元末時期，寧瑪派教法的集大成者、高僧龍欽饒絳巴將這個宗派的教義作了全麵係統的整理、歸納，又以《龍欽七寶藏論》等名著將之發展和弘揚，擴大了寧瑪派的宗教影響。龍欽饒降巴尊者到過不丹、印度，還在在不丹建立了塔巴林寺，後來寧瑪派又從不丹傳到了尼泊爾。
在第五世達賴喇嘛時期，寧瑪派因受到他的支持而得到了較大發展。直到今日，它也是藏傳佛教中規模和影響較大的一派。如今坐落在四川省甘孜藏族自治州色達縣境內被稱為“世界上最大的佛學院”的色達喇榮五明佛學院，便是由寧瑪派高僧晉美彭措（1933-2004年）所創立的一所以寧瑪派教法為主的藏傳佛教新型佛學院。當代著名佛教高僧、不丹王室的前國師欽哲仁波切（1910-1991年），以及國內深受大眾歡迎的堪布索達吉、慈誠羅珠、希阿榮博等上師，也都是出於這個傳承。
（二）九乘判教法和大圓滿法
寧瑪派的“九乘判教法”是在藏傳佛教中極富特色的判教方法。它把整個佛法分為九乘，即顯宗三乘——聲聞、獨覺、菩薩，外密三乘——事續、行續、瑜伽續等，內無上三乘——摩訶瑜伽（大瑜伽）、阿魯瑜伽（隨類瑜伽）、阿底瑜伽（最極瑜伽）。其中，九乘教法之冠——最上一乘的阿底瑜伽，就是“大圓滿法”。
大圓滿法是寧瑪派的特殊教法，它在寧瑪派教法體係中有著至高無上的地位。所謂“大圓滿”，是指一切眾生都具有的本來清淨和光明的心性，也叫做“自性清淨心”或“自然俱生智慧”。它不僅是眾生先天具有的成佛的潛在性，也是世間一切現象的根源和基礎。
這種自性清淨心無生無為，本來空寂，不可能用概念和邏輯的方法去獲得對它的真實理解。它並非絕對的“空”，而是“體空性有”，是“光明”的覺性。它能顯現一切染淨世界，這些顯現為染淨的外境之自性是“空”。由於眾生不了解實相，將性空之境執以為實，由此起惑造業，所以流轉輪回。如果能真正地體悟自身本有的清淨心性，了知現空無別，也就能知煩惱與菩提無二無別，從而徹底覺悟，解脫生死，達到光明圓滿的境界、獲得佛果——這需要經過對大圓滿法的修行實踐才可達到。
大圓滿法又分為心部、界部、口訣部（或譯為“教授部”）三部。心部注重體悟心性，通過直接觀見心性的明空本淨，現起自然智慧，從而解脫，成就法身。界部把一切法都視為“自然本智法性界”所顯現的影像，偏重於明、空平分秋色，主張通過脫離心所思慮的對象去修“空”。口訣部認為，心部雖重視體悟心性，卻沒有了悟法性，執著於意察，界部雖主張平等修，但卻執著於法性之意察，失之於空。口訣部則超越了前二者，將一切輪回涅槃之法都彙歸入離空執的法性之中，因此沒有輪回涅槃的分別，於這種超越二元兩份的無分別境界中證得法性。
二、噶當派
噶當派是在寧瑪派之後出現的一個較早的教派。藏語“噶”字是“佛語”的意思，“當”字意為“教授”或“教誡”。按照《土觀宗派源流》的說法，“噶當”要表達的意思，是把佛的一切言教——三藏教義，全都無一遺漏地攝入到阿底峽大師的“三士道”的教授之中，作為修習。
（一）創建和發展
噶當派尊奉阿底峽大師為開派祖師，他寫的《菩提道炬論》奠定了噶當派的思想基礎。
阿底峽大師在西藏傳法12年，培養了眾多著名的藏族弟子。其中，對噶當派的形成和發展做出了巨大貢獻的有三大弟子——前藏的庫敦·尊智雍仲、俄·勒貝喜饒和仲敦巴·傑威迥乃，其中又以仲敦巴·傑威迥乃最出名。
1054年，阿底峽大師圓寂，大弟子仲敦巴成了大師眾弟子的首領和師長。1057年，仲敦巴在熱振地方創建了熱振寺，這個寺院成了當時專門宣揚阿底峽大師佛學觀點的唯一道場。仲敦巴以這個寺院為根據地，正式創建了噶當派。
到了仲敦巴弟子們的時代，噶當派得到很大發展，普瓊哇·訊努堅讚、博多哇·仁欽賽、堅阿哇·慈臣拔等“同門三兄弟”以及朗日塘巴、夏爾哇、加玉哇等人讓這個教派發揚光大，而且還建立了噶當派的三大教法傳承——教典傳承、教授傳承和教誡傳承。