同時，北中郎將盧植打敗了張角，張角退守廣宗，盧植圍城。即將破城時，靈帝派來的監軍小黃門左豐到了（怎麼有這麼巧的事，寫小說？），盧植因為沒賄賂小黃門左豐（宦官）被誣陷判了死緩，由東中郎將隴西人董卓代替盧植的職務（語出《資治通鑒》，但我總覺有太多巧合，不靠譜。而且陳壽的《三國誌》及裴注中，都無此事之記載。）
八月，皇甫嵩在蒼亭打敗了卜巳率領的黃巾軍，但董卓被張角打敗，免職，於是朝廷叫皇甫嵩討伐張角。十月，皇甫嵩與張角之弟張梁在廣宗大戰，用奇襲計大破黃巾，斬首三萬，被*落水死者五萬，張梁戰死！此時張角已病死，屍體被人從棺材裏拖出來，斬首送往京城。十一月，皇甫嵩又在下曲陽打敗了張角的三弟張寶，張寶被殺，黃巾軍被殺、被俘的共有十餘萬人。自此，黃巾軍的主力基本被收拾幹淨了，黃巾起義失敗！
黃巾起義在經曆了短短的幾個月後就迅速失敗了（雖然在不久後又發生了好些起義，其中許多也打著黃巾軍的旗號，但嚴格意義上來說不能把它們劃入黃巾起義中）。但它在中華大地五千餘年的曆史中具有深遠的影響，它是我國曆史上第一次由宗教勢力領導的農民起義，它奠定了道教今後主要在社會下層傳播、發展的曆史格局。同時，它也震撼了東漢王朝的根基，直接導致了東漢末年軍閥割據、混戰、進而演變為三足鼎立的局麵。我國曆史上，宗教勢力領導起義的事件並不多見。中國古代，皇權壓倒一切，不像在西方，教權可以壓製皇權。公元11世紀時德意誌國王亨利四世就不得不在卡諾莎凜冽的寒風中苦苦哀求羅馬教皇格列高利七世的寬恕。而像十字軍東征事件就更不用多說了。還有默罕默德所創立的阿拉伯帝國，它是一個政教合一的國家，他們的教派就是統治國家的組織，所以具有很強的組織性，而黃巾起義充其量隻不過是農民自發的起來反對暴政的運動而已，它組織鬆散，雖然人多但大多是烏合之眾，所以後來被官軍各個擊破，很快就失敗了，它的失敗具有曆史的必然性，但它卻大大推動了曆史的進程！
黃巾軍主要分為以張角為首的冀州黃巾，以卜巳為首的東郡黃巾，以波才、彭脫為首的潁川黃巾，以張曼成為首的南陽黃巾。這四部人馬，雖公推張角為頭領，但後來卻失去了有計劃性的行動。他們並沒有統一的指揮，張角雖是太平道的領導，卻隻在冀州轉戰，沒有為其他軍團作調控，沒有同一目標，隻是占地死守或到處搶劫。加上當友方有難時，各軍都不會相救，漢軍就用此一個一個擊破，最後號稱百萬的黃巾大起義終於失敗！