這期間，這位小姐的感化培養了歌德泛神論式的宗教感情。此外，他還受到一位年輕醫生的影響，這位年輕醫生不僅治療歌德肉體上的病痛，還對他精神上的恢複有很大的貢獻。在他的引導下，歌德潛心研讀泛神論思想家的著作，並和自己讀到的一些宗教著作加以比較。
長時間的靜養和閱讀，使歌德對自然科學產生了濃厚的興趣。
健康已稍恢複，加上時令也好起來，我又能回到樓上房間起居，於是馬上弄了個小小的設備。我準備了有熱砂槽的小火爐，並很快地就學會製作蒸發混合物的容器。在那兒，大宇宙與小宇宙以神秘而不可思議的方式被處理。尤其是靠鮮為人知的方式製造中性鹽，是我熱衷而樂此不疲的一件事。（《我的生平詩與真》）。
1769年，在歌德寫給萊比錫一位朋友的信中，我們可以看出他對時代的看法及對自然界日益濃厚的興趣：
哦！我親愛的朋友，光就是真理，但太陽並非真理，夜裏它是黑暗的、死寂的、違反真理的。美是什麼呢？不是黑暗，也非強光，美是幽幽柔和的光線，是存在於真理與非真理間，而涵蓋雙重意義的；美的世界曖昧難明，即便是哲學家也會誤入此迷宮。
……
談到我目前的生活，我將一切獻給了哲學，我隱居而將自己孤立起來。圓規、紙、筆、墨水以及兩冊書就是我全部的工具，用最簡樸的方法去認識真理，結果比在圖書館中鑽研的人成就更大。既是偉大的學者又是哲學家的人鳳毛麟角，因為人們總是埋首於書本，而忽略了大自然這本包羅萬象的大書，事實上，真理就藏在一切樸實的事物中。
赫爾德的影響
1770年春，歌德21歲，他的病休養了一年半終於痊愈。病愈後，他再次離開故鄉，前往斯特拉斯堡大學，繼續其在萊比錫未完成的學業。在歌德的一生中，再也沒有比這段時間收獲更豐富的時期了。
歌德到達斯特拉斯堡的當天，就被城中哥特式的聖堂所征服。當時的多數人都將哥特式建築批評得一文不值，而歌德卻是少數欣賞者之一。後來歌德在一部作品中曾盛讚此聖堂，他這樣描寫他對聖堂的第一印象：
我站在聖堂前麵，被一種無可言喻的敬畏感震懾住，莊嚴宏偉，頂天立地的印象充滿我的心，但這偉大的整體卻是由數以千計的小部分所構成。我盡情地享受這動人的印象，卻無法更進一步地去認識它、了解它。為了體會這承襲於造物者，充塞於天地間的喜樂，並把握上一代的人表現於建築物的偉大精神，我屢次來到這神聖的殿宇前麵，在一天中任何有光線的時間，從各個不同的角度、不同的距離，觀察再觀察。麵對著同胞們高貴的作品，除了讚美外，卻不能有更進一步的作為，這對我的內心來說，是一種莫大的痛苦。在薄暮微弱的光線中，這由無數個體構成的偉大建築物，以淩空之姿，巍峨聳立在我的靈魂麵前，我盡情地讓心靈浸潤於這不斷湧現的喜悅中。夕陽餘暉照進我因凝視而疲憊不堪的眼晴裏，這一代巨匠偉大的靈感，變成一種啟示，靜靜地展現在我麵前。
在領略過這個城市美麗的風光之後，歌德開始努力鑽研各種學問。
由於興趣使然，他放下了父親希望他學習的法律學，轉而認真地研讀醫學、史學、哲學、神學與自然科學。當時他在備忘錄中記下了已經讀過或計劃將來要研讀的書，這其中廣泛地包括蘇格拉底、柏拉圖、亞裏士多德、托馬斯·莫爾等人的著作。