作為個體的員工，職能工資製能引導其不斷地發展技能水平，努力提高工作業績的動力是合理的工資差別。職能工資製度可以通過設定不同職能等級的工資差別來影響員工的效用值，以效用增量的合理差距來有計劃地引導員工發展企業所需要的技能，獲得更高的職能等級，為企業、個人創造更大利益。
第三，職能工資製度對組織柔性的支持作用。由於企業生存環境競爭激烈、瞬息萬變，這就需要企業以組織的高柔性應對外部環境的千變萬化。這種組織柔性的特點首先應體現在勞動力的“一專多能”，即員工能夠適應多種不同的工作要求，掌握多種技能。職能工資製度重能力、模糊崗位界線的評價特點恰恰能很好地滿足這樣要求。通過職能工資製度的內在機製及其配套係統的共同協調，可以強有力地滿足組織對員工的能力發展要求。這種“多麵手”的員工，對組織結構、工作內容的經常變動具有較強的支持作用。
二、職能工資製度中的公平性問題
1.對職能工資製度的理解
對職能工資製度理解，直接影響員工對職能工資製度的認同以及其內在機製的正常運轉。職能工資製度強調的是通過職能工資的管理，從而對員工的行為產生比較大的影響。因而必須加強對職能工資的宣傳和學習，使員工了解職能工資製度。
2.製度的透明性
職能工資製度的透明性直接影響員工的公平感。製度的透明性可以充分顯示確定職能工資過程中的行為，這有助於使員工相信工資製度的評價是在公正、公平的方式下進行的，同時也有助於使員工增強對自己的工資額的控製程度，使期望機製能夠更加強烈地影響到員工的行為。
3.員工的參與性
職能工資製度強調的是組織與員工的一種互動過程，它一方麵對員工的職能等級做出評價，另一方麵，又給予員工一定的機會以發展其能力。因而，要求員工在這個過程中能夠積極地參與。員工的高度參與和對組織事務有相應的發言權，這最能帶來員工對組織報酬製度的公平感和滿意感，這種民主的氛圍，使職能等級的評價結果更易於為員工所接受。
總之，職能工資是現代企業工資製度的發展趨勢，是調動員工主動性能動性的有力手段。