麵對三十年代前期華北錯綜複雜的局勢，蔣介石對於像張伯苓這樣在地方上深具影響的人士特別倚重，不但發函征詢方策，還附來密電本，囑可直接向其建言。張複函稱：“承頒給電本，謹當密藏待用”，“苓遇事勉竭愚蒙用供采擇，但不願一知半解動擾聰聽。”可知，此時二人關係已非泛泛。1933年7月，具有南開背景的青島市長沈鴻烈因權力摩擦提出辭職，張伯苓為此一再函電蔣氏，力言“不宜聽其高蹈遠行以去”，“甚盼中央處置此事加以審慎”。不久，蔣複電：“沈市長由威（海）返青複任，乃中央懇切慰留之結果，報載易人之說不足據也。”對於張伯苓涉及人事安排的意見，蔣予以最大程度的關照。
這個時期，羅隆基任教於南開大學政治學係，並主筆天津《益世報》，該報對南京當局若幹外交舉措多有抨擊。蔣介石最初對這位自由知識分子施以籠絡，請張校長告知羅，蔣邀其南下並將親自接見雲雲。可是，其後《益世報》的言論並未“收斂”，南京方麵即勒令其停刊。為此，蔣委托黃郛電告張伯苓：平、津各報年來頗多持論偏激，行營認為莠言亂政，主以切實製裁。《益世報》未知審慎，因而獲咎，據聞尚係最寬大之處分，隻須該報能了解國家立場，認識地方環境，持平立論，不難力謀恢複。顯然，蔣希望張起到配合和緩衝作用。張伯苓深得最高當局倚重，昔日友人不免有所請托，而張卻回應：“最近雖於國務時有參與，但俱屬虛名，與政界並無切實聯絡。”可謂虛實之間，應付裕如。
三
張伯苓政治地位的上升，有力緩解了南開辦學經費困局，來自國民政府的資助，也使學校的私立性質越來越名不副實。一個難以抗拒的現實壓力愈加明顯，即日軍步步緊逼，華北已危若累卵。張伯苓眼光超前，很早便做出在西部建立分校的決策，而到了1935年初，南開董事會正式討論將大學部改為國立的議案，此前，張已向行政院長汪精衛、教育部長王世傑通報此事。隨後，他又派何廉教授赴寧向教育部交涉改轉國立具體事宜。6月間在南開大學畢業典禮上，張伯苓宣布，將學校獻給政府，稱“現在政府領袖真能埋頭苦幹，我們應當改變從來懷疑政府的心理，依賴他們，所以願把畢生心血結晶的最高教育事業奉之政府，化私為公”。其後，張伯苓當麵向蔣介石表明了此一心願。幾乎同時，私立廈門大學改為國立，陳嘉庚先生終於卸下沉重負擔。張伯苓有否同樣心理，尚不得而知，他對國民政府高度信賴確乎無可置疑。政府方麵對於南開的國立訴求雖未即刻接受，但並入西南聯大之後的南開，實際上已屬國立性質，盡管正式賦予國立名義延後到1946年複員返津時。
在西部設立南開分校的設想，得到蔣介石鼎力讚助，他允撥五萬元作建校經費，這筆款項很快到賬。張伯苓遣人速購重慶杜家坪地段建築校舍，此處“無城市之喧囂，有山水之清幽”，靠近重慶大學，具有地利之便。這便是後來的重慶南開中學。蔣讚助南開渝校之舉，產生帶動效應，四川省主席劉湘亦捐款相助。不久，王世傑秉承蔣介石之意，任命張伯苓擔任四川大學校長。張以與嚴修有誓約終身辦理南開為由，予以婉拒。
就在此時，震驚中外的“西安事變”發生，張伯苓驚愕之餘，拍發私人電報給張學良，痛陳利弊，呼籲放蔣！後來美國《亞洲與美洲》雜誌刊文稱：“當委員長在西安被綁架的時候，張博士給少帥的私人電報在後來的釋放中起了重要的作用。”孔祥熙急電張伯苓：“吾兄與漢卿相知甚久，此時一言九鼎，當有旋轉之效”，請兄飛赴南京或西安，斡旋“陝變”。張隨即赴寧候命。南開大學全體教職員和學生會在得知事變消息後，或通電全國，或發表時局宣言，痛責兵變，維護領袖，重申法紀，敦促放蔣。在西安各方談判過程中，曾醞釀改組“內閣”，張伯苓被列為教育部長人選。蔣介石獲釋返寧，南開師生致電慶賀，學校為此特放假三天，其喜慶氣氛猶如節日。張伯苓稱此次事件為“逢大凶化大吉”。蔣氏隨後複電張校長：“陝變發生後貴校師生備極關念，甚為感慰，特謝！”事變和平解決，各地欣喜之狀，不獨南開為然，然該校與事件當事者關係之特殊，引人關注。張校長與蔣的互信更加牢固，而與少帥的交誼則戛然而止。
