薩迦四祖薩班·貢嘎堅讚生活的時代，正好是蒙古軍事力量在中國北方崛起之時。1239年，蒙古汗王的宗王闊端派軍入藏，在藏北的熱振寺殺死了500名藏族僧人，與此同時，他也意識到對蒙古人來說，想要征服藏地，在藏地用軍事手段逐個降伏每一個割據勢力是不可想象的。經過思慮和權衡，闊端在公元1242年致函薩班·貢嘎堅讚，邀請他到自己的駐地涼州（今甘肅武威）商談烏斯藏地區歸順蒙古的問題。於是在這一年，薩班帶領著他的侄子八思巴和恰那多傑以及其他隨從，遠赴涼州，於1246年到達了該地。
1247年，薩班與闊端進行了著名的“涼州會談”，會談結束後，薩班寫了《薩迦班智達貢噶堅讚致烏斯藏善知識大德及諸施主的信》，在信中勸服地方僧俗勢力歸順蒙古，並取得了成功。薩迦派也從此取得了西藏地方行政事務和宗教事務的統治權。
同時，薩班的東行也意味著藏傳佛教文化走出雪域，開始大規模地向東傳播。當時薩班在涼州四寺為眾人講經傳法，藏傳佛教在河西一帶呈現出非常興盛的局麵，闊端等蒙古貴族也對藏傳佛教產生了濃厚的興趣，這為藏傳佛教在元朝皇室的傳播奠定了很好的基礎。
1251年，薩班在涼州圓寂。1253年，蒙古忽必烈派人去涼州邀薩班會麵，因為當時薩班已經離世，所以由八思巴代為前往。忽必烈夫婦及其子女以世俗人拜見上師的禮節拜見了八思巴。之後，八思巴以上師的身份給忽必烈傳授了薩迦派的喜金剛密法灌頂。1258年，佛教與道教在上都進行了一場辯論，在這次辯論會中，以八思巴為首的佛教一方獲勝。
1260年，忽必烈稱帝，建立元朝，封八思巴為國師。1272年，元朝設了掌管全國佛教和藏族地區事務的總製院，而八思巴以國師的身份兼管總製院事務。八思巴又依照藏文創造了蒙古新字，深得元朝皇帝的器重。後來，他又被晉升為帝師，又稱“帝師大寶法王”。
在八思巴之後，薩迦派中又先後出現了十幾位帝師，這個教派在元代可謂盛極一時。到了元朝中後期，隨著蒙古統治勢力的削弱，薩迦派的勢力也日漸衰落。到了元朝末年，噶舉派中的帕竹噶舉一派的勢力逐漸強大，最終將薩迦派在西藏的統治權取而代之。
三，活佛轉世製度的出現
“活佛”一詞的藏語原詞音譯為“朱古”或“祖古”，“朱字有幻化之意，“古”字之意是身體，“朱古”的本意就是“化身”——根據大乘佛教中關於“法身、報身、化身”三身的理論，藏傳佛教認為，十地菩薩為了普渡眾生而變現出有形的色身，一個有成就的修行證悟者，當他活著的時候利濟眾生，而在他圓寂之後，可以有若幹個“化身”或“轉世身”。因此，作為“朱古”的漢語譯名，“活佛”一詞雖然由來已久，使用頻繁，但確實是不太準確的譯名。然而因約定俗成，為了閱讀方便，在此還是暫時使用這個譯名。
活佛轉世製度可以說是藏傳佛教的一個創舉，由噶舉派中噶瑪噶舉一支中的黑帽係於13世紀開創。開創這一製度者名叫嘎瑪拔希（1204-1283年），他生於康區，本名叫做卻吉喇嘛，其名號中的“拔希”一詞是蒙古語的音譯，是“法師”的意思。據說嘎瑪拔希在去往前藏求法的途中，遇見了噶瑪噶舉派的創始人都鬆在經過數年的學習與修行之後，嘎瑪拔希在當時的藏傳佛教界中有了很高的聲望，被視為是不可多得的大成就者。1256年，蒙哥汗賜給他一頂金邊黑色僧帽，還包括了金印、白銀等貴重物品，後來這頂黑帽就成為了這一活佛世係傳承的標誌。
後來，在忽必烈和阿裏不哥的汗位之爭中，嘎瑪拔希受到牽連，忽必烈對嘎瑪拔希曾拒絕他的邀請而到了蒙哥汗那裏的事感到不快，因此將他投入獄中施以各種刑法，後來又把他流放到大海邊上，住了3年。據說嘎瑪拔希示現了許多神通，身體並未受到傷害，最後他於1264年獲釋，返回藏區。
返回後，嘎瑪拔希在康、青一帶傳教8年，最後回到了楚布寺。1284年，嘎瑪拔希在圓寂前，將弟子鄔堅巴叫到麵前，囑咐他說：“從遙遠的拉堆地方，必出一繼承黑帽係密教的傳人，你就暫時作為他的代理吧。”說完從自己的頭上摘下金邊黑帽，將它戴在了鄔堅巴的頭上，旋即就圓寂了。根據這一指示，噶瑪噶舉派後來認定了繞迥多吉為嘎瑪拔希的轉世。