1401年至1402年，宗喀巴大師在熱振寺撰寫了著名的《菩提道次第廣論》，1406年，他完成了另一部重要著作《密宗道次第廣論》，1408至1409年完成了《中論廣釋》和《辨了不了義論》。寫成每部著作之後，他都廣為宣講，為他的佛學思想和理論爭取更多的信奉者和支持者。
三、格魯派的創立
格魯派是宗喀巴大師在對藏傳佛教進行宗教改革的過程中創立的一個新宗派。格魯派的“格魯”一詞意為“善規”，指這一個宗派倡導僧人嚴守戒律，該派僧侶戴黃色僧帽就是表達對戒律的重視之意。另外，又因為這一派認為它的教理源於噶當派，所以它又稱為“新噶當派”。它是藏傳佛教各大教派中最後興起的一個。
1409年藏曆正月，在闡化王紮巴堅讚及其屬下的大力資助下，宗喀巴大師在拉薩主持了一場有萬人規模、空前盛大的祈願大法會。大法會前，曾商定由帕竹政權屬下貴族仁欽貝、仁欽倫布父子出資在拉薩東五十裏的旺古爾山（又名“卓日窩切”）為宗喀巴大師建寺。法會結束後，宗喀巴大師親自去旺古爾山加持了地基，由大弟子賈曹傑和紮巴堅讚二人率領徒眾，建立了著名的甘丹寺，全名為“甘丹南結林”。格魯派就是以甘丹寺為根本道場逐漸形成並發展起來的。在藏文史籍中，一般以1409年作為宗喀巴創立格魯派之始。
作為在宗教改革的過程中建立的新教派，格魯派與當時的藏傳佛教其他教派相比，有自己的許多特點，主要表現在：
第一，要求出家僧人必須嚴格遵守戒律，不應幹預世俗事務，不得娶妻和從事生產勞動。
第二，調整和改革了寺院的組織和規章製度，對學經製度作了嚴格規定。
除了強調嚴守戒律之外，特別注重佛教修習的次第，強調要先學顯、後學密，要循序漸進，不允許跳躍等級。認為顯宗人人可學，而密宗隻能傳給少數有根器者。
規定了五部大論即《現觀莊嚴論》、《入中論》、《量釋論》、《戒律本論》、《俱舍論》是學習顯宗的必修經典，而修習密宗者必須係統地修習四部密法即事密、行密、瑜伽密、無上瑜伽密，不得隻修某一密法而不顧其他密法。這種係統的學經過程，相應地在寺院中形成了嚴密的規章製度和教學組織。
格魯派寺院的組織嚴密、製度詳明，是當時其他教派不能比擬的。
第三，每年在拉薩舉行傳昭法會，允許其他教派僧人參加。在會上講經傳法，創立了傳昭期間進行辯論和考試、以授予格西等學位的製度。
格魯派的創立給當時渙散的藏傳佛教帶來了新的氣象，作為一個具有高度自我約束力、組織嚴密、製度詳明的新興教派，它受到了當權者的支持，也得到了民眾的敬重，多方麵的因素使它自創立之後便獲得了很迅速的發展，遍布於整個衛藏、後藏、阿裏、多康地區。
四、達賴喇嘛活佛世係的形成
16世紀，後藏的仁蚌巴屬下的辛夏家族在次旦多傑的領導下，於1565年推翻了仁蚌家族的統治，控製了後藏大部分地區。次旦多傑自稱為“藏堆傑波”，其意為“後藏之王”（漢文史料中為“藏巴汗”）。藏巴汗的勢力迅速崛起，而帕竹政權卻在進一步衰落。藏巴汗支持噶瑪噶舉派，敵視和壓製一直依靠帕竹政權的格魯派。
從16世紀初，蒙古勢力開始南下，進入青海，向西藏逼近。1559年，蒙古土默特部的首領俺答汗率部進入了青海，因其勢力強大，明朝也無可奈何。土默特部在進入青海安多藏區之後，接觸到了藏傳佛教，並且與之建立了聯係。1571年，西藏高僧阿辛喇嘛到蒙古地區傳教，會見了俺答汗，並且勸他皈依佛教。後來，又有青海喇嘛阿哩克等也向俺答汗講解佛教的教義。
1574年，俺答汗派遣金字使者前往拉薩，邀請當時任格魯派色拉寺第十三任赤巴的索南嘉措喇嘛（1543——1585年）到青海講法。索南嘉措喇嘛接受了邀請，於1577年底從哲蚌寺起程，前往青海。1578年藏曆五月十五日，索南嘉措喇嘛與俺答汗會晤於青海湖西北新建的察卜齊雅勒廟，雙方像忽必烈與八思巴那樣互贈尊號。俺答汗贈給索南嘉措喇嘛的尊號是“聖識一切瓦齊爾達喇達賴喇嘛”。“聖”是超凡出世之意，“識一切”，是藏傳佛教對在顯宗方麵取得最高成就的人的稱號，“瓦齊爾達喇”意為“金剛持”，是藏傳佛教對在密宗方麵取得最高成就的人的稱號，“達賴”是蒙語大海之意，“喇嘛”則是藏語中上師的意思。這就是達賴喇嘛名號的開端。