1806年，歌德雖然盡量與戰爭保持一段距離，但他還是被卷入戰爭的旋渦中。10月，耶拿戰役爆發，拿破侖集中九萬兵力對普魯士軍隊發動進攻。歌德以中立者的眼光，來看待整個經過。
下午五時左右，炮彈從屋頂交織呼嘯。五點半，法軍騎兵攻入城中開始燒殺掠奪，這真是個可怕的晚上。幸好建築物牢固，並且有法國一位軍官庇護，我們才幸免於難。
兩天之後，歌德又寫道：
……從不曾反對過我的所作所為，現在又和我共同接受危險試煉的克麗斯汀，我決定不僅把她當做女朋友，我要正式承認她是我的妻子。
10月19日，歌德和克麗斯汀在魏瑪城內的教堂公開舉行了婚禮，正式結束同居生涯。
耶拿戰役以普魯士軍隊幾乎全軍覆滅宣告終結，此後，歌德對拿破侖有了更強烈的信心。在這之前，歌德認為這個科西嘉人，隻不過是一位法國革命的統一者；可是現在，他確信拿破侖能夠整理政治支離破碎的歐洲大陸。
1808年10月，拿破侖召見歌德。歌德覺得這件事是自己一生中最重要的一件事。在晉見拿破侖時，拿破侖給予歌德的讚賞，使他深銘肺腑，基於雙方的政治立場，歌德對拿破侖的欽服卻隻能用間接暗示的方法來表達。經過很長時間的踟躕，第二年，歌德才詳細描述了他與拿破侖見麵時的場景。
那是一個早晨，歌德晉見的時候，拿破侖正準備用早餐，他的餐桌兩側站著兩位拿破侖帝國的大臣。左側的一位正在與拿破侖談論軍稅問題。看到歌德進來，拿破侖以眼光暗示他停止再談。他深深地注視了歌德好一會兒，才開始他們的交談。
歌德還提到拿破侖自稱他曾讀過七次《少年維特之煩惱》，還說他遠征埃及時，帶了一本在身邊，並告訴歌德他對這本書的意見。他問歌德，維特的自殺原因，除了失戀以外，為什麼又混夾了一些別的因素。歌德微笑以應。他們談的是文學，沒有一絲一毫涉及政治。兩人相互地表示敬仰，“狂飆運動”以後的歌德信仰人類創造性的作為和實際上的努力，不崇尚空言；而拿破侖正是一個卓越的實踐者，一個軍事天才的最好榜樣。所以他成了歌德十分崇拜的人物。
拿破侖對待歌德也很謙恭，不帶一點傲慢，他發表什麼意見時，總是說：“歌德先生，你以為怎樣呢？”他讚美他的《少年維特之煩惱》，談他所翻譯的伏爾泰的《穆罕默德》。拿破侖還邀請歌德到巴黎去：“到巴黎去，我招待你。在那裏你可以為你的靈魂發現一個更廣大的世界，你能找到很多可以作詩的材料。”
歌德欣然辭別後，拿破侖對他的左右說：“這是一個君子！”
歌德有意識地將精神集中在自己的工作上，好在不安定的時代中保持心理的平衡。他和拿破侖之間沒有繼續來往，對那些反對他的議論，他采取了消極反抗的態度。魏瑪人士不僅在政治立場上孤立歌德，還不承認他和克麗斯汀的婚姻。輿論界冷淡的態度深深地傷害了歌德，因此他又縮回自己的世界中，固守自己的靈魂。
自然科學的研究
這時候，耶拿大學的自然科學研究所開展了多方麵的活動，歌德便繼續在礦物學和植物學方麵的研究。在他廣泛的研究中，最有成就的是1790年發表的內容在數千頁以上的《植物的蛻變》及1810年發表的《顏色學》。
歌德的《顏色學》並非是以數據為基礎的理論研究，而是以非現實性的、抽象的理論加以推論。他激烈地反對牛頓利用棱鏡把光分為各種顏色，他認為光是一種整體的物質，不含其他色彩。當然隨著時代的進步，科學證明歌德是錯誤的。《顏色學》出版後，業內反應冷淡，這使歌德非常失望。不過，雖然這部《顏色學》學術上的價值不多，但我們卻可以從此書中對歌德的觀察方法窺視一二。
眼睛是依靠光而存在的。光線是由動物的相關機能或視覺輔助組織所產生，所以視覺的發生是由眼睛內麵的光和外來的光相映而成。