歌德覺得被遺忘、被孤立了。最初賞識他的奧古斯都公爵，為了自己的任務長年出使在外；赫爾德覺得自己對歌德的影響力不如從前，也陰鬱不快地疏遠他了；施泰因夫人則因歌德意大利之行的不告而別耿耿於懷，事後總不肯諒解歌德的行為，到1789年初，二人以絕交收場。
回到魏瑪公國後，歌德再度成為政府官員，不過他隻接受了從前任務中的一小部分，形式上他仍是樞密顧問，但他全心貫注的，卻是公國的學術和藝術設施。其中他最關心的是耶拿大學的改進，他興致勃勃全力以赴，並時常留在耶拿大學與教授們交往。在此期間，歌德和席勒曾數度會麵，但二人之間並沒有產生親密的友誼，席勒認為他們最初的疏遠是因為彼此思考方式的不同：“歌德的哲學多半由感覺而來，而我卻是得自心靈……”席勒一開始對歌德的印象是這樣的：
經常處在歌德身邊，可能會使我陷入不幸。他對親近的朋友從不表現出感動的情緒。要探索他在想什麼是件很不容易的事，我甚至覺得他是個極端自我的人。他善於觀察人心，注重小節，有透視他人內心，與他人溝通但又使自己本身隨時保持自由的才能；他不吝嗇做善事，但卻不犧牲自身。我認為這是他做人的一貫準則，簡單點說就是自我主義的極致。本質如此的人，身邊不應該招聚過多的人。本來我對他的才華非常傾心，但由於他的態度易招致別人的誤解、懷恨，他在我心裏喚起的是一種混合著憎惡與喜愛的情緒。我極想改變他的精神，卻又敬慕他成熟的思想。我決定在可能的範圍內，利用別人來觀察他。
席勒的這種印象跟魏瑪輿論界對歌德私生活的批評有很大關係。歌德由羅馬回來後不到一個月，就被一個“個性極端自然”的窮苦小市民的女兒深深地吸引了。不久之後兩個人便住在了一起，這個女人就是後來的歌德夫人克麗斯汀。
對於魏瑪社交界的否定態度，歌德輕描淡寫，用了這樣一句話來回應：“我們在不經任何儀式的情形下結婚了。”這樁婚姻帶給歌德安靜而滿足的家庭生活，當然，這是因為歌德對克麗絲汀的精神世界一無所求。同居後的第二年，也就是1789年，他們的長子奧古斯特誕生，但這唯一的兒子卻在歌德晚年時，縱情酒色，客死他鄉。
1791年，歌德和耶拿大學的一些教授一起開辦了魏瑪宮廷劇院，這個劇院兩三年間便發展成為德國最大的劇院之一。可惜當時的人們對歌德和席勒的戲劇都缺乏興趣，而是熱衷於以娛樂為本位的通俗戲劇，歌德對此極為失望。
這一時期，歌德完成的文學作品也為數不少，如《羅馬悲歌》等，還有一些即興的戲曲作品。
當時歌德對自然科學的興趣已經勝過了文學，他不再實驗光學、植物學、解剖學，而是以“原始植物”的構想為基礎，發展植物進化論學說。他將自己的學說命名為《植物的蛻變》。這本書在1790年出版，歌德在書中證明植物是由蕨葉的某一部分發展而來，是經過多階段的變態才發展成現在的樣子，且就種種變態加以解釋。
植物萌芽、開花之後結成果實，但這些都是負有某種任務才發生的。經常改變形態以實現自然法則的是植物的同一個部分。在莖或葉長出的同時，相同功能的構造變為花萼、花瓣的形態，成為繁衍的器官，最後即發展成為果實。
這期間，歌德對骨骼學也展開了思考和研究。1790年，歌德在一個猶太人家裏，偶然拾到一個羊的頭蓋骨。他發現動物的頭蓋骨，都是由類似的脊椎發展而成。
18世紀的後十年間，正是歐洲大陸破舊立新的時代。1789年爆發的法國大革命令歌德有些不安。受到植物進化論的影響，歌德認為人類社會的改革也必須循序漸進，不可訴諸暴力。
席勒、赫爾德等人很讚賞巴士底獄事件，而歌德對這種狂熱的激情卻極力表示反對，他認為革命性的本能解放會使一切精神文化產生危機，造成不安。此後五年間，他的一些戲劇作品，諸如《大科夫塔》、《平民將軍》、《列納狐》、《德意誌逃亡者對話錄》等，都針對政治暴力行為加以諷刺。
歌德關於革命的看法自然不會被民眾所接受，他們不關心歌德崇尚的自然進化論，隻在乎自己的權利是不是得到了保障。歌德的這些言論會招致非難也是意料中的事。