嚴酷的法律引起了百姓和士人的普遍不滿，他們依據包括史書、經書等書籍中所記載的先公先王的賢德事跡，紛紛指責或影射秦始皇。已經升任丞相的李斯，認為這些人之所以膽大妄為矛頭直指始皇帝，就是因為書籍的緣故。他給秦始皇寫了一封奏疏，要求焚毀“妖言惑眾”的書籍，下令除了秦國曆史之外的所有史書，以及經書、諸子百家之書等等典籍，無論是官府收藏，還是民間百姓和士人收藏，一律燒毀，隻留下關於農業、卜筮和醫藥的書籍。秦始皇同意了李斯的意見，下令在全國“焚書”，這是對中國文化的一次清洗。燒掉書籍，並不能堵住百姓和士人的口，反而激起更大的反抗。士人們對秦始皇的暴政怨憤異常，流言遍布天下。秦始皇勃然大怒，派出禦史到全國各地追查，竟然抓到460多人。秦始皇下令把這些人押到驪山的山穀中，全部坑殺。因為他們絕大部分是儒生，所以被後人稱為“坑儒”。“焚書坑儒”事件，使秦始皇失去了士人之心，這也成為秦朝滅亡的一個重要原因。
秦始皇很喜歡六國華麗的宮殿，所以，每滅一國，他都要讓人將這個國家宮殿的圖樣畫下來，在鹹陽照樣仿造。六國華麗的宮殿並不能滿足秦始皇的無限欲望，他曾經想造一個龐大的苑囿，西起雍、陳倉，東麵延伸到函穀關，麵積近千裏，最後被侍從、侏儒優旃勸止。盡管如此，秦始皇還是建了大量奢華的宮殿，僅鹹陽周圍就建有宮殿270多座，關外行宮400多座，關內300多座。修建這些宮殿，當然需要役使大量的勞力。其中，最大最有名的宮殿當屬阿房宮。根據《史記》記載，規劃中的阿房宮前殿東西長500步，約合700米，南北寬50丈，約合115米。這個巨大的工程，每年都要調用勞動力70萬人。到秦始皇死在出巡路上，阿房宮尚未建成。另一個宏大的工程是修建秦始皇自己的陵墓——驪山墓，每年也用勞力70多萬人。再加上其他工程，如建長城，修弛道，常年的兵役征發等，每年參與服役的人數竟然達到300餘萬之多。男子不夠用，就征發女子（秦朝因為實行法治，反對儒家思想，沒有像後來那樣限製婦女從事公共活動）。秦時全國人口約2000萬左右，被征發營造宮室、墳墓，守五嶺，築長城，戍邊等，總數占全國人口的百分之十五。使用民力如此巨大急促，實非人民所能承受。至秦始皇末年，農民起義已經接近爆發點。
秦始皇稱帝後，知道死是不可避免的，因而在驪山營造大墳墓；又希望或者可以不死。為此，他派出很多方士去求仙找藥，如讓徐福率三千童男童女東渡日本即是一例，為此浪費大量財物。方士妖妄，勸他隱藏修煉，因此又造許多宮室。他造長城，巡遊四方，大都是受方士的唆使。他到碣石（今河北秦皇島一帶）一次，到成山（今山東膠州半島成山角一帶）兩次，就是因為傳說這些地方是神仙常來的地方。秦始皇出巡還有另外一個目的，那就是向天下人炫耀自己的文治武功。至今，許多地方還存有秦始皇出巡時留下的石刻，如著名的泰山石刻。這些石刻主要是為秦始皇歌功頌德，宣傳秦朝統一天下、進行各項改革的曆史功績。秦始皇每出巡一次，都會耗費巨大的人力、物力和財力，鬧得百官黎民不得安寧。
一次，他南巡到衡山，舟行至湘山（今湖南嶽陽縣西南）遭大風。秦始皇大怒，使刑徒3000人把山上的樹全部砍光，隻是為了向湘神表示皇帝的威力。公元前221年，有一塊隕石從天而降，有人便趁機在上麵刻了詛咒秦始皇的一句話：“始皇帝死而地分”。秦始皇得到消息，火冒三丈，派禦史嚴厲追查刻字的人。追查未果，禦史便將隕石附近的住戶全部處死，又將刻有字的隕石毀壞，但這絲毫不能挽救秦朝滅亡的命運。
沙丘政變
“山雨欲來風滿樓”，是秦始皇臨死前中國社會的真實寫照。當他客死在沙丘之後不久，陳勝、吳廣所領導的農民起義就爆發了。起義的發生，並不是偶然的，而是自始皇統一中國以來積累的社會矛盾的總爆發，是始皇暴政的必然結果。當初秦始皇兼並諸侯，一統中國，順應了曆史發展的潮流，因為當時的中國，長期分裂，久經喪亂。春秋戰國400多年之間諸侯爭霸，合縱聯橫，天下擾擾，真是你方唱罷我登場，民心思治，民心思安。如果不經過長時期的休養生息、長時期的恢複，社會是很難繼續向前發展的。但是，秦始皇所實行的政策，卻是反其道而行之，舉全國之力，修建宮殿，修築長城，開拓邊疆，開辟馳道等，全然把新國家當作一個新的戰場——全民參與曠日持久的“土木工程”戰爭。早已經厭倦了戰爭的百姓，如今又參與到這一場更大的“戰爭”之中，除了反抗暴秦，他們似乎別無選擇。
公元前210年，嬴政進行最後一次巡遊，同時也是他的死亡巡遊，危若累卵的秦王朝滅亡的日子已是屈指可數了。這次巡遊，隨行的有丞相李斯、中車府令趙高和他最喜歡的小兒子胡亥。返回途中，一向身體健康的嬴政在平原津（今山東德州）突然病倒。到了沙丘（今河北平鄉、廣宗一帶），病情非但沒有好轉，而是加重了。秦始皇知道自己將不久於人世，這才慌了手腳，急忙命令李斯起草詔書，並將詔書和傳國玉璽遞送給長子扶蘇，催促扶蘇立即趕回鹹陽，主持喪禮。當李斯草擬好詔書呈交嬴政審閱時，嬴政已經死去了。此時，扶蘇又在哪兒呢？原來扶蘇曾經勸說過秦始皇：“現在天下剛剛統一，邊境上的民眾還沒有徹底安定，士人們也都推崇儒家的主張，而父皇卻用嚴酷的法律治理天下，兒臣擔心會令天下不穩。希望父皇能認真考慮，改變政策，安定人心。”扶蘇的話可謂句句在理，但是秦始皇又哪裏聽得進去，反而斥責扶蘇多事，將他派往邊境的軍隊裏做監軍，和大將蒙恬一起抵禦匈奴。