乍一聽到這個消息，朱翊鈞嚇得三魂出竅，六魄離身。他跑到李太後麵前長跪不起，乞求得到寬恕，並保證悔過自新。李太後在陳太後的一再勸說下，終於鬆了口氣，但仍堅持說：“能不能留你，要看張先生的態度。”張居正在李太後的授意下，寫了一道勸誡皇上“慎起居”的奏疏。《明史·李太後傳》中說張居正“具疏切諫”，過幾天，張居正又遵李太後的懿旨，替萬曆皇帝代草“罪己詔”頒示天下，此場風波才告平息。
這次事件，可看做是朱翊鈞與張居正這一對君臣關係的轉折點。此前，朱翊鈞對張居正深為倚賴，信任有加；此後，他對張居正除了敬畏，更在內心中潛藏了一份不滿。
引起君臣對立的原因有很多種，但李太後的介入也是其中重要的原因之一。
李太後與張居正的關係，在萬曆初年，始終是一個極為敏感的問題。因為李太後對張居正的欣賞幾乎是不加掩飾，無論是國事上的謀劃還是對皇帝的教育，可以說是言聽計從。朱翊鈞年滿18歲後，張居正多次提出歸政於皇上，均遭李太後拒絕。朱翊鈞20歲時曾向母親委婉提出想親政處理國事，李太後亦明確回複：“30歲前不要提親政的事，一切聽張先生的安排。”母親的這個態度，增強了朱翊鈞對張居正的反感。
因為李太後的完全支持，張居正得以大刀闊斧地推行萬曆新政，使本已氣息奄奄、病入膏肓的明王朝迅速恢複了生氣。但是，萬曆十年（1582年）張居正一死，親政的萬曆皇帝迅速對張居正進行無情的清算。導致在短短幾年內，萬曆新政的改革成果喪失殆盡。
關於張居正的悲劇，大多數人歸結於他的改革對勢豪大戶懲抑太過。我看另外還有一個原因，就是他與李太後的關係已引起萬曆皇帝的極度不滿。
其實明代宮禁甚嚴，李太後與張居正盡管互相傾慕，也絕沒有勇氣進行這種可能會給他們帶來滅頂之災的嚐試。但是，改革的反對派們仍會捕風捉影，含蓄製造這兩個人的“緋聞”。民間的戲本中，就攻擊張居正“黑心宰相臥龍床”。朱翊鈞對張居正的清算之所以那麼殘酷，除了皇權與相權之爭，大概也是受了“緋聞”的蠱惑，從維護皇室尊嚴的立場出發而施以雷霆手段。
自從張居正死後，李太後再也沒有過問政治。她的兒子朱翊鈞迅速變壞，乃至40年不上朝。奇怪的是，李太後也沒有作出任何指責。她的態度為何有180度的大轉彎呢？這裏頭大概有兩重原因：第一是兒子大了，她再也無法管教；第二是張居正過早去世，她失去了可以信賴的後援而心情沮喪。
研究這段曆史，似可得出這樣的結論：李太後是最稱職的母親，而朱翊鈞卻是最不爭氣的兒子；張居正是非常合格的帝王師，而朱翊鈞卻是一位糟糕的皇帝。