摩根士丹利自稱獨立自主地經營的聲明之所以沒有多大的說服力，是因為它的大多數優先股為J.P.摩根公司的雇員所擁有。證券交易委員會斷言，這就在兩個摩根銀行之間，創造了"金錢利益的同一體"，以及一個"感情上"和"心理上"的聯係。4這樣，摩根士丹利開始購買優先股，而J.P.摩根的高級管理人員們則把股票賣給他們的妻子、兒女和孫子們等等。這是顯而易見的詭計，誰也騙不了。為一勞永逸地擺脫J.P.摩根控製的幽靈，摩根士丹利公司於1941年12月5日兌現並取消了它的優先股。雖然那些看不見的千絲萬縷的聯係在以後的幾十年中仍把這兩個公司捆在一起，但起碼此舉結束了它們之間的正式關係。
就在此時，對華爾街的攻擊減弱了。由於財政部要求承銷人停止發行新債，以避免與政府發行的戰時債券競爭資金，投資銀行在戰時的生意半死不活。所以，改革投資銀行的動力停止了，直到戰後初期的梅迪納審判才恢複。同時，通過向合夥製的轉變，摩根士丹利退入梅迪納法官後來稱為"神秘和尊嚴"的世界，與此同時，J.P.摩根出現在陽光下。
傑克·摩根最初抱怨了一陣子，隨後也就欣然接受了他的新角色——董事長。拉塞爾·萊芬韋爾說"他以厭惡的心情等待著的東西，原來並不那麼可憎"。51943年1月31日，傑克主持了J.P.摩根有限公司第一次股東大會。對於他來說，那是一段夕陽無限好的時光，戰爭使新政派指控他惡貫滿盈的聲浪停息下來，人人都說，早在傑西去世之前，18年來傑克好像一直就沒有這麼高興過。他有滋有味地為英戰收容的孩子們服務，而且那年秋天，他幾乎每個周末都去打野鴨子。他還有一些更加文雅的消遣，包括新的嗜好——給櫻花和別的花卉拍攝彩色照片。
穿著軟底鞋的傑克越來越表現出老人的形象。每天晚上，他都要停下來與馬蒂尼科克角的平克頓私家偵探公司的衛兵閑談，感謝衛兵為他打開莊園大門。他和約翰·戴維斯玩十五子遊戲，贏一盤得5美分，他運氣很好，連連贏錢，並逗戴維斯的男管家說他快要輸掉他的工資了。他還觀察生活中的細節。每天早上，他總是在同一個彎道處，迎麵碰到一個開車上班的年輕鄰居；有一次這位年輕人早上睡過了頭，當他們在比平時更遠的地點才相遇時，傑克向他搖搖手指挖苦他遲到。
2月底，在傑克動身去佛羅裏達度假前，醫生給他開了一張健康證書，讓他在墨西哥灣安安靜靜地釣魚。但在去博卡吉蘭德的火車上，他犯了心髒病，接著就中風了。28年來一直跟隨他的男仆，伯納德·斯圖爾特設法把他弄到在加斯帕裏拉旅館租下的別墅，那是在一座孤島上的冬季度假勝地。他在紐約的心髒專科醫生亨利·帕特森大夫南下來照顧他。1943年3月13日，傑克在昏迷狀態下死去，他的遺體被安放在普爾曼專用臥車車廂內，並加掛在海濱號列車上運回北方。
甚至在死亡上，傑克和皮爾龐特·摩根都有奇怪的相似之處。兩人都在75歲那年去世，而且死訊都是壓到股票市場關門後才發布，以便不影響股票價格。隨後報紙刊登大量訃聞，整版安排的格式都是隻有國家首腦才享有的待遇。《紐約時報》評論道："J.P.摩根公司這樣的私人銀行……在國際上獲得重要地位，並且在國際金融事務中占有一席之地，即使羅斯柴爾德銀行在其鼎盛時期也未曾取得過如此榮耀。"6這家報紙稱傑克是最後一位金融大亨——他們曾這樣稱呼皮爾龐特，並提到自從喬治·皮博迪退休後，摩根銀行首次不是由摩根家族的人來領導。湯姆·拉蒙特接替了董事會主席的職務。
傑克的葬禮也讓人聯想起皮爾龐特的葬禮。在斯泰弗森特廣場的聖喬治教堂舉行葬禮之前，他的遺體一直停放在皮爾龐特摩根圖書館。黑人男中音哈裏·伯利被請來參加葬禮，他曾在1913年的葬禮上演唱過。同樣，紐約證券交易所和23號街角處都降了半旗。1200位吊唁者在傾盆大雨之中趕來，對他們來說，隻有一點微妙的不同：他們由J.P.摩根和摩根士丹利兩家公司的董事們莊嚴地陪送到自己的位置上。葬禮後，傑克的骨灰被送到哈特福德，並埋葬在雪鬆山墓地，同皮爾龐特和朱尼厄斯葬在一起。
在他的遺囑裏，傑克繼承了皮爾龐特極盡慷慨的傳統，其中包括為他年長的家庭仆人設立100萬美元的信托基金。亨利·菲齊克是跟隨傑克34年的男管家，他在1915年的那次謀殺未遂案中因表現機智而獲得2.5萬美元的獎金。秘書約翰·阿克斯騰在19歲被他雇用，跟隨他40年，得到了5萬美元的獎金，貝勒·達科斯塔·格林也得到同樣數目的獎金。傑克發揚了皮爾龐特父母般疼愛的風格，額外發給那些在銀行工作時間很長的人6個月工資，給了那些最近被雇用的人員3個月工資。