在清政府大力提倡尊崇佛教政策鼓勵下，藏傳佛教（尤其是格魯派）在西藏、青海、四川、雲南、內外蒙古和五台山等許多地區，都得到了廣泛的傳播和大力的發展。
清朝時期，格魯派教法在蒙古各部中的傳播和發展達到了鼎盛階段。清代蒙古流行的主流宗教是藏傳佛教，其中又以格魯派占統治地位。蒙古大漠南北寺廟林立，以多倫諾爾的彙宗寺、固陽的五當召（廣覺寺）、庫倫的甘丹寺（慶寧寺）最為著名。據統計，清朝中期，內蒙古地區的喇嘛約有15萬人，清朝末期約10萬人，約占男子人口總數的40%-50%左右，個別地區達到60%左右。內蒙古地區大小寺廟共有1800多座（參見德勒格：《內蒙古喇嘛教史》，內蒙古人民出版社，1998年，第152——153頁）。藏傳佛教在蒙古作為主流宗教文化而發揚光大，並且還對蒙古的文字創造、醫學、藝術等文化發展產生過不容忽視的影響。
清政府采取的“興黃教之所以安眾蒙古”、扶持格魯派的政策，也推動了藏傳佛教格魯派在內地的發展，使它在滿族和漢族地區也迅速地傳播開來。北京、承德山莊、五台山等地，均形成了有規模的藏傳佛教寺院，並且極為興盛。
隨著格魯教的勢力在藏區的安多、康區及周邊地區的發展壯大，它的教法也在這些地區生活的其他民族中傳播並產生了深遠的影響。
比如聚居在安多藏區腹地的土族，他們與藏族處於雜居狀態。據《土族簡史》記載，土族早期信奉藏族原始宗教——本教。到了元代，藏傳佛教中的薩迦、寧瑪、噶舉等派相繼在土族地區得以傳播，15世紀以來，格魯派也傳播到了土族地區，並興盛起來。隨著格魯派勢力的擴張，它在土族地區就逐漸淩駕於薩迦、寧瑪、噶舉等派之上，由此土族人都改信格魯派。
甘肅省祁連山北麓的裕固族，早在唐末、五代時期，就已經與藏族有了接觸。元朝，藏傳佛教中的薩迦派傳播到裕固族中，被他們信仰。到了明代中期，裕固族也開始信仰格魯派。自清代以來，格魯派就成為了裕固族民眾中最主要的信仰教派。據史書記載，清光緒年間，裕固族地區的格魯派寺院達到10餘座。
15世紀末，格魯派傳入了雲南德欽、中甸、維西以及寧蒗永寧等藏族、納西族和普米族地區。明朝中葉，格魯派興盛於這一帶。到了清初，格魯派在雲南德欽、中甸、維西等地區已經有了相當的規模，並發展到了寧蒗永寧的納西族等地區。從那開始，這一地區自稱“納日”的納西族的信仰以格魯派為主。不過，在格魯派傳入之前，噶瑪噶舉派從公元11世紀末至13世紀中期就已經在這些地區傳播，而且在納西族首領木氏土司家中獲有極高的地位。因此，在雲南納西族地區也有很多民眾信奉噶瑪噶舉派。
第七節藏傳佛教各教派
一、寧瑪派
寧瑪派是藏傳佛教中最古老的一派。“寧瑪”在藏語中有“舊”或“古”的意思，藏傳佛教的密宗有新密和舊密之分，這個教派以舊密傳承為主。所以稱之為“舊”，又因為它的教法傳承非常古老，可以追溯到吐蕃時期，基本上繼承了由蓮花生、無垢友、貝若雜納等著名學者傳下來的秘密教法、修行方式和咒語咒術等，曆史源遠流長，所以稱之為“古”。
雖然它的曆史如此古老，但是在前弘期，藏傳佛教其實並沒有宗派之別，作為一支獨立的宗派，寧瑪派也是在後弘期才正式形成的。
（一）形成與發展
佛教密宗在初傳入藏地時，由於當時的大多數人受文化和思想的局限還不能接受它，所以密宗的傳播在當時是受到限製的。如在赤祖德讚和熱巴堅的時代，就曾經嚴格限製密教典籍的翻譯，那些已被譯出的密典和一些已有傳承的密法，也都隻能秘密地傳授。
不過，也正因如此，在朗達瑪滅佛之時，那些密法仍能秘密地在修行者家中以父子兄弟相傳的形式承繼下來，沒有間斷。不過在此過程中，密宗有可能自覺或不自覺地滲入了某些本教的內容，總之舊密與11世紀以後翻譯的新密有所不同。
傳授這些舊密教法的修行者，在長達幾百年的時間內都散居於民間，是寧瑪派的主體力量。不過，最初他們既沒有寺院，也沒有僧伽組織，亦沒有成係統的教義體係。
直到11世紀，“三素爾”——大素爾·釋迦迥乃（1002——1062年）、小素爾·喜饒紮巴（1014——1074年）及其子卓浦巴·釋迦僧格（1074——1134年）的素爾祖孫三人出現，他們把吐蕃時期傳下來的密法分門別類，整理成體係，並加以弘揚。他們建立了鄔巴壟寺，從此寧瑪派才有了自己的寺院，並有了成規模的宗教活動。可以說，大素爾·釋迦迥乃是寧瑪派的奠基人，而小素爾·喜饒紮巴正式開宗，卓浦巴·釋迦僧格則將它發揚光大，由祖孫三代的努力，寧瑪派才正式成為了一個獨立的宗派。