三，四大種與微塵形成的世界
四大種，也就是地、水、火、風這四種宇宙的基本元素，這是古印度哲學的概念，佛教也將它納入了自己的理論體係。“微塵”也是一個佛教的概念，它就如同科學界目前所發現的基本粒子，比如質子、中子、光子、介子、超子等等一樣，是構成一切物質的極小單位。印度早期部派佛教的說一切有部就認為，諸如山河大地、房舍等一切外部世界以及肉身等所有粗大物質，都是由微塵所堆積而組成的。
雍仲本教對世界萬物的起源的看法，也脫離了早期本教中神話傳說的階段，采用了四大種、微塵的概念和理論，認為是微塵演變了大千世界。
它認為世界萬物的起源分十個階段，第一個階段是微塵，它有四大特點：
（一）無東南西北方向的區別；
（二）具有轉動的能力；
（三）具有一定的引力；
（四）具有聚合和分散的能力。
微塵是構成世界的最小單元，它的成分就是地、水、火、風，它們又各有不同的性質，地的性質為堅實性，水的性質為濕潤性，火的性質為暖熾性，風的性質為輕動性。世界就是由這四大基本元素構成的微塵之聚合、分散的運動變化和相互作用而形成。
具體的形成情況是怎麼樣的呢？
在天地混沌未開的遠古，宇宙完全籠罩在黑暗之中，但微塵物卻在黑暗中存在著，而且一直在運動著。土、水、火、風在虛空中不停地交錯運行。這些渴望變化、渴望能夠有所作為的塵埃，紛紛飄揚，不安分地盲目行進。它們是黑暗世界最初的流浪者，試圖衝擊黑暗的硬殼。它們在黑暗中滾動，相互摩擦，呼應一種氣息，企望自己發生變化。
運動、摩擦、碰撞的結果，終於產生了一股似有似無、柔和而又靜謐的微風。那風像初生嬰兒的呼吸，微弱卻不停頓。吹著吹著，氣息的聚集越來越粗壯；吹著吹著，黑暗世界開始攪動、搖晃起來，整個世界開始動蕩不定。風吹動著諸多元素的運行和化合，風變得越來越陰沉而又猛烈。忽然，霹靂巨響，黑暗中有了閃電，出現了光亮，聚積起了烏雲。烏雲越聚越厚，隨後下起了傾盆大雨。
雨停後，出現了海洋，風又攪動海洋，越攪越大，越攪越有力，攪到了海底，海麵出現了無數凝重、泛黃的泡沫，就像乳汁中提煉的酥油，大地和山巒從海裏誕生出來，世界就在海洋麵上問世了。
海洋漸漸退去，退海形成高原。出現原始森林、原始動物、猿和猴類，獼猴變成人類，世界經曆了相當漫長的曆史歲月。
（上述引文出自察倉·尕藏才旦：《西藏本教》，拉薩：西藏人民出版社，2006年，第32-33頁。）
四，方格與三界
本教又把世界視為由許多相互聯係的“方格”所組成的，而這些方格又分為天上、地上、地下三層，分別為天神、人、魔鬼所居。這種並列的方格觀念應是藏族早期曆史中各個原始部落的獨立平等關係的一種反映。由於天神、人、魔鬼三者之間又存在著許多矛盾，為了解決這些矛盾，就產生了一種能在三界間進行溝通、協調的巫者，也就是“本波”。
第六節龐大的神靈體係
本教神殿中聚集著為數眾多的神靈，它們可能分別起源於吐蕃本土、象雄、印度、漢地，還有一些起源於波斯，它們散布在天界、地上和地下，包括了各種天神、山神、水神、創世神、生活神、護法神……總之形形色色、林林總總，體係非常龐大。
一，世續本教的主要神靈
（一）三大神靈
本教將宇宙分為上中下三層，上層為天界，“讚”神居住於此；中層為地上，“念”神飄蕩於此，是一方之主，主宰天災與禍福；下層為地下，居住著“魯”神，他們掌管著疾病，也守護著地下寶藏。這三大類神靈是藏區三界的守護神。
1，讚神
讚神的“讚”字有多種含義，如凶死之遊蕩冤魂，如祖宗崇拜之天讚，如動物力量勝於人者等等。讚神更多是指以天空為活動中心並非常凶悍的一種神靈，以猛獸為基本特征的三頭六臂的惡魔。
第一類讚神中，有大讚、小讚、外讚、內讚、中讚、岩讚、水讚、地讚、天讚、卡讚、垛讚、薩讚、魯讚、山崖讚、雪山讚、住所讚、成人讚、尋香讚、閏王讚、夜叉讚、穢煞讚、神殿勇讚等等。這一類神靈通常被描述為身軀壯碩、四肢粗短有力的人形，有男有女，呈現忿怒相，頭、手、身的數目不等，臉龐呈各種顏色，以蛇束發，口吐瘟病之氣，手持各種致命的武器以及蛇或人頭骨，由他們施出的疾病，最典型的是腹絞痛，叫“讚病”。