與單純物理的客體性實在不同，意識是具身的（embodied）的主體性實在，同時在認識上它又是自遞歸的。鑒於意識在存在論和認識論上的獨特性，因此，我們提出：一個恰當且全麵的意識理論除了完成上述兩重任務外，它還必須做好如下兩個預備工作，即廣義現象學和方法論。簡單地說，一個恰當且全麵的意識理論要完成的工作包含對如下四個方麵的描述、解釋或說明：（1）廣義現象學。它的核心是回答意識是什麼。它要從日常的體驗、內省和反思，從現象學的體驗和反思，從東方禪修的止觀，乃至從病理學的體驗-觀察中澄清和界定意識的內涵和外延；在意識與無意識的現象學對比中，突顯出意識在演化中的價值和功能。（2）形而上學。心與身-腦相關，但心與身-腦的關係的本質是什麼——是二元的還是一元的？是因果性？依賴性？隨附性？相關性？相應性（correspondence）還是同一性？心-身關係是意識研究中最根本的形而上學問題，如果這個問題不能得到恰當理解，意識之謎就無望真正被解決。（3）實證科學。它的最終目的是理解意識在所有這些層級——從神經係統，到神經元，到分子，到量子——上的機製。就目前而言，廣受關注的是神經係統層麵上意識機製的問題，例如，意識神經相關物（NCC）或最小的充分必要條件是什麼？無意識心智活動與有意識心智活動之間神經表征的差別是什麼？為什麼分布式的、時序上有先後的神經網絡的活動會最終顯現為一個統一的意識體驗？（4）方法論。正如埃德爾曼所言：“雖然人們對自己的意識進行報告是有用的，但是單純的內省在科學上無法令人滿意，這種報告不能揭示隱藏在它背後的腦的工作機製。然而，僅僅研究腦本身也不能使人明白意識究竟是怎麼回事。這些限製說明要把意識引入科學的殿堂必須采取特殊方法。”因此，我們認為意識研究的方法論問題必須受到特別關注。不同的方法——第一人稱的體驗-反思、第二人稱的體驗-觀察、第三人稱的觀察——會使我們注視到意識的不同方麵。如何有效地、恰當地和綜合地實施這些方法是意識研究不可忽視的方法論問題。
理論的形成是對某一現象研究走向成熟的重要標誌。既然意識是人類最親熟的現象，是人類生活和文明的基礎，因此，意識研究和意識理論的建立無疑會對哲學和基礎科學的發展產生巨大的推動作用。我們可以看到，在過去20-30年間，已經出現了一些符合我們上麵所提標準的較為全麵的意識理論，諸如巴爾斯（B.J.Baars）、尚熱（J.P.Changeux）和迪昂（S.Dehaene）的全局工作空間理論、克裏克（F.Crick）和科赫（C.Koch）的神經生物學理論、埃德爾曼（G.Edelman）的動態核心理論、裏貝特（B.Libet）的時控理論、托諾尼（G.Tononi）的信息整合理論、達馬西奧（A.Damasio）的意識的感受理論、漢弗萊（N.Humphrey）的演化理論等。此外，還有一些偏向於哲學的理論，諸如丹尼特（D.Dennett）的多重草本理論、塞爾（J.Searle）的生物自然主義、查默斯（D.Chalmers）的自然主義二元論、羅森塔爾（Rosental）等人的高階理論、瓦雷拉（F.Varela）等人的神經現象學、威爾曼斯（M.Velmans）的反身一元論等。
就一個好的意識理論而言，我們當然希望它能為複雜而多層次的意識現象提供一個統一的說明，就如同演化論和遺傳學統一了生物學，相對論和量子力學統一了物理學那樣。然而，目前的情況是，上述諸理論仍然處在最終的統一意識理論出現之前的競爭和整合的階段：不同的理論因為研究者各自有限的學術背景而呈現出不同的偏好和側重點，它們在論戰中既相互批判也相互借鑒和融合。在這裏，我們無法就當前的各種意識理論做全麵深入的闡述、分析和比較。不過，克裏克和科赫、埃德爾曼以及達馬西奧大致在相同的時期都就意識理論的框架闡明了各自的假說、理據和構想。