此後格魯派寺院將索南嘉措定為第三世達賴喇嘛，追認根敦嘉措為第二世達賴喇嘛，而格敦珠為第一世達賴喇嘛，由此形成了達賴喇嘛的活佛世係。
五、達賴喇嘛活佛世係的形成
在第三世達賴喇嘛與蒙古俺答汗在青海的曆史性會見中，商定了一係列在蒙古地區修建寺廟、廣泛推行藏傳佛教的條例。如，俺答汗頒布在蒙古地區推行格魯派的法規《十善佛經法》，並且規定格魯派上層僧侶享有與蒙古貴族同等的政治、經濟待遇，且免征賦稅，善奉格魯派、尊敬喇嘛是每個蒙古人的義務，下令禁止薩滿教的宗教活動。
兩人商談之後，舉行了由蒙古、藏、畏兀兒（維吾爾）、漢等民族群眾約10多萬人參加的盛大法會。第三世達賴喇嘛以格魯派教主的身份剃度了包括蒙古鄂爾多斯、土默特、永謝布三部王族成員在內的100多名蒙古人與藏族人出家為僧，又給俺答汗傳授了《喜金剛》的灌頂，贈給他“大梵天法王”的尊號。從此蒙古民族的社會風俗逐漸起了變化，開始信奉藏傳佛教。
1579年，俺答汗回到土默特，修建了蒙古地方第一座藏傳佛教大召寺，萬曆帝為它賜名為“弘慈寺”。之後又修建了美岱召、席力圖召等寺院。1582年，俺答汗去世，他留下遺言，要求後人繼續崇信佛法，並迎請第三世達賴喇嘛到土默特。於是，1582年底，第三世達賴喇嘛應繼承汗位的都隆·僧格洪台吉的邀請，向北出發。他一路上講經說法，曾多次停留，經過甘肅臨洮時，還調停了當地蒙古族部落與明朝官員的糾紛，又在內蒙古的依克沙巴爾調解了三個蒙古部落之間的戰爭。總之一路上受到隆重歡迎，講授佛法，做了許多佛事，最後在1585年到達庫庫和屯（歸化城，今呼和浩特舊城），駐錫大寺，為俺達汗主持了超度法會。
第三世達賴喇嘛在內蒙古期間，竭盡全力地宣傳格魯派教法。他在青城建立了錫熱圖召寺。又到內蒙古東部地區講經說法，廣收門徒。1587年，外蒙古喀爾喀部的阿巴岱汗從第三世達賴喇嘛處領受了佛教要旨，迎佛像經典而歸後，就下令燒毀當地的薩滿教神像，修建藏傳佛教格魯派的寺院。1589年，阿巴岱汗在沙拉·阿吉爾嘎地方（今烏蘭巴托附近）修建了寺院“額爾德尼昭”，這是在漠北喀爾喀部興建的第一座格魯派寺院，裏麵供奉著第三世達賴贈予的佛像。從此，格魯派教法在外蒙古地區也廣泛地傳播開來。
第三世達賴喇嘛還派遣了一些高級喇嘛留駐蒙古，著名的青海東科爾寺呼圖克圖就是被第三世達賴喇嘛派遣到蒙古的，這位高僧後來一直在蒙古傳播佛法，甚至他的輩輩轉世也都出現在蒙古。著名的阿興喇嘛也曾在蒙古駐留多時。
1588年，第三世達賴喇嘛在應邀赴察哈爾部講經的途中圓寂，
臨終前留下了“轉世靈童在俺達汗家族中”的遺言。這就是達賴喇嘛世係中迄今唯一的蒙古族——第四世達賴喇嘛雲丹嘉措的認定由來。
通過這一係列的活動，第三世達賴喇嘛名聲遐邇，藏傳佛教格魯派的威望也得到進一步提高，在蒙古漠南漠北各地區迅速地發展起來。
六，格魯派的全麵興盛
（一）在蒙古的幫助下形成獨占優勢的局麵
第四世達賴喇嘛雲丹嘉措（1589——1616年）從蒙古入藏以來，當時的藏地政治格局發生了變化。西藏大部被辛夏巴家族勢力所控製，而格魯派的支持者帕竹政權更加衰微和分裂，已徒具虛名，在經濟上支持格魯派的弟巴吉雪巴也已經被擊垮。噶瑪噶舉黑帽係的第十世活佛曲英多傑與辛夏巴家族關係密切。在格魯派與噶舉派的教派之爭中，辛夏巴家族與噶瑪噶舉的紅帽、黑帽係以及止貢噶舉派聯合起來打擊格魯派和格魯派的支持者。
1618年，辛廈巴家族勢力推翻了帕竹地方政權，建立了第悉藏巴政權。在第四世達賴圓寂之後，辛夏巴·彭錯南傑對格魯派采取了更加嚴厲的限製措施，還下令不準達賴喇嘛再度轉世。這對格魯派來說是非常沉重的打擊，在重壓之下，格魯派向蒙古汗王尋求外援。1617年初，蒙古喀爾喀部向彭措南傑發起進攻，先勝後敗。1621年，青海土默特蒙古的軍隊抵達拉薩，向藏巴汗展開進攻，大獲全勝。藏巴汗的繼承者丹迥旺布的殘軍被圍困於拉薩藥王山下，經第四世班禪羅桑卻吉堅讚等人出麵調停，丹迥旺布同意把以前搶占的哲蚌、色拉兩寺莊園交還格魯派，把拉薩河下遊地區交由格魯派管轄，恢複衛藏曾被噶瑪噶舉派紅帽係強迫其改宗的格魯派寺院。