無限荷香染暑衣，阮郎何處弄船歸。
自慚不及鴛鴦侶，猶得雙雙近釣磯。
當愛情遊戲不斷幻滅時，她也曾試圖清醒，如《酬李郢夏日釣魚回見示》二首：
無限荷香染暑衣，阮郎何處弄船歸？
自慚不及鴛鴦侶，猶得雙雙近釣磯”。
住處雖同巷，經年不一過。
清詞勸舊女，香桂折新柯。
道性欺冰雪，禪心笑綺羅。
跡登霄漢上，無路接煙波。
她想回頭，如《和人次韻》：
喧喧朱紫雜人寰，獨自清吟日色間。
何事玉郎搜藻思，忽將瓊韻扣柴關。
白花發詠慚稱謝，僻巷深居謬學顏。
不用多情欲相見，鬆蘿高處是前山。
可惜回不去，女冠就是女冠。
入獄中：明月照幽隙
又是醉生夢死兩三年，魚玄機的貼身侍婢綠翹已經十八歲，長成了美人兒。受魚玄機的影響，綠翹也頗為善弄風情，雙眼含媚。她還乖巧可人，做事機靈，所以深得魚玄機的信任和重用。
這年春日，魚玄機受鄰院所邀去參加春遊聚會，出門前她囑咐綠翹說：“你不要出門，如果有客人來拜訪，你可以告訴他們我的去向。”
酒宴詩唱，樂到暮色四合時，魚玄機才回到鹹宜觀。她把綠翹叫來問：“今天有客人來嗎？”
綠翹慌亂，語無倫次，說：“陳樂師午後來訪，我告訴他你的去向，他‘嗯’了一聲就走了。”
魚玄機聽後覺得有些奇怪，以前每次陳韙來，不管多晚都會等到自己回來，今天怎麼早早走了？再看綠翹，見她雙鬟微偏，麵帶潮紅，眼含春水，眼神閃忽不定。魚玄機覺出蹊蹺，但也沒說什麼，讓綠翹退下。
入夜，等到其他道姑睡下，魚玄機把綠翹喚進房來，強令她脫光衣服，跪在地上，厲聲問道：“你今日做了何等不軌之事？從實招來！”
綠翹嚇得縮在地上，顫抖著回答：“徒兒跟著師父多年，怎敢忤逆師父。客來時，綠翹隔著窗戶報信說師父不在，客人沒說話，策馬就走了！要說情愛，綠翹早就不知那是何物，煉師不要懷疑！”
不說還好，這麼說了，魚玄機更怒。她逼近綠翹，仔細檢視全身，發現她胸前乳上有指甲劃痕，於是大怒，拿起藤條就往她身上死命毒打，就跟當年裴氏打自己一樣，隻是這次是脫光衣服再打。
無論怎麼抽打，綠翹都矢口否認自己跟陳韙有“奸情”。被逼至極，她反唇相譏：“煉師想求三清長生之道，卻不能忘床枕繾綣之歡，反而猜疑徒兒，綠翹今日必死在煉師毒手。若沒有天道，綠翹就不說話，若有天道，誰能強迫我說謊？我誓死不苟活於蠢蠢冥冥之中，放縱你的淫佚！”
魚玄機暴跳如雷，一把抓住綠翹脖子，把她的頭朝地上撞。隻聽“砰”的一聲，綠翹的頭重重地砸在石地板上，鮮血如注噴湧而出。等她力疲鬆手時，才發覺綠翹已經斷氣身亡。
魚玄機一看把綠翹打死了，頓時慌了手腳，頭上身上頓時冒出冷汗。
情緒稍鎮定後，她趁夜深人靜，找了鋤頭、鏟子，悄悄把綠翹的屍體埋到了後院紫藤花樹下。然後又提來水，衝洗房間裏的血跡。反複查看後，才惴惴不安地躺床上睡下。
過了幾天，陳韙來訪，沒見到綠翹，就問：“綠翹人呢？怎麼沒見到她呀？”魚玄機說：“她思春逃走了。”
陳韙覺得此事蹊蹺，但因為事情牽涉到自己，也不敢再多追問。
又過了十來天，到了蟬鳴蛙叫的夏日，有兩位新客來訪，其中一個客人還讓仆人駕馬車，帶了三壇美酒來。客人們都知道魚玄機喜歡美酒美食，所以時不時都會帶著美酒來。
這一天，他們幾個跟魚玄機一麵談詩論文，一麵飲酒。臨近黃昏，酒酣耳熱之際，有客人內急，他懶得到北牆邊的茅房去，於是走到後院紫藤花樹下就地解決。
尿剛衝到土包上，突然驚起一群綠頭蒼蠅。尿還沒撒完，那群蒼蠅就又急急聚攏過來。土上並無髒物，為何引來群蠅？他覺得奇怪，蹲下仔細看，發現土包上隱隱有血跡，還有股血腥之氣。客人大感奇怪，道觀裏怎會有血腥之氣？歸途中，他跟趕馬車的仆人聊起此事。
這仆人姓陳，他哥哥在官府裏做捕頭。第二天，他在哥哥家喝酒吃飯時，又把這事說給哥哥聽。陳捕頭一聽，也覺得事有蹊蹺，囑咐兄弟不要聲張此事，暗地裏卻去道觀周圍打聽，看有沒有什麼線索。
道觀因為魚玄機的名氣，早就成了八卦中心，平常就是沒事，也會不斷傳出新聞，何況這次是大活人綠翹突然不見了，焉能沒有說法？陳捕頭探聽的結果是：綠翹把魚玄機的一個情人拐跑了。
