企業規模較小，產業實力不強。目前，衡陽市醫藥企業規模普遍偏小，醫藥產業整體實力也不強。2013年醫藥產業的工業增加值為14.23億元，僅占全市工業增加值的1.63%，占製造業工業增加值的2.9%。2013年湖南省重點醫藥企業有51家，而衡陽市僅2家，在湖南省14個市州中占比最少。衡陽市最大的醫藥企業是紫光古漢，2013年銷售收入也僅為2.56億元。目前一批“低、小、散、差”的企業生存相當困難，抵禦風險能力不強。可以說，醫藥產業是衡陽市的弱勢產業。
專利授予量不足，專業人才匱乏。2013年全市生物醫藥產業的專利申請量25件，僅為全市專利申請總量的1.03%。專利授予量5件，僅為全市專利授予總量的0.48%，專利授予量明顯不足；從專業人才來看也相當匱乏。生物醫藥產業是由生物技術產業與醫藥產業共同組成，其涉及領域包括生物工程、機械工程、製藥工藝、化工工藝等。而這樣一種交叉產業，需要大量的複合型人才，這種複合型人才儲備不足正是製約衡陽生物醫藥產業發展的瓶頸所在。
管理體製不順，缺乏有效的協調機製。目前，發改委負責製定醫藥行業發展規劃、經信委負責醫藥行業的立項，商務局負責醫藥行業的招商引資，而醫藥行業管理辦公室負責企業的安全生產，看起來好像“權責明晰、分工合理”，實則不然。由於這種“分塊”管理模式，使得企業更願意到發改委、經信委、商務局去“跑”項目，而忽視行管辦對行業的統一協調和管理。而發改委、經信委、商務局又不是某個行業的管理機構，並不會重視醫藥行業的發展。
醫藥服務企業規模小，經營管理模式落後。2013年，衡陽市限額以上的醫藥服務企業僅14家，商品銷售總額僅7.6億元。衡陽市的醫藥服務企業主要集中在銷售藥品和醫療器械領域。從批發業來看，8家限額以上企業年商品銷售總額4.2億元，戶均銷售總額5000萬多一點。從零售業來看，由於醫院門診藥房作為特殊的、具有壟斷地位的零售環節，占據了80%以上的藥品零售市場份額，市區幾家連鎖大藥房年銷售在5000萬左右，約30%的藥店營業麵積才40m2左右，全年營業額為200-500萬，約70%藥店全年銷售額不到100萬。
從經營管理模式來看，首先，衡陽市大部分的醫藥服務企業都沒有屬於自己的零售終端，或者是零售終端數量有限不能形成規模經濟效應。其次，衡陽市大部分的醫藥服務企業都沒有建立詳實的上、下遊客戶檔案，沒有製定嚴格的客戶管理製度和客戶服務規範。
2.衡陽市生物、醫藥產業發展的主要任務
根據目前衡陽市生物、醫藥產業的基礎和發展現狀，未來7年（到2020年），衡陽市生物、醫藥產業發展的主要任務是：
2.1實施五個重點項目
生物技術項目。衡陽市農科所計劃在2013-2020年投資5.9億元建設生物育種項目，包括建設南方農業種質資源信息庫、創建湖南北大荒種業科技有限責任公司、高檔優質稻和雙晚超級稻的研發等項目。
湖南創新生物科技有限公司計劃在2013-2015年投資5億元用於實施100萬頭無抗生豬冷鏈物流及無抗豬肉深加工產業化項目和建設微生物發酵無抗生素飼料研發及產業化項目。
生物製藥項目。南嶽製藥公司計劃在2013-2020年投資10億元，生產年投漿300噸，年生產2600萬瓶血液製品。此外，該公司還計劃在2013-2020年間投資4億元用於新建6個單采血漿站及其配套輔助設施，用於解決南嶽生物生產原料緊張的困難。並著手基因工程重組人血白蛋白、纖維蛋白膠和疫苗研發。
中藥新產品生產項目。紫光古漢集團中藥公司立足開發滋補類中成藥。計劃在2013-2020年投資3.7億元，建設口服液提取和製劑車間及鍋爐房等配套設施，以達到年產4億支口服液的生產能力；新建年產1500噸丸劑、2500噸顆粒劑生產線車間。
化學藥品項目。恒生製藥在衡陽縣西渡鎮投資6億元用於生產青黴素類粉針劑、青黴素類口服固體製劑、部分頭孢類粉針劑等產品。同時還將投資4億元用於凍幹粉生產線的續建。
愛民製藥將投資8億元建設生產感冒欣噴霧劑、甘花茶、加伊健等醫藥產品。
醫療器械設備項目。湖南樂福地醫藥包材科技有限公司將投資5億元用於擴大軟包裝輸液材料生產線二、三期產能、產量在原來基礎上擴大10倍。