2.1 管理組織形式分散，不利於發揮統一合力作用
隨著農村土地整理複墾開發逐步向土地綜合整治轉變，整治範圍逐步由局部整治向全域整治轉變，很多工作已經超出了單個部門管理範疇，工作格局中“多龍治水”的問題十分突出。
首先，相關部門多頭管理，難以統籌協調。農村土地整治包括對田、水、路、林、村的整治，而田、水、路、林、村的主管部門又分別涉及國土、農業、水利、交通、林業、規劃等部門，存在職能重疊交叉的現象。受部門利益、管理模式和運作方式不同等影響，各相關部門根據自己的職責和分工具體組織實施、管理和驗收，項目建設缺乏統一規劃和協調配合，難以集中力量辦大事。
其次，涉農涉地資金投入分散，影響資金效益。農村土地整治、農村安全飲水、小型農田水利、農業綜合開發、農村道路等涉農涉地資金設立依據、來源渠道不同，資金分散使用、交叉重複，造成大量的重複建設。因為缺乏統一的資金平台，資金的綜合效用沒有得到發揮。
再次，工程標準不一，難以實現統一管理。農村土地整治包括土地平整、農田水利、田間道路、農房建設等多項工程，每項工程又涉及到不同的管理部門及其建設標準。由於建設標準的不統一，導致工程建設、驗收缺乏統一標準，後期的管理也難以實現統一。
2.2 土地登記多頭管理，土地確權進程緩慢
現行的土地登記製度分散且不完善，宅基地使用權、土地承包經營權、林權等從屬於國土、農業、林業等不同的部門登記。土地在流轉程序、流轉手段、流轉檔案管理等方麵缺乏統一規定。土地整治過程中土地產權的空間布局將發生一定的變化，但在大多數農村地區還尚未完成確權登記，農村未在冊、未承包的土地大量存在，不利於土地整治中土地承包經營權分配和宅基地使用權的重新調整。當前正在組織實施的農村承包地、宅基地和集體建設用地確權頒證，受多種因素影響，工作量大、進度不快。
2.3 土地流轉市場有待建設，土地流轉價格體係不完善
通過土地整治，農地的規模化經營、村莊建設用地的節約集約利用促進了農地承包經營權及農村建設用地的大範圍流轉，但目前各地還缺少土地流轉水平較高、規範化的農村土地市場。
首先，沒有明確的市場主體和客體，市場準入資格模糊不清。目前，形成的農村土地流轉以政府管理為主，農民很難成為流轉的主體。由於受到政策法規的限製，土地流轉局限在村集體經濟組織內部的流轉，進入城市障礙較多。
其次，土地流轉程序不規範，土地流轉規模較小。相當一部分農民流轉土地沒有遵循一定的程序和履行必要的手續，土地流轉任意性較大。農民對於土地權利交易的信息較為閉塞，土地流轉較為分散，難以集中形成規模。
再次，未建立起完善的土地流轉價格體係，缺乏必要的交易中介機構。由於土地承包權的商品性不明確，缺乏曆史價格，同時由於我國農地集體所有，不能借鑒國外土地價格，所以造成土地流轉價格比較低，流轉得不到較高的收入。
2.4 收益分配不盡合理，缺乏配套的社會保障體係
在有些地方，土地整治所獲得的剩餘收益分配往往是政府通過農村基層組織的政治運轉帶來利益分配機製的倒置。由政府主導的宅基地置換中，地方政府、農戶追求利潤最大化的過程往往演進為地方政府占用農民宅基地、獲取大量城市和工業建設用地，賺取巨額土地出讓收益的過程。農民被上樓或放棄宅基地到城鎮生活，無形中增加了生活成本，同時城鄉戶籍製度的分割阻礙了農民對城市就業機會和保障福利的享有。對於農地整理的規模化經營而言，無法保障轉出土地承包經營權的農民從土地之外獲得穩定的收入，能應對諸如年老、生病、失業、貧困等風險。
2.5 程序上政府主導為主，公眾參與不足
