布頓大師還提出了“地為圓形”的學說，並依此理論在夏魯寺回廊的牆壁上進行繪製。他不僅參與了夏魯寺殿堂的設計規劃，還親自製訂了佛塔建築的量度和曼荼羅的畫法，並親手繪製多幅大型曼荼羅壁畫，在佛教造像量度學與色彩學方麵也提出了不少獨到的見解。
他對藏文大藏經的編纂整理耗費了極大的心血，重新審定了納唐寺的《丹珠爾》，搜集了新譯和原來未收進去的論著近千種，並使西藏所傳的密宗有了一個係統的分類。他在夏魯寺創建了密宗經院和顯宗經院，使不同門類的學科係統化和規範化，對藏族寺院教育製度的係統化也有著積極的促進作用。
（三）寧瑪派的集大成者龍欽饒絳巴
生於元末時期的寧瑪派著名高僧龍欽饒絳巴（1308——1363年），是寧瑪派教法的集大成者，是大圓滿傳承曆史上最重要的祖師。龍欽饒絳巴尊者和在他之前的薩迦班智達以及在他之後的宗喀巴大師三者，可以說代表了藏傳佛教文化的三個高峰。
龍欽巴尊者本名智美沃色，生於前藏優如紮地方。他5歲便學會了藏文的閱讀和書寫，跟從父親學習眾多經論和醫藥、星象等知識，12歲時在桑耶寺出家為僧，法名為慈誠羅珠。據說他14歲起已便可以講授戒律經論。他在19歲時入桑浦寺，學習了慈氏五論、因明、中觀等諸多顯宗理論和聲韻學、修辭學、韻律學、戲劇學等共6年，期間成績顯著。由於他在因明辯經場上戰勝對手，被眾人稱為“桑耶多經教者”或“龍欽饒絳巴”（廣通經義者）。
後來，龍欽巴尊者又遍尋名師賢哲，沒有任何教派偏見地學得了當時所有各宗派最重要的傳承教法，並於山岩寂靜處不斷修行，成為了兼通顯密的一代高僧。他四處弘法，足跡遍布於烏思藏各地以及不丹、印度等地，並在不丹建立了塔巴林寺。不丹境內的寧瑪派就是從該寺發展起來的，並且經由不丹傳到了尼泊爾。
龍欽巴尊者還發掘了不少伏藏，豐富了寧瑪派的佛教經庫。他也對許多寧瑪派經典作了整理和詮釋工作。他一生的著述等身，多達283種，其中關於修辭、韻律、辭藻學方麵的作品及論述佛教基本知識的文章等共96種，顯宗方麵的論著有20種，密宗方麵的論著有115種。在這些論著中，最著名的是《龍欽七寶藏論》，也就是《宗派寶藏論》《勝乘寶藏論》《竅訣寶藏論》《如意寶藏論》《法界寶藏論》《實相寶藏論》《句義寶藏論》等七部經典，把深廣、奧秘、繁雜的寧瑪派教義作了全麵、係統的整理和歸納，不但在寧瑪派教史上占最重要的位置，而且對整個藏傳佛教都有重大影響，不少佛教大師稱它在藏傳佛教史上是空前絕後的。
此外，這一時期還湧現了不少有名的高僧大德和佛教學者，在此就不一一詳述了。
七，藏傳佛教在內地的傳播
在元朝統治者的支持下，藏傳佛教以元大都為中心，在上都、江南、敦煌等地都迅速傳播，影響遍及朝野。
在元代，每逢祭祖、皇室成員生病、遇到天災或戰事等等，都要舉辦藏傳佛教的佛事活動。這些佛事規模巨大，影響也很廣泛。元朝統治者又組織人員翻譯藏傳佛教經書，並命寺院僧人誦讀。又廣建寺廟，封賞僧人，給寺廟的土地以特權，采取了各種措施來促進藏傳佛教的傳播。
設立藏傳佛教僧人作為帝師也成為了元朝的一種風尚，先後正式設立的帝師就有14位，元政府給了他們極高的社會地位。百官、宮妃、內侍等人出於不同的目的，紛紛拜在帝師門下，受戒，學習佛法。這種情況不僅出現在內宮，同時也波及到全國。
由於元統治者崇信藏傳佛教，給了藏僧很多特權，所以元時期大量藏僧源源不斷地湧向內地，他們當中除了一小部分被封官晉爵外，還有一部分散落在各處，成為社會上活躍的一部分，藏傳佛教也隨著他們的活動得到了傳播。
另外，元政府把一些在政治鬥爭中受牽連的藏族高僧貶到江南去，這也在客觀上促進了藏傳佛教在江南的流傳。
到了元末之時，藏傳佛教噶舉派的僧人也進入內地弘法，其中就包括了噶瑪噶舉派的第三世活佛饒迥多吉和第四世噶瑪巴活佛若必多吉。