己的嚐試。他的繪畫本中仍然充滿了與前一年一樣的風格，隻不過現在的筆觸更有信心，並且顯示了多種路線的進展，有一些試驗中明顯出現了物體簡化的基本幾何形狀。不過大體而言，此時的畢加索還不能算是破除傳統的先鋒，他還隻是一個不斷創新、極具天分的學生。
畢加索在1897年的暑假再次回到馬拉加，這個假期似乎不如上次那麼愉快，而他也沒有創作很多作品。他那位越來越有錢的叔父沙伐多認為畢加索應該到馬德裏的聖費南度皇家學院去深造，因為他的兩位朋友卡波奈羅和狄庫倫在那兒任教，而且極具影響力。沙伐多雖然提了這項建議，卻和很多有錢人一樣，在金錢上對窮親戚斤斤計較。荷塞和他的另外一些親戚、老朋友們也湊了一些，加上沙伐多的那一份，金額還是少得可憐。而這些竟然就是畢加索的全部旅費、生活費和作畫的材料錢。
1897年秋天，那點微薄的津貼把畢加索帶到了馬德裏這個消費極高的首都。他在貧民窟似的聖貝卓馬提街給自己找了一個房間，在那裏度過了他16歲的生日。
跟在猶特華一樣，畢加索輕而易舉地通過了嚴格的入學考試，成為學院的一分子。他很快就發現這裏的課程跟猶特華一樣並無吸引人之處，而且教他們的卡波奈羅和狄庫倫都是相當糟的畫家。畢加索不久就完全放棄學院的課程，自己到普拉多博物館去參觀、描摹，感受格雷克、維拉斯奎茲和戈耶等大師的精髓。除了在普拉多的臨摹，他還在城裏的街上畫個不停。這一階段，畢加索的畫作最讓人注意的，就是他的畫法已開始朝向現代主義前進，甚至開始邁向一個更加超越的境界。
畢加索在馬德裏創作得非常勤奮，但在學校裏卻從來看不到他的人影。這消息傳到了馬拉加，讓富有的沙伐多很不高興，於是便斷絕了對他的經濟支持。父親荷塞仍站在兒子的一邊，不但繼續供他學習，甚至還盡可能地多給他一些錢物。
日子一天天過去，冬天降臨了，瓜達拉馬山脈吹來了寒風。即使是本地人也冷得受不了，更不用說是像畢加索這樣曬慣地中海太陽的人了。這種風死寂而且冰冷，像當地的諺語所說的，“可以殺掉一個人，卻吹不熄一根蠟燭。”畢加索開始發高燒、喉嚨痛，舌頭紅得像草莓，全身起了朱紅色的斑點，這些斑點很快就融合成一大片。他得了典型的紅熱病。
這種病在當時是可以致命的，但畢加索的生命力相當頑強。他在床上躺了幾個星期，全身脫了一層皮，又長出一層新的。他蹣跚地走出房間，去參加6月12日的聖安東尼奧節慶，他不願錯過這節慶中一分一秒的歡樂。
接著他就搭上回巴塞羅那的長途火車，巴塞羅那的家鄉口味、溫暖人情和他天生的生命力，使他很快就恢複了健康和精神。1個星期之後，當派亞瑞斯邀他到歐塔鄉下去休養時，他馬上就答應了。
歐塔是派亞瑞斯生長的地方，這是個隻有兩三千居民的小鎮，維持著古代純樸的農耕生活。畢加索在此度過的一段閑逸日子，是他生命中相當重要的一個時期。“我在派亞瑞斯的小鎮學到了所有的事情。”畢加索曾經這麼說。“所有的事情”不隻包括了刷馬、用鐮刀，對製酒和榨油的親身體會，或是收獲幹草、玉米、葡萄和橄欖，剪羊毛、殺豬、擠牛奶，同時還包括說流利的卡達浪話的能力，尤其重要的是在對生命本質上得到了城市人永遠得不到的深刻體會並樹立了新的價值觀，對世界有了更廣泛地認識。
畢加索此時對作畫更有把握了，其中有幾幅十分了不起的山羊和綿羊的畫像，真正把握住了它們的神態和動作。他的筆觸更為肯定，在一些作品中他對質感比過去更加重視，此外對明暗的對比表現和物體輪廓的加深也有了較大的興趣。