二戰初期，J.P.摩根公司完成了從私人合夥人製向公司化轉變的最後曆程。摩根曆史上這一重大步驟是在皮爾龐特·摩根圖書館裏經過深思熟慮後才付諸實施的。1940年2月，在宣布這一轉變時，傑克史無前例地在記者招待會上露麵。他將出任董事會主席，喬治·惠特尼任首席執行官，拉蒙特任執行委員會主席。因為放棄了合夥製形式，傑克必須賣掉皮爾龐特1895年購買的紐約證券交易所的席位。
作為一個私人合夥銀行，合夥人要承擔所有損失的風險。但他們願意承擔這種風險，以便使他們的資本情況保密和他們的賬目免於檢查。這種傳統對這家銀行的神秘和強大起到了無法估量的作用。那麼，為什麼要改變現狀呢？這家銀行擔心隨著三個最富有的合夥人的衰老，銀行的資本會迅速分流。這三個人是，湯姆·拉蒙特、查爾斯·斯蒂爾和傑克·摩根。斯蒂爾已於1939年死於紐約的韋斯特伯裏，在生命的最後幾年，他終日觀看他的孫子們打馬球。如果傑克·摩根或拉蒙特也很快去世，資本可能會嚴重流失。大蕭條，加上征收遺產稅和所得稅的緣故，使該銀行的資產從1929年的1.19億美元，下降到1940年的3900萬美元。通過向股份製轉變，繼承人可以在不分散銀行資本的同時，賣掉手中的股票。他們還希望涉足信托生意，而合夥人製度是不能經營這種業務的。1927年，美國電話電報公司為第一個大型合作退休計劃提供資金，摩根人也想抓住類似巨大的資金。
摩根孤標傲世的傳統還遭到其他的打擊。摩根一直是堅持不與他人聯合的最大的銀行，但在1942年，它終於放棄了抵製的立場，加入了聯邦儲備體係。這一舉動與其大量購買政府債券有關，這是華爾街在戰時的主要活動。"街角"親眼目睹"勝利貸款"得到極大的支持，掛著國旗的證券交易所前人山人海。現在摩根財團將近7億美元的存款首次接受聯邦存款保險。另外在1942年，摩根所有權的股票持有人已擴大到80或90人之多，這些人大多數是以前控製摩根的家族和朋友。由史密斯——巴尼牽頭的銀團，向公眾出售摩根8%的股票。平民百姓破天荒第一次買上摩根銀行的一小部分股票。這不僅擴大了所有製，而且將價值轉移給親近的持股人。J.P.摩根公司在一份募股說明書中將其收益公布於眾，從而最終改變了傳統做法。
在過渡時期，摩根與其費城的附屬機構德雷克塞爾公司的關係也告終結。這家費城的公司先前已經把德雷克塞爾家族、比德爾家族、伯溫德和其他一些大家族收編到摩根的麾下。正如皮爾龐特曾對阿爾塞納·普約所說的："它隻是名字不同而已，在費城保留德雷克塞爾先生的名字，是出於我的意願。"11940年，華爾街23號接管了德雷克塞爾銀行的存款，關閉了費城的辦事處，並將這個名字賣給那些正在組建投資銀行的費城的合夥人。後來，I.W."矮胖子"伯納姆將其伯納姆公司與改組過的德雷克塞爾合並，這個著名的名字後來給德雷克塞爾——伯納姆蘭伯特公司的垃圾債券業務增添了幾分"姿色"。
為符合證券交易所會員的資格，摩根士丹利於1941年實行合夥人製度。它現在受到布蘭代斯派反托拉斯者的騷擾。這些人曾糾纏過J.P.摩根公司，並認為摩根士丹利隻不過是原來公司的翻版而已。摩根士丹利的迅速成功引起了人們的懷疑，因為從格拉斯——斯蒂格爾法案起，它曾經承辦了所有經協商債券發行的四分之一。在1939年和1940年，臨時國民經濟委員會聽證會期間，該委員會主席，懷俄明州的參議員約瑟夫·奧馬奧尼拒不相信J.P.摩根已退出了投資銀行業務："由於銀行法已把原來兩個混合的作用分開了，摩根士丹利便在投資領域繼承了J.P.摩根以前曾握有的類似的統治地位。"2證券交易委員會的律師約翰·豪澤提出了共謀理論，此理論認為摩根士丹利無非是J.P.摩根合夥人為繞過格拉斯——斯蒂格爾法案而製作的一個"法律擬製"。哈羅德·斯坦利反複受到責問：實施了格拉斯——斯蒂格爾法案之後，他是否接受華爾街23號的命令？這使他十分惱怒，他堅持說："我們是相互分離、互不相幹的機構，我們擁有並經營自己的業務，我們的錢投入普通股裏也有風險。"3證券交易委員會不相信他的否認，指控J.P.摩根公司利用它對戴頓電力公司的影響，為摩根士丹利獲取生意。