1.成員與合作社聯係不夠緊密。突出表現在成員出資入股的很少，大多數成員沒有出資。納金鄉現有的兩個養殖合作社都是屬於政府或技術部門主導型的合作組織；政府和相關部門從籌建到使用以及後期管理都起到了決定性作用。養殖戶到奶牛養殖小區使用養殖場地不需要交任何費用。“崗堆奶牛養殖示範小區工程”總投資380萬，其中農牧局投資340萬元占89.5%，強基惠民項目資金40萬元占10.5%，全部屬於國家資金。藏熱奶牛養殖小區項目總投資350萬元，其中國家投資300萬元占85.7%，城關區配套投資30萬元占8.6%，群眾自籌資金20萬元僅占5.7%。基於以上等原因造成社員不太關注合作組織的發展，更不清楚在合作社中如何行使權利和履行義務。合作社組織分散，與“利益到戶”的養殖模式配套形成了“自產自銷”的銷售模式從而決定了合作實質的實質隻是形式上的“統一管理”。
2.村民合作意識不強，對“合作社”認識不清，管理不規範。村民對什麼是合作社不明白，隻知道“就是規定在一起養牛。”在“購、產、銷”過程中甚至有發生矛盾的情況。究其根源在於合作社沒有形成統一的購銷合作製度。內部結構設置中的合作社成員大會、理事會、監事會基本沒有有效運行，幾年都沒有開過一次會，“三會”結構空設；沒有健全的成員登記本，沒有嚴格的進出會規章。成員職責不明確，在“三會”中不清楚自己的職責。履行不了也沒有足夠的知識水平來有效履行。養殖場地的管理沒有定期的值班管理人員，對養殖場地和養殖戶的利益安全缺乏有效保障。
3.合作社定位不明確，合作社的產權不清晰。崗堆奶牛養殖示範小區、藏熱奶牛養殖小區兩個合作社和養殖基地都是農牧局、科技局等各級政府單位投資建設的。對於養殖場地和參加合作組織村民並沒有出資或出資極少，僅僅是在養殖場地的形式上統一。合作社沒有發揮出作用，也不知道如何讓發揮作用。養殖戶和村民在使用、退出現有養殖場地中如何讓分配，由誰主管方麵存在問題，是根據奶牛數量還是每戶都預留有場地在現行製度中沒有明確的規定。目前實行的是隻要是村民願意養奶牛在養殖基地就可以無償獲得一個牛圈。對於使用分配養殖場地缺乏有效的管理機製。
4.缺乏技術人才，沒有健全的人才培訓機製。在積極發展奶牛養殖業的過程中對技術人員培訓，養殖知識培訓宣傳不夠重視。在科技力量上主要是依靠農牧局和獸醫站的獸醫人員，但沒有建立獸醫人員駐點製度，在合作社內和養殖基地都沒有自己的獸醫人員，對個養殖戶的養殖知識培訓也很少。養殖戶缺乏防疫和養殖知識，相關部門做的隻是定期防疫。而在日常養殖中衛生防疫防預質量上存在隱患，在處理突發事件上達不到快速、高效的要求。
5.銷售渠道不科學，銷售成本高。目前納金鄉崗堆奶牛養殖示範小區和藏熱奶牛養殖小區所產鮮奶的80%都由“高原之寶”公司收購。盡管日均產奶量已達8噸多但是沒有科學高效的銷售方式。目前的銷售方式基本都是各養殖戶早上五六點鍾用三輪車拉著鮮奶到“高原之寶”公司進行銷售，僅僅是這兩個養殖小區就有70多戶，加上納金鄉不在養殖基地的養殖戶和城關區其他鄉的養殖戶這個數字將到達100以上。這樣“小、散、亂”的購銷方式嚴重耽誤了效率。由於人多導致銷購場所比較混亂，在銷購中容易引起爭執，不利於高效的銷購。浪費了人力、物力，這種自發且具有一些盲目性的銷售方式，讓廣大養殖戶始終處於賣方市場的劣勢地位。
三、關於納金鄉奶牛養殖專業合作社發展的完善措施
1.規範組織類型。應以貫徹《農民專業合作社》為契機，進一步加快農牧民專業合作社發展步伐。目前我國農業合作社主要有兩種類型：一是農業股份合作社。這種形式的農業合作社的製度特征是，在分配上實行按交易額分配與接受分配相結合。對外來資本和社會資本實行按股分紅，合作社內部實行按交易額返還，或者兩者結合。二是會員製農業合作社，指通過農戶交費入會，共享信息，協調行為，共同利用設施，以實行對會員共同利益的保護的合作經濟組織。納金鄉奶牛養殖合作組織應當采取“農業股份合作社”，同時加強規範化建設，健全合作社運行機製。以建成以兩個養殖基地所產鮮奶為依托的完整的奶製品產業鏈作為奶牛養殖業發展的出口。形成奶製品產業鏈是奶牛養殖專業合作社發展的關鍵所在。鄉政府要履行培育和引導農民專業合作社健康發展的職責，改變合作社沒有實質意義的現狀，使其靠自身能力發展壯大。這是發展農民專業合作社的長久之計。