1.科研定位不準確
在我國的學科劃分目錄中，旅遊還未能成為一級學科，即還未單獨成“學”。為此，旅遊界有關專家研究學者建議把它設立成一級學科。但實際上，旅遊成為一級學科的各方麵條件仍然不成熟。其中，最主要的原因就是其科學研究仍處於初級階段，還不成熟。雖然，旅遊還沒有成為一級學科，但對旅遊問題的研究已越來越廣泛。作為一個剛剛興起的研究領域，旅遊研究在我國隻有不到40年的時間，說明這個領域是很容易出成果，有創新的領域。但在實際工作中特別是在旅遊科研研究中，我們發現仍存在許多急需解決的問題已被赤裸裸地擱置在我們的麵前。例如，什麼是旅遊？旅遊業的本質是什麼？所以最基本、最根本的問題如何解決，目前還沒有明確的定義上的回答。當然，這種情況在科學研究中也很普遍，不能因為旅遊沒有統一的概念，沒有領悟到它存在的本質，就全然不顧我們正在努力進行的研究，或者否認現在所研究的成果。
目前，就旅遊的科研項目來看，普遍存在定位不準確的現象。目前在各級教育中的旅行和旅遊的人員來自不同培訓機構的培訓，從中職至大學，從本科到研究生和博士生而言，雖然有各種不同的層次，但這些不同層次的人才如何定位？如何訓練？我們怎樣培養才能與實際需求相結合？建立培訓目標是什麼？什麼樣的培訓，以達到什麼樣的高度？如何建立一個合理、科學、高效的課程？但到目前為止，還是你中有我，我中有你，中職、高職不分，高職和本科不分，本科、碩士、博士不分。從各式各樣的旅遊材料來說，數量上數不勝數，但內容卻又雷同。 不少教材存在“重複舊的觀點、老的編寫案例，在低水平層次上重複”等等問題，諸如此類，不一而足。可見，旅遊學科、旅遊教育是我們的研究的一個重要課題。
2.科研機製存在問題
科研機製問題主要包括以下幾個方麵：第一，重視科研項目的申請，重視科研成果的轉化，但輕視課題實施過程中的管理。隨著旅遊業的發展，國家對旅遊業的基礎性研究也增大了投入，在國家科技規劃中，把旅遊工作放在了重要位置，提高從業人員的福利待遇，保證相關工作人員的有關保障等等。旅遊院校在進行科研管理過程中普遍存在重視課題的項目申請，尋求多學科的平衡發展，積極爭取得到國家的基金扶持，提升本人和單位的科研實力。但在項目實施過程的管理上，卻存在很大問題，有些科研管理人員，認為隻要把項目弄到手，項目的實施全是科研人員的事情，而與管理者就沒有關係。如果科研人員由於各項工作比較繁忙，在科研過程中應付了事，造成項目不能及時結題或出現重大差錯，影響正常的項目進展，則會造成科研經費的浪費。第二，旅遊院校科研管理標準比較低。科研管理受各種因素的影響，比如政策、環境、等因素。隨著時代的進步，管理化標準管理肯定有所提高，而一些旅遊院校的管理模式卻停滯不前。有些基層管理管理人員還按照以前模式、規章製度進行操作。加之對新的規章、標準認識不夠清楚，因此不能很好地為科研人員提供服務作用。第三，科研管理部分分割明顯，缺乏有效的溝通和互助。科研管理過程是一個連續的過程，從設計、申請、立項、中期檢查到最終驗收、考核結果、獎勵發放，將涉及很多人和部門，有些工作可以同時進行，而有的工作需要循序漸進。許多旅遊院校科研管理部門在設置上不夠精簡，部門之間缺乏溝通和協調，出了事情互相推諉，給科研工作者帶來很大的不便。
3.科研管理粗放
粗放管理是指不計成本與效率（效益）的粗疏、不細致的管理方式。在旅遊院校中，科研管理粗放現象經常發生，主要包括以下幾個方麵：第一，科研管理信息化水平不高，信息係統還不夠完善。現在，隨著計算機科學和技術的發展，高校已經開始關注信息技術在科研管理當中的應用，但在實際使用過程中仍然存在很大問題。雖然高校有足夠的硬件資源，但是在構建軟件應用程序和數據庫的努力真的是不夠的，學校各部門、各研究人員尚不能達到實時共享數據，很難在更高層次上處理信息。同時，信息係統的不完善，也影響了科研人員與外界的溝通與學習，不能及時了解本領域的最新發展進展，科研水平及科研方向，對科研人員提出創新性的課題及科研課題的中標率都有極大的影響。第二，科研經費的不足，影響科研的順利進展。科研經費不足現象，在我國旅遊院校中是司空見慣的，經費的不足，科研成果不夠，又會申請不到更高的資助，因此會形成惡性循環。科研經費的合理利用及管理對於最大地調動科研人員的積極性及成果的最大化產出具有重要意義。