首先，在項目的申報和審批上，土地整治作為一項惠民工程，理應首先讓農民了解認識並積極主動的爭取項目，但實際上主要由地方政府申報項目，決定實施範圍。
其次，在土地整治的規劃上，規劃編製和實施過程在製度設計上應是參與規劃主體間不斷協商的過程，但是以政府意誌和規劃專家思想為主導的整治規劃往往忽略了公眾參與的必要性，公眾參與土地整治規劃信息不暢、參與環節少，從而出現規劃設計和農民生活實際相脫節的現象。
再次，在工程項目施工上，主要有專業監理人員和國土部門的質檢人員進行監管，而直接利益相關者農民，卻沒有最終表決權，造成工程隨意性較大、後期維護無人管理的現象。
3 山東省農村土地綜合整治的政府管理機製創新
針對山東省農村土地綜合整治的需求與問題，從法規政策體係、行政管理框架、體製機製創新等三個方麵來構建麵向農村土地綜合整治的政府管理體係框架。
3.1 完善政策法規體係
農村土地綜合整治法規政策體係建設是一項係統工程，需從法律法規、規劃體係、標準體係、資金政策和技術支撐體係等方麵進行統籌設計。
（1）法律製度
加強土地整治立法工作，建立以法律法規為中心，專項法規和地方法規相配套的法律法規製度體係。在國家層麵上製定《土地整治法》，對土地整治的目的、任務和方法、組織機構及其職能、土地整治參加者的權利與義務、土地整治資金、權屬調整以及成果檢驗等方麵作出規定，提升土地整理治法在整個法律體係中的地位，形成科學有效的土地整治運行機製；省、市級地方政府結合本地實際，製定土地整治條例或規劃實施辦法等地方性法規，夯實土地整治工作的法製基礎，使農村土地整治項目管理從可研編製、項目申報、踏勘選址、評審、入庫備案、規劃設計、預決算審核、工程招投標、施工管理、施工質量監督、竣工驗收、利用管護等，形成一個比較完整的工作流程，使農村土地整治工作逐步實現規範化、製度化，把土地整治實施工作納入法治化軌道。
（2）規劃體係
健全國家、省、市、縣四級土地整治規劃體係，科學編製農村土地整治規劃。土地整治各級規劃定位清晰，各有側重，相互銜接。全國規劃明確我國土地整治的方向、重點和目標任務，是指導全國土地整治工作的綱領性文件；省級規劃分解落實全國規劃任務，確定土地整治的重點區域、重點工程、重大項目和投資方向；市級規劃重點提出土地整治的規模、結構和區域布局，確定重點項目和資金安排；縣級規劃重點確定土地整治和高標準基本農田建設的項目、布局和工程措施，明確實施時序，提出資金安排計劃。農村土地整治規劃要緊密結合土地利用總體規劃和城鄉建設總體規劃，符合區域發展功能定位、資源條件以及國家區域發展戰略，統籌兼顧新農村建設規劃。
（3）標準體係
完善技術標準體係建設，進一步規範農村土地整治工程。嚴格按照《土地開發整理項目預算定額標準》、《土地開發整理工程建設標準》、《高標準基本農田建設標準》等標準，開展土地整治項目；堅決落實《土地開發整理規劃編製規程》、《土地開發整理項目驗收規程》、《土地複墾方案編製規程》、《土地整治工程質量評定規程》等規程文件；科學製定省、市、縣三級土地整治規劃及土地複墾、土地開發、城鄉建設用地增減掛鉤專項規劃編製規程。
（4）資金政策
落實土地整治資金政策，建立財政專項補助和部門資金整合相結合的資金投入機製。加強耕地開墾費、土地複墾費、新增建設用地土地有償使用費、土地出讓金等專項資金的征收使用管理工作，確保土地整治專項使用；按照“專款專用、用途不變”的原則，整合涉農涉地資金，捆綁投入，集中用於土地整治項目，提高資金使用效能和監管力度；積極探索市場化運作模式，鼓勵和引導社會資金積極參與農村土地整治。