3.後期居爾本
後期居爾本，興於朗達瑪滅佛以後。根據《惟義經典》及《土觀宗派源流》等文獻的記載，藏傳佛教後弘期於安多下路重燃複興之火時，在後藏娘堆地方有一個叫做辛古爾魯噶的人（即本教史上所說的本教後弘期“南藏”的掘藏師辛欽魯噶，“辛”是他的家族姓氏，“古爾”即彎腰或者佝僂之意，據說是因為辛欽魯噶在年幼時與別人在遊戲中摔傷致殘，身體無法直立，所以有此稱號），他與藏地曲彌仁木（今西藏日喀則地區的一座藏傳佛教寺院）的管家相交頗深，在厚禮相贈後，他便在衛藏地區一個叫做達域卓拉（現林周縣境內）的本教聖地將大量佛經改為本教經文。如將《般若十萬頌》改為《康欽》，《般若二萬五千頌》改為《康穹》，將《瑜珈師地論》中的《決擇分》部分改為《本經》，五部《大陀羅尼》改為《白黑龍經》，如此等等，篡改了不少佛經。他在所篡改的佛經中另外創造了多種不同的名詞術語及注釋，以表示其與佛教不同，又在其中加入了許多本教的說法，使之融合成為了一套較完備的本教經典。然後，他將這些經書埋藏在措昂哲鄔瓊的白色岩石下，後來他本人又裝作發掘伏藏的樣子，將其挖掘了出來。
據說辛欽魯噶本人因改編佛經之事而身體分裂，顯現了諸多凶相後死亡。從那以後，又有瓊波本教徒等人篡改了不少佛經，這種改編工作一直都在持續著。《土觀宗派源流》說，居爾本的初中後三個階段的本教之名為“巧噶”（白派），又名“果本”。
以上便是來源於藏傳佛教學者的著名本教曆史三段論，它是一個具有典型意義的觀點，對國內外學者在本教曆史及其分段的研究方麵產生了比較大的影響，但是本教徒學者並不承認這個三段論的合理性。
我國在本教研究方麵頗有成果的學者才讓太教授，曾專門撰文對本教曆史三段論進行了研究討論，認為這個三段論“雖然有其符合曆史事實的方麵，特別是篤爾本、恰爾本和居爾本三個內容本身顯然是以曆史事實為依據，但作為一個宗教傳統的曆史敘述，還欠連貫性和完整性，尤其缺乏一個曆史發展的主線。”（才讓太：《本教曆史三段論之由來及剖析》，《中國藏學》，2008年第4期。）他說，由於曆史的原因，三段論的提出者止貢·玖丹貢布更直觀地看到並強調了本教內容中的非本教成分及其對佛教的吸收，但他並沒有注意到或不願注意到：實際上本教同樣是一個有獨立的創始人、完整的神係、繁雜的儀軌、浩繁的文獻和悠久的曆史這樣一個自成係統的信仰傳統的事實。因此，才讓太教授認為，這個三段論的提出者是“在完全缺乏本教曆史文獻的情況下，無視本教的曆史發展主線，將本教曆史上發生的一些事件當成曆史階段來描述整個本教曆史”（才讓太：《本教曆史三段論之由來及剖析》，《中國藏學》，2008年第4期）。
另一方麵，需要指出的是，針對佛教徒對本教徒篡改了大量佛教經典的指責，本教徒也有自己的說法。他們認為，在赤鬆德讚時期，佛教徒就把許多本教的經卷如《心理教法》《雍仲八界》等改編成了佛教的《心教》《八千頌》，《雍仲金之再熔》變成了《金色之見》，《隱語菩提心》成了《下心部》，等等。此外，藏傳佛教中寧瑪派的最高密法“大圓滿”的起源問題也一直是藏族宗教史上的一個重大議題，因為本教也有自己的“大圓滿法”，兩者各自都有完整的口傳和文字曆史，都宣稱自己在源頭和正統性方麵的所有權。同時，在藏傳佛教內部，有一些薩迦派和格魯派的學者也曾批評過寧瑪派，指責其吸收了太多本教的內容（包括大圓滿法），但是這些指責都遭到了寧瑪派學者的堅決否定。像這樣的爭論持續了幾個世紀，留下了大量的爭論文獻，但是都沒有結果。
也就是說，本教徒和佛教徒學者對許多文獻的歸屬提出了他們各自的意見，常常互相指責對方剽竊了自己的內容。不過，本教對佛教內容的大量吸收是一個明顯的事實，而佛教徒是否曾經篡改過本教的經典，至今並沒有找到可靠的依據來加以證實，有待今後進一步考證。有學者鄭重提出，對於這些爭論中的“許多似曾相識但找不到出處的文獻，則需要進行認真的比較和分析，才能辨其真偽，明其歸屬，不能人雲亦雲”。西方的本教學界已經有人對這個現象進行研究，有的研究成果已經被介紹到我國的學術界，如由頓珠拉傑翻譯的《國外本教研究論文集》。