由於此次戰爭的勝利，擱置已久的第四世達賴喇嘛的轉世問題得到解決。1622年，西藏山南瓊結地方一個貴族家庭的孩子——阿旺·洛桑嘉措（1617——1682年）由第四世班禪羅桑·卻吉堅讚認定為第五世達賴喇嘛的轉世，被迎入哲蚌寺坐床。
第五世達賴喇嘛是格魯派教史上一位舉足輕重的人物。在格魯派四麵受敵、生死存亡的關鍵時刻，他與第四世班禪大師等人共同商議之後，向和碩特蒙古汗王固始汗求援。經過幾次戰爭，在1641年，固始汗獲得最終勝利，處死了藏巴汗，打擊了噶舉派。
此後，在固始汗的直接策劃和安排下，建立起了一個統治全藏的甘丹頗章政權。他尊第五世達賴喇嘛為全藏區的宗教領袖，使格魯派掌握了衛藏地區的經濟大權，以第五世達賴喇嘛為首的格魯派上層在甘丹頗章政權內也擁有實權，格魯派在西藏社會中形成了獨占優勢的局麵。
之後，在噶瑪噶舉派與一些原來支持藏巴汗的地方首領聯合發動的一係列戰爭中，固始汗之子達賴汗使用軍事力量鎮壓了這些暴動，幫助格魯派摧毀各地的噶瑪噶舉派寺院，強迫噶舉派僧人改宗，還在所有噶瑪噶舉派僧人的手上打上印記，再將他們交給各個格魯派寺院。在那之後，在對不丹和拉達克的戰事中，固始汗的蒙古軍同樣充當了主力。
（二）擴張勢力範圍和確立主導地位
1652年，清朝的順治皇帝邀請第五世達賴喇嘛到北京弘法，給了他極為隆重的接待，又送給他刻有滿、蒙、藏、漢四種文字的金冊、金印，正式冊封第五世達賴喇嘛為“西天大善自在佛所領天下釋教普通瓦赤喇怛喇達賴喇嘛”。從那以後，“達賴喇嘛”的封號與其在西藏宗教領袖的地位就被正式確定了下來。
回到藏地之後，第五世達賴喇嘛憑借受清政府冊封和蒙古軍隊支持的優勢，采取了種種措施，展開一係列變革，對西藏社會從政治、經濟、宗教等方麵進行了全麵的調整和整頓，從而擴大和發展了格魯派的勢力範圍，鞏固了格魯派集團對衛藏地區的控製。由此，使格魯派得到了空前發展，在藏傳佛教各教派中占據了絕對的優勢。
在這個調整和整頓的過程中，第五世達賴喇嘛強製沒收了不少其他教派的寺院，迫使那些寺院改宗成為格魯派的屬寺。例如，他曾沒收了覺囊派達丹平措林寺及其屬寺的財物，又沒收了噶瑪噶舉其寺院財物，迫使那些僧侶改宗格魯派。
同時，第五世達賴喇嘛還以清朝賜予他的金銀為主要資金，在前後藏地新建了60多處格魯派大寺，並給它們劃撥土地和屬民，又大加擴建格魯派舊有的寺院，對布達拉宮也進行了大規模的擴建。
第五世達賴喇嘛和第巴桑結嘉措在執政期間，進一步規定了格魯派寺院內部的組織形式，形成了一整套的規章製度。又以拉薩三大寺和紮什倫布寺為中心，在全藏組織起格魯派集團寺廟網絡。在大小寺廟之間形成主寺和屬寺的關係，規定主寺有權派出僧官擔任屬寺的堪布等重要職務，或派出常駐代表掌握屬寺的內外大權，由此建立起層層隸屬，形成了一個嚴密而又強大的主屬寺院網絡。這樣一來，格魯派不僅嚴格地控製著各地的宗教，實際上也控製著各地的政治、經濟和文化。
（三）對其他宗派的政策
第五世達賴喇嘛對藏傳佛教的其他教派基本上采取開放的態度——除噶舉派和覺囊派之外。
他除了學修格魯派所傳的各種經論教法之外，還從其他不同教派的大師處聽受、學習新舊所傳的許多種密法，對顯密諸教、大小諸乘、內外明處、各大教派無不精研。第五世達賴喇嘛一改格魯派自創立以來一直反對寧瑪派的行事風格，不僅自己親身修習寧瑪派的密法，還寫了不少關於寧瑪派密法的著作。
第五世達賴喇嘛在執政掌握西藏宗教權力之後，他對格派魯、寧瑪派、薩迦派等各派基本上采取一視同仁的政策，而對寧瑪派又尤為大力支持。他曾幫助寧瑪派擴建了多吉紮寺和敏珠林寺及不少屬寺，自己又創建了南傑盤德林寺，在寺內專門弘傳寧瑪派教法，還曾把噶舉派都鬆欽巴在洛紮地方所建的拉隆寺奪過來交給了寧瑪派，此外又劃撥給寧瑪派寺院大量莊園和屬民，從經濟上加強寧瑪派的實力。
七、格魯派教法的傳播及影響