可陳捕頭產生懷疑：綠翹會不會被魚玄機殺了呢？於是，他在道觀高朋滿座的下午，派仵作（法醫）化妝成客人的仆人，去實地偵察。
仵作回來報告說：“非人即畜埋於該處，青蠅揮之不去。”
早在幾年前，陳捕頭賭錢輸了，想去魚玄機那搞點“保護費”，被她一口回絕。現在，不管那裏埋的是什麼，正好帶人去挖開來瞧瞧，就算真沒什麼，也可以借機敲打敲打她。
於是陳捕頭帶了七八個衙役，以追查朝廷要犯為由，闖進鹹宜觀，直趨紫藤花下。挖開土，一具年輕女孩的屍體赫然出現在眾人麵前。雖然已經過去了十餘日，肌膚竟然未腐，宛如生時，陳捕頭把道觀的其他小道姑、婢女叫來辨認，大家一致認定是綠翹。
於是，陳捕頭帶著一班衙役，直撲道觀大殿。隻見魚玄機跪於老子塑像前，口中念念有詞，平日佳朋滿座的大殿，此時就她一人。衙役把繩索套在她身上，她竟不置一詞，任由陳捕頭帶到官府。
第二天早上，魚玄機被帶到公堂，主審官正是被她屢次拒絕的裴澄。
裴澄驚堂木一拍，喝道：“罪婦魚玄機，你是如何殺死婢女綠翹的？從實招來！如若不招，大刑伺候！”
魚玄機身邊擺滿了幾十種刑具。
“威武——”站列兩旁的衙役一齊吼堂，公堂裏變得陰森恐怖。
魚玄機不願受刑後死得難看，就將打殺綠翹的經過招了。裴澄讓她在供狀上簽字畫押，在判決書上他用紅筆批上“秋後問斬”。隨後就將魚玄機押入死牢，將案卷移交京兆尹（長安市市長）溫璋審決。
魚玄機被關進大牢的消息眨眼間就成了長安特大新聞。京官和地方官數十人紛紛來說情，富商李近仁則拿出金元寶來保魚玄機的命。溫市長鑒於魚玄機的影響力很大，就將殺人案上報大理寺。
為魚玄機說情的人於是又奔到大理寺。大理寺卿劉方亮覺得此案很麻煩，幹脆將案卷移交刑部（司法部）尚書淳於達，淳於尚書也覺得這事麻煩多多，再將卷宗移送禦史台（最高檢察院）中丞陳琛（最高檢察院長）那裏。
陳琛幹脆來了個“三司推事”，即三個國家最高司法機關聯合審理宣判案件，到了這規格上，要說情，除非到皇上那兒。接著，三個全國最高司法長官宣布於唐懿宗鹹通十二年（871年）秋十月初八早晨，處斬魚玄機。
那天一大早，長安城北郊，萬人空巷。
到了午時，魚玄機坐囚車押進刑場。她風采依舊，及腰青絲披散在灰白道袍上，麵色慘白，但俊美依然。本來犯人是要穿囚服的，但在她的請求下，批準了穿道袍赴死。
將她解下囚車，卸下枷鎖後，魚玄機最後望了眼蒼天，問劊子手：“時辰到否？”
劊子手說：“時辰將到。請魚煉師滿飲此碗斷頭酒，來世再寫詩。”
魚玄機微微一笑說：“謝了。”接過大碗，仰頭飲盡，隨後猛力一摔，大碗“啪”的一聲響，在地上碎成無數片。
過了一小會兒，一聲鑼響，監斬官裴澄一聲令下：“午時三刻到，斬！”
魚玄機對劊子手說：“下手麻利些！”
“哢嚓”一聲，劊子手手起刀落，果然麻利！一顆美麗頭顱滾落到斷頭台下，斷頭處，血濺三尺。魚玄機的身軀倒下。陰沉沉的天，瞬時雷雨大作。
這一年，魚玄機26歲。
半年後，裴澄突然死亡，死因不明。
一年後，溫璋因貪汙事發，畏罪服毒酒身亡。
李近仁活到98歲，無疾而終。
魚玄機死後，有《獄中作》傳世：
焚香登玉壇，端簡禮金闕。
明月照幽隙，清風開短襟。
但願死後，清風明月送她到玉壇金闕。
千古之謎：魚玄機真的殺了綠翹？
曆史傳記中，大多說是魚玄機殺了綠翹，以其掌管道觀的身份，及受虐的經曆，倒也能理解此舉。然而，也有學者懷疑此事的真實性，其原因有二：
首先，綠翹已死，她死前和魚玄機說的話來源不可靠。
其次，綠翹作為魚玄機的女僮，年齡頂多不過十幾歲，而說的話義正詞嚴，全然不像天真爛漫的稚齡女孩子的口氣。（讀者可能也意識到了這點，本文大底保留了曆史傳記中綠翹的語言風格。）這些話未見得是作者所編造，很可能就出自京兆府刀筆吏對魚玄機罪案的陳述。而綠翹斥魚玄機“淫佚”，簡直就是京兆府尹對魚玄機嚴正的判詞。
總之，此事也可能是一場因嫉恨而起的報複性的冤獄。