（一）佛本之爭
如前文所說，赤鬆德讚掌握執政實權後，大力發展佛教，但另一方麵，他一開始也並沒有揚佛抑本，而是照顧到了本土的傳統宗教，采取了佛教與本教並存的政策。但是本教與佛教的矛盾和衝突越來越激烈，為此，在寂護大師的提議下，由赤鬆德讚親自主持，讓佛教和本教二派的代表人物在墨竹蘇浦之江布園宮前舉行了一場著名的佛本大辯論，規定在辯論中，如果本教獲勝，就遣返佛教徒們各回故鄉，如果佛教獲勝，那就要廢除本教。
佛教一方以寂護大師為首，尚·尼雅桑、聶·達讚東斯、僧廓·達隆思、娘·聶米等四人為辯論助手，本教一方以香日烏金為首，達諸祿者、大曆
在赤鬆德讚期間，還發生了藏族曆史上非常著名的兩次由讚普親自主持的辯論大賽，第一次發生在佛教和本教之間，第二次發生在佛教內部的漸修派和頓悟派之間。
（一）佛本之爭
如前文所說，赤鬆德讚掌握執政實權後，大力發展佛教，但另一方麵，他一開始也並沒有揚佛抑本，而是照顧到了本土的傳統宗教，采取了佛教與本教並存的政策。但是本教與佛教的矛盾和衝突越來越激烈，為此，在寂護大師的提議下，由赤鬆德讚親自主持，讓佛教和本教二派的代表人物在墨竹蘇浦之江布園宮前舉行了一場著名的佛本大辯論，規定在辯論中，如果本教獲勝，就遣返佛教徒們各回故鄉，如果佛教獲勝，那就要廢除本教。
佛教一方以寂護大師為首，尚·尼雅桑、聶·達讚東斯、僧廓·達隆思、娘·聶米等四人為辯論助手，本教一方以香日烏金為首，達諸祿者、大曆算家瓊波佟促、瓊波、澤哇才米及仁氏等等擔任辯論助手。在辯論過程中，據說本教一方因緣起惡劣、論證不足而理屈辭窮；佛教一方則因為緣起高尚、旁征博引、辯詞鋒利而使本教無以應對。辯論的結果是佛教大獲全勝，本教慘遭失敗。
之後不久，赤鬆德讚與吐蕃倡佛勢力就頒布了在吐蕃大力弘揚佛法、廢棄本教的若幹規定，命令本教徒還俗或改宗佛教，不從者則被流放到藏地的邊遠地區。不過，也有少數的本教徒及一些本教的儀式被保留了下來。
（二）漸頓之爭
當時，在漢地非常流行的佛教禪宗也隨著許多漢地禪師進入了吐蕃，在藏地得以廣泛傳播。據藏文文獻所載，當時進入吐蕃傳法的著名禪師有：頓門堪布久培、堪布阿丹海、堪布摩訶衍那、堪布降魔藏、頓門堪布坤混禪師、堪布慈禪師、堪布博普禪師、堪布迪照、堪布提悟禪師、堪布桑堂禪師、堪布聖珠、迦羅衍堪布、堪布普救、堪布克禪師、堪布恰禪師、堪布智禪師、堪布甘禪師、堪布佐禪師、堪布吉禪師、堪布齊禪師、堪布普渡禪師、堪布澤禪師、堪布顏禪師、堪布韓禪師、堪布辛禪師、堪布謝凱禪師、堪布郎禪師、堪布麻禪師等等，有28名之多，其中以來自沙州（今敦煌）的禪師摩訶衍那（又譯為“大乘和尚”）的影響最大、聲譽最高。
在如何成佛這一問題上，摩訶衍那等人所持的主張是“頓悟”，即認為一個人的成佛不是依靠長期持守戒律、學修佛法而成，而是靠突然得到內在的頓悟，並認為應該排除各種思考，不作惡念，也不作善念，保持一種完全寧靜的狀態，無想、無思維、無塵障，如此才能得到“大禪定”，進入突然的大徹大悟——頓悟狀態。
與之相反，自寂護大師以來流傳於吐蕃的來自印度、尼泊爾的中觀宗僧人，他們主張要循序漸進、累世修行，唯有經過有程序、有次第的漸次修行——即“漸修”，方能成佛。他們認為禪宗主張以“無思無想”來獲得證悟的主張既是荒唐的，也是不可能的。因為當一個人對他自己說“我將不想一切法、思慮”時，這種不去想的“想”已經是一種思想行動；如果完全無思慮才是一個人最高目標，那麼那些喪失知覺能力的人才能達到頓門派的理想。“頓悟成佛”的說法更是荒唐的，成佛之路猶如登山，隻能一步步地向上，不可能一下子到達頂峰。
由於摩訶衍那等人所倡導的成佛之法比起漸門（漸修派）的教法簡便易行，所以得到不少藏人的欣賞和踴躍參與。在寂護大師去世以後，摩訶衍那的影響迅速擴大，跟隨者與日俱增，頓門（頓悟派）風靡藏地，蔚然成風。據布頓大師的《佛教史大寶藏論》和巴·賽囊的《拔協》所言，當時追隨寂護學說者隻有益希旺波、貝揚、貝若遮那、拔熱甸等極少數人，除此之外絕大部分藏僧都信奉或附和摩訶衍那的思想學說。