1805年初，歌德與席勒相繼病倒，他們彼此交換心得的習慣也被迫中止。兩個人對恢複健康都沒有十足的信心。尤其是席勒，他對自己身體的信心已完全動搖，歌德在後來的作品中寫道：
在席勒生病的那段日子裏，相繼發生了幾件驚人的事。傍晚和半夜的火災，使他過度震驚，於是本來已即將痊愈的病再度複發。他覺得像被繩索捆綁一般，被迫斷絕了和人們溝通的機會，唯一能夠緩解這種束縛的就是和朋友們的通信。從2月到3月，他所寫的幾封信中都是苦惱、忍耐、以及逐漸消失的希望。5月初，他不顧一切地想到外麵走走，很湊巧地，我們在路上相遇。這時候，他的神智已經不大清醒，於是我便陪他一起走。最後，到他家門前，我們分手了。這時候，我預感到，這一別很可能就是永訣了。9日，他終於去世了，帶走了疾病，也帶走了重重的折磨。
席勒的死，讓歌德的精神陷入了一種“空虛”的狀態，他不關心自己的工作，對一切事情都提不起興致，整個人仿佛迷失了。他寫給一個朋友的信上說：
我失去了一個朋友，我自己也等於死了一半。
這個重大的打擊，讓正在患病的歌德，更加難以痊愈。直到這一年秋天，他離開魏瑪到各地旅行之後才逐漸康複。1822年，歌德才終於寫出追悼的詩作，節選如下：
脫落的肩胛骨曾經裝飾無數飾物，
而今誰能夠想象——
活潑的四肢已失去了生命。
疲倦的人們，
竟不能安息於墓穴中，
而是被掘出置於明亮的陽光裏。
曾有一顆高貴的心，
如今已成枯幹的頭顱卻不為人所愛，
這不是真理也非啟示，
每個人終將如此。
被遺留下來的是有形的詩文，
在這堆無法動彈的骨骸中，
再也認不出曾經優雅的風華。
在這狹窄陰冷充滿黴味的屋子裏，
自由地安息吧！
生命之泉由靈魂中奔流而出，
那形態神秘而令人陶醉，
似乎保存著神的行跡，
如同水以高貴之姿流向海洋……
晉見拿破侖
時代的潮流依然在向前發展，法國大革命如火如荼地進入到拿破侖的時代。1805年10月，反法聯盟戰敗，神聖羅馬帝國如歌德所料般瓦解。德國境內的各諸侯國組成“萊茵邦聯”，成了拿破侖和法國的保護國。
歌德之前一直認為德國人民應該在科學與藝術方麵謀求發展，而不是在政治上一爭短長。多年後，他的學生和秘書就拿破侖時代對歌德提出了置疑：“在那偉大的時代，你沒拿起武器，同時也沒有因為國民的非難而受到影響……”
歌德回答：“不知道自己的目標是什麼，或期望用什麼去說服他人，這是很愚蠢的事。我心中不存憎恨，為什麼要拿起武器？我也不再有青春的力量去拿起武器，如果我是20來歲的小夥子，我決不落人後，可是當時我已是近60歲的老人了……在戰鼓震天時，坐在屋子裏——這是我當時唯一能做的事。如果我身處露宿的營帳中，深夜聆聽敵人前哨的馬嘶聲，那麼也許我會熱血沸騰，投筆從戎。但即使我寫出戰歌，歌聲也會絲毫不帶戰鬥的氣息，我對戰爭的感覺是那麼遙遠，我無法裝出關心戰爭的模樣。在我的詩中，從未出現過煽動性的詞句，我不曾一成不變地將實際的事實寫成詩，或迫切地將埋頭苦幹的事寫成詩，我隻在戀愛的時候寫詩。更何況我心中沒有憎惡之意，怎麼能寫出憎惡的詩？坦白地說，我一點也不懷恨法國人，但我還是感謝神的安排，使他們最後歸於失敗。文化與野蠻才是我迫切關心的事，我為什麼要憎惡地球上文化最高的民族之一，我本身的素養大部分也是得自於這個民族的文化，我怎麼能去憎恨他們呢？本來國民性普遍的憎惡，在文化最低的階層最容易發生，也最為強烈。教養達到某一程度的國民，他們的憎惡便會消失，並且對於鄰國國民的幸福與悲哀感同身受。而我就是屬於這一層次的，在60歲之前，我的這種觀念就已經固定下來了。”