3.水分管理：因有機稻米栽培不施用速效性化學肥料，水的管理非常重要。移栽後至有效分蘖終止期，要充分發揮生態水對提高地溫和活化土壤養分的作用，促進分蘖早生快發，要以淺水為主，淺濕交替，定期換水，以防止土壤還原作用產生的有毒物質，對水稻的毒害。夠苗以後，適當曬田，促使莖蘖增加，能提高有效分蘖率，水稻落黃後逐漸複水。進入拔節期以後潛濕幹交替灌溉，後水不見前水，使水稻出蘖後落黃，出穗時要建立淺水層，要淺濕灌溉，以濕為主，保持水稻根的活力。出穗後不可幹旱缺少，否則嚴重影響稻米品質。斷水應在收獲前15天左右，斷水過早，則籽粒充實度不好，對米的品質有較大的影響。
井灌和山間冷水灌溉地要注意提高水溫，可延長加寬進水渠道或者修築穩水晾水池，水層管理要淺濕結合，提高地溫。
有機稻米栽培水質要符合衛生標準規定，禁用汙水灌溉，防止對環境和稻米造成汙染。
4.除草：有機稻米除草不用化學合成除草劑。在以菌治草、以蟲滅草和生物除草劑、高溫和微波滅草等方法尚未問世之前，當今有機稻米栽培，滅草要以農業措施為主，以機械和人工滅草、生物滅草（細綠萍）相結合為主。在水田整地之前誘發雜草，在移栽前要撿淨浮在水麵和露出地表的根莖。在雜草較多的地方也可以深水壓草。
近些年來，日本推廣稻糠稻作，在水稻大苗移栽後5～7天，每畝撒施生稻糠（米糠）或以稻糠為主要原料的有機發酵物質50～75千克，殺草效果可與化學除草劑相當，稻糠肥效可達100天，又供給出穗——成熟時期養分，對提高米的食味有很好的作用。我國在進行過一係列的試驗後效果也很好，應該進一步試驗、示範。日本的稻葉光國和宇根豐在99年的時候就先後提出“害草必除、益草必用，普通草也可任其生長”的除草見解。現在把這一見解簡述如下：
4.1對益草要善加保護利用。如紅萍可固氮，青萍和水綿，能淨化水質和抑製其他雜草生長。
4.2對普通草任其自由生長。母草、虻眼、節節菜、穀精草、牛毛氈、溝繁縷、日照漂浮草等，是一些明顯的無害草，沒必要防除。
4.3對害草要除草勿盡。稗草、水莎草為針葉濕生雜草，深水壓草和細致的耙地即可清除。鴨舌草和瓜皮草、野慈姑、眼子菜，均為野生闊葉型雜草，分別以種子、種子莖塊、莖塊形態繁殖，使用稻糠、木醋、米醋抑製生根發芽，利用浮萍遮光覆蓋，可以抑製其生長。對藺和黑慈姑，實行秋翻，使其莖塊幹燥，可收到明顯防除效果。上述見解值得我們研究和參考。
5.防治蟲病：有機稻米栽培，在防病防蟲上要以農業措施和預防為主。首先要選用抗病品種，培育壯秧增強水稻自身的抗性。其次要根據病菌的浸染規律和害蟲的發生規律，有針對性采取措施進行防治。如防治紋枯病，要在移栽前打撈菌核深埋和發生時噴灑井岡黴菌生物農藥進行防治，防治白葉枯病，加強後期田間管理，控氮與節水幹田相結合，增施草木灰等含鉀、矽等農機速效有機肥料。防治葉稻瘟除控氮外，可用硝石灰或者草木灰噴灑葉麵。
在防蟲治蟲方麵，鏟除其越冬場所和孳生地，利用昆蟲的趨性進行誘殺、利用糖、酒、醋等誘殺某些趨化性鱗翅目昆蟲的成蟲。利用高壓黑光燈誘殺某些趨光鱗翅目、鞘翅目的害蟲。利用幹草把引入夜盜蟲產卵、集中滅卵。
此外利用高科技手段，搞雌蛾激素誘殺，利用天敵控製蟲害發生，如赤眼蜂等。
6.收割和儲藏：收貨期要注意防止發生冰雹、風災、水災或者其他自然災害和汙染。在收割和運輸過程中，也要嚴格按照有機食品生產、加工、運輸的環節要求進行。可以利用高科技以及自然方法，但絕不可以用化學類方法生產、加工、運輸等。而且在生產、加工、運輸等過程中也要嚴格注意自然環境的變化，嚴格避免空氣、水、土壤、工具等沾染化學成分對稻米本身造成汙染。儲藏入庫之初要保證水庫的安全水分達到14%～15%，在儲藏過程中，定期檢查水分和濕度變化，水分大，溫度高，要及時晾曬，降水降溫，要防止黴爛變質，及時防倉儲蟲害，以及避免化工類產品汙染。
總之，有機稻米的生產是要嚴格按照有機食品的生產過程把控，從選種、育苗、栽植、防病防蟲、收割、價格、運輸整個流程都避免與化學肥料、農藥、以及化學成分和產品接觸。才能生產出高營養，無公害的綠色有機食品。