1937年夏，張伯苓參加廬山談話會，在南方逗留期間，平、津淪陷，南開大學被日軍炸毀。張臨大難而不驚，他向報界表示：毀掉的是校園，不死的是精神。《中央日報》刊發社評盛讚“南開精神”。作為最高當局的蔣介石為此作出“有中國就有南開”的明確表態，既是豪言，也是承諾。這似乎也預示著張伯苓將跟隨蔣氏在政治上走得更遠。此後，南開大學與另兩所國立名校組成西南聯合大學，在春城昆明度過艱難的抗戰歲月；而重慶南開中學則成為戰時陪都文化教育的一個亮點。張伯苓常駐渝校，辦學一如往昔的井井有條，聲譽卓著。校內聚集了不少社會名流或其家屬，如翁文灝、馬寅初、譚熙鴻、段茂瀾、郝更生、張平群等均借住校內宿舍。為數不少的各界要人的子弟進入該校就學，如盧作孚、曽養甫（戰時交通部長）、陳調元等人的子女。知名的南開校友周恩來、吳國楨、梅貽琦等不時造訪，而蔣介石亦多次來校，看望張校長。此時，南開的經濟狀況已有保障。據喻傳鑒、黃鈺生等南開元老憶述：南開被炸後，尚有資金百萬元之譜，彙至重慶，作為基金，投入在渝各實業部門，諸如水、電、水泥、民生、華西等公司，“莫不有南開肥本”。隻可惜，抗戰中期以後，大後方經濟陷入困境，南開資金所剩無幾。
四
抗戰期間在重慶，張伯苓的一項新的重要工作，是擔任國民參政會副議長，議長一職始由汪精衛、繼由蔣介石出任。其職責之重大，地位之高，不言而喻。這是全民抗戰為國效力的使命，按胡適等人的說法，是應國家戰時征召，張伯苓沒有推辭。國民政府選中張氏，自然是看重他的社會賢達身份，當然與政府乃至最高當局的密切關係也是重要考量。他的態度是：中國今日之局勢，非全國共同一致奮鬥，不足以挽救危亡，非服從一個領袖之主張，不能挽狂瀾於既倒。在多個不同場合，他更明確表示：“擁戴蔣委員長為唯一最高領袖”。張、蔣之間的互信，在曆史緊要時期，外露到社會政治層麵的最高點。
張伯苓履新，在參政會近百名各界精英麵前亮相，各方感受不一。與張資曆相當的黃炎培在日記中記述：伯苓在參政會發言“頗多失禮，聞者不滿”；“伯苓主持（會議）慌亂，致會場大嘩”；“副議長張伯苓致詞，甚失當。此君總是如此，真無如之何”。諸如此類，不一而足。中共方麵參政員周恩來評論自己的老師則出言謹慎：伯苓先生是教育家，從事政治非其所長。《新民報》記者寫道：“主席張伯苓，老態龍鍾，有如導演無聲電影。”但官方的《中央日報》每每報道張在參政會的表現就大不相同：張先生的講演，“足以提高國人抗戰信念，詞畢，全場興奮”。蔣介石更是以細微的關懷，不斷的探訪，鼓勵和支持張伯苓的工作，還邀請他到中央訓練團講演《學校訓育問題》。就是在這一講演中，張伯苓首次談及“入黨”問題：“……更要與黨發生密切的關係，須知從前入黨的使命是在推翻專製，而今後入黨的任務是抗戰建國，較前更為重大，每個國民都要為黨而努力奮鬥，使黨的基礎日趨穩固，建國事業才能成功。”此後不久，張伯苓加入了國民黨。此舉雖有當年大學校長被要求必須入黨的背景，但同虛與委蛇者相比，似尚有區別……