除了通過地域和各群體之間的聯動來保護濕地，各生態係統之間的聯動也能有效地保護濕地。生態係統管理方法，是一種綜合各種方法來解決複雜的社會、經濟和生態問題的生態係統管理策略。多尼亞納國家公園位於地中海沿岸的瓜達爾基維爾河口，由濕草地、沼澤、湖泊、沙地、沙丘、灌木丘陵、森林、海灘等多種景觀類型組成，是歐洲最重要的鳥類保護區域之一，是候鳥遷徙的必經之地，同時這裏還是歐洲僅存的伊比利亞猞猁以及皇雕、梅花鹿等眾多珍稀瀕危物種的棲息地。長期以來，由於自然和人為因素的影響，存在生態係統退化、物種多樣性減少的問題。近幾年，該公園運用生態係統綜合管理方法，較好地維護了生物多樣性。
用法律手段保護濕地
在國際上，有一部為了保護濕地而簽署的全球性政府間保護公約，叫《濕地公約》。《濕地公約》締結於1971年，致力於通過國際合作，實現全球濕地保護與合理利用，現有163個締約國。許多國家通過加入《濕地公約》，履行國際公約規定的承諾和義務。
美國強調用法律的手段來保護濕地。美國通過了“2012年農業發展規劃”（食品、水土保持以及2008年能源法案）。因為美國一些濕地為私人所有，因而在法案中的水土保持規劃采用抑製和鼓勵的措施激勵土地擁有者保護和恢複濕地。
濕地保護規定和濕地儲備計劃的出台，為美國政府進行濕地保護提出了兩項重要措施。除此以外，美國還有諸如保護濕地的儲備計劃、緩衝區域試驗計劃以及加強保護儲備計劃等方案，旨在保護濕地。美國對濕地保護的認識是：第一，不鼓勵濕地轉化；第二，禁止對濕地破壞的活動；第三，清淤或填平濕地必須得到允許；第四，公共政策鼓勵對濕地的保護和恢複。
為了更好地保護濕地，墨西哥2004年出台的《國家水法》，對確定資源區的價值、管理水資源和森林以及合理使用水資源都有明文規定。同年11月，泛美《濕地公約》成員國會議在墨西哥召開，會上達成了美洲國家攜手合理利用水資源、保護濕地生物多樣性的共識。墨西哥自然保護區全國委員會作為環境部的下屬機構，集中力量為保護濕地開展工作，除了進行濕地生態區的科研調查外，還建立了應對水質汙染的有效的反應機製和警報係統。目前，正在實施的具體項目有：保護利亞·拉加爾多濕地的火烈鳥和海龜、監測海鳥動態和恢複海岸的沙丘等。在墨西哥自然保護區全國委員會2006年的工作計劃中，保護濕地仍一如既往地成為重中之重。
實施濕地保護和恢複項目
德國、西班牙相關濕地保護和恢複項目可以獲得歐盟的資金支持。《歐盟農業共同政策》也提供了對濕地限製利用的相關補償機製，歐盟補助濕地標準為每年每公頃350歐元。德國、西班牙兩國中央、區域政府和企業也支持了一大批濕地保護恢複項目。1979—2010年，德國實施了大規模河流濕地保護恢複項目，涉及30個項目，核心區域麵積11.37萬公頃，投資2.56萬歐元。實施地點包括奧德河、伊莎河、哈維爾河、阿爾河口區，實行埃爾波河中遊恢複、埃姆士河流平原農業集約利用、萊茵河河流平原開發等項目。在恢複治理過程中，采取自願原則，使土地業主不喪失所有權；利益相關者之間的平衡原則；土地有償轉讓，限製利用時給予資金補償。
近幾年，西班牙環境農村和海洋部生物多樣性保護部門也製訂了濕地恢複計劃，與地方政府簽署了多項協議，實施了拉古那、蒙雷亞爾等一批濕地修複項目。2009—2010年，歐盟、巴倫西亞區域政府、胡加河管理機構及LaCaixa銀行基金共同出資900萬歐元，啟動了阿爾布法拉濕地恢複和湖泊清潔工程，恢複湖泊、葦塘、泉眼等濕地原貌和生態功能；征用40公頃水稻田，采取生物和生態工程措施，並大量種植原生水生植物，使受汙染和富營養化水經濕地過濾、淨化後排入湖泊。2004—2010年，西班牙安達盧西亞共有區域濕地項目25個，投入總資金2800萬歐元；地方行動200個，投入總資金4500萬歐元。
英國在濕地保護利用上的一大經驗，是將城市附近荒廢的老工業區改造成為濕地公園。倫敦濕地中心是世界上第一個建在大都市中心的濕地公園，距離白金漢宮隻有25分鍾車程。在建設倫敦濕地中心的過程中，英國政府的理念是，濕地是一個生態係統，生態係統的建立和運轉需要一定的時間，不能急於求成，因此這個濕地公園在建成8年後才對外開放。其間，科技人員定期監測生物的恢複狀態，直到這裏水草豐盈、樹木繁茂。如今，這裏已成為了歐洲最大的城市人工濕地係統，其間種植了30多萬株水生植物和3萬多棵不同的樹木，常年棲息和遷徙經過的鳥類達到180多種。