從那以後，轉世修行者在臨終時遺留遺囑成為了噶瑪噶舉黑帽係朱古的一種傳統，這也成為了認定轉世朱古的主要依據。由此藏傳佛教的活佛轉世製度得以開創。
四，中觀、因明學與辯經之學風
佛教傳入藏地之後，寺院既是佛教的宗教活動場所，也是完成佛教文化教育的機構。前弘期的桑耶寺建成之後，赤鬆德讚曾下令在桑耶寺內成立了一所妙法學校，由官方出資迎請印度和藏地的教師，開設《皈依頌》《因果論》《佛教戒律》及梵文和藏文的翻譯課程，但因朗達瑪滅佛運動，剛興起的寺院教育也被迫中斷。
10世紀後半期，隨著藏傳佛教的複興，寺院佛學教育也得以恢複。從11世紀開始，藏傳佛教各教派陸續形成，紛紛建立起各自的寺院作為講修場所，藏傳佛教的寺院教育也有了新的發展。
要說明的一點是，除了寺院教育，藏傳佛教中還另有其他的佛學教育傳統：師徒間秘密地口耳相傳，或父子兄弟之間傳授，或是前二者相結合的以家庭為核心的教學傳承。在早期的寧瑪派中，這種佛學教育方式較為普遍，即使到了後來，這也是一直與寺院教育並行的教育傳統。薩迦派自建寺以來，在較長時期內，教法都是由昆氏家族的父子或兄弟世代相傳。噶舉派主要是通過口授耳傳進行的，後來逐漸從早期帶有私塾性質的教學過渡到了寺院教育。寧瑪、薩迦、噶舉這三派的佛教教育都比較偏重於密宗的教授，但是噶當派卻並不廣傳密法，它的教學內容以顯宗為主，並且形成了藏傳佛教學習中觀、因明學和辯經的學風。
噶當派的早期佛學理論家、翻譯家巴曹·尼瑪劄（1055——？）倡始了中觀論教授。他有很多弟子，其中的四大弟子——藏巴·薩爾博、瑪甲·強久益西、達雲·丹劄和尚唐·薩巴益西迥乃，在衛藏一帶建立了中觀講經場。喇嘛恰白森欽·瑪甲尊珠在向巴曹·尼瑪劄學習了中觀和集密等經典之後，也在雅隆上下部地區建立了講經場所，並且在此長期致力於中觀的傳授，由此，湧現出了讚塘巴·傑哇白等眾多弟子，從而弘揚了中觀論。
因明學和辯經之學風則興於桑浦寺。1073年，阿底峽尊者的三大弟子之一，噶當派的高僧俄·勒貝喜饒譯師在拉薩以南、聶塘以東的地方（今堆龍德慶縣境內）創建了桑浦乃托寺，後簡稱桑浦寺。桑浦寺建成之後，俄·勒貝喜饒就經常在熱振寺與桑浦寺之間進行溝通交流，弘揚阿底峽的教法體係。他翻譯和修訂過多種關於因明的書籍，在桑浦寺聚眾約五百人，講授《要訣四法》、《道次六頌》等教法，尤其重視因明與辯論。
俄·勒貝喜饒去世後，他的侄子兼弟子，著名的譯師俄·羅丹喜饒（1059——1109年）繼任桑浦寺住持。他以桑浦寺為中心，在拉薩、桑耶、聶穀那、聶崗土、藏絳喀等地講經說法，廣收弟子，主要傳授因明學、慈氏五論和中觀等佛教顯宗經論。據說他的學僧弟子逐漸增加到了23000多人，其中能宣講佛法的有2130多人，能闡釋經論的有1800多人，可以闡釋《量決定論》的有280多人，能講授《量莊嚴論》等經典的有55人。在這些人當中，著名的向蔡邦·卻吉喇嘛、尚卓壟巴·洛追迥乃、窮·仁欽紮、則·喜饒貝是他的四大心傳弟子，他們在俄·羅丹喜饒去世之後，繼續弘揚桑浦寺的因明學和辯經學傳承。
在向蔡邦·卻吉喇嘛主持桑浦寺的期間，學習的人數以猛烈之勢繼續增長，寺院也得到了擴建。當時，以俄·羅丹喜饒的靈塔為中心，東邊是恰巴·曲吉桑格在講授因明學，南邊是嘉強日瓦在講授般若，而西邊是仁欽次臣在講授《現觀莊嚴論》，北邊則是雲丹喜饒在講授律藏。
恰巴·曲吉桑格（1109——1169年）在主持桑浦寺的期間，把因明學的經籍劃分出專題，又根據學僧的佛學水平把他們分為五個班級，還創立了辯經的學習製度，讓學僧們每天輪流立宗辯難、反複問答。當時的桑浦寺以弘揚因明學及佛經辯論而著稱於整個藏傳佛教界，掀起了西藏各大寺院學習因明學的高潮，來這裏學習的藏區佛教各派學僧非常多。
桑浦寺在般若、中觀等方麵也有先導作用，它在顯宗方麵對西藏各派都發生過一定影響。《智者喜宴》對此稱頌說：“吉祥的桑浦寺如同雪山，成為西藏文化的源頭。”