“非典”過後，王耀獻的表現贏得了醫院領導的信任，給他加擔子了，腎科病區由38張增加到62張。他後續的發力也沒有讓院領導失望，科室業績在全院遙遙領先。對於當時受到“非典”嚴重創傷的東直門醫院來說，王耀獻為穩定人心、恢複業務作出了表率作用。
兩年後，眾望所歸，通過競聘，王耀獻走向副院長崗位。在這個崗位上，他又以科研態度，開始了對醫院管理的實踐與探索，換句話說，管理變成了他的科研延續。先後參加北大、清華管理培訓，係統學習管理理論，涉獵世界曆史、經濟、金融等雜學，為他日後管理方麵成就奠定了基礎。
2009年5月，王耀獻成為了東直門醫院掌門人。此時，距離他博士畢業，剛好10年。
這位東直門醫院院史上最年輕的院長，究竟想要怎麼來撐起這家醫院呢？
“任何事都有鑰匙，就看你能不能找到。”王耀獻找到的鑰匙叫做“人心”。
“不能讓職工認為誰當院長都沒有希望。一定要抓住人心。我在當時提出了一個觀點：沒有滿意的職工就沒有滿意的病人。”他解釋道，“偶爾去治愈，常常去關懷，總是去安慰。必須強調一個醫生的人文素質，否則病人永遠不滿意。那麼，職工滿腹牢騷能服務好病人麼？不能！當院長無非是兩個滿意——病人滿意、職工滿意。其中，職工滿意是讓病人滿意的基礎。”
從來都腳踏實地的他不擅長唱高調，也不習慣唱高調，他一出手，做的隻是小事——把醫院一件廢棄的倉庫整理出來，建成“教授餐廳”，副高以上職工可以在這裏享受自助餐；提高夜班值班費，不能讓他們連吃飯打車都不夠；頒發禁酒令，中午喝酒被發現者立即免職；禁止院領導參加各科室的聯誼會……
抓福利、抓風氣，如果說每個單位都是個小社會，王耀獻想要做的就是營造一個公平、和諧、健康的氛圍，把職工凝聚到一起，引導他們對事業對病人的責任感和奉獻精神。“管理是土壤，人才是種子。假如管理不好，即使有人才也會流失，參天大樹也會枯死；假如會管理，土壤肥沃，小樹苗也能長成參天大樹。”這，就是王耀獻針對管理提出的“土壤與種子學說”。
“管理是軟科研，也需要科研的精神。我的院訓改了四個字：求是善行。前兩個字代表對真理的追求，後兩個字是對醫院的做法。”王耀獻又開始普及他的科研觀了。
院長的時間去哪兒了？
時間都去哪兒了？
2014年，這句話被無數次提起。王耀獻卻認為，那些總在說沒有時間的，其實是沒有將自己要做的事情理清楚。
作為一院之長，他並不會事必躬親，而是將執行力交給相應的負責人。“我隻做決策，從不參與具體的紛雜事務。隻有不會管理的人，才會天天忙得沒有自己的時間。”這個直率的漢子甚至說，“不放權，要麼是摻雜個人私利，要麼是對部下不放心。”
在他眼中，與其去做那些諸如商務談判一類的事務性工作，還不如留出時間來帶學生、出門診。至於事務，隻要把相關負責人沒有管到的督促一下就好了。何況，他還要跳出圈外，來看待東直門醫院的長遠發展。
過去，東直門醫院在行業內的知名度很高，但是社會知名度就不那麼樂觀了。“要得到社會的承認，才是根本。在現有格局無法改變的情況下，我希望能在東直門醫院力所能及地去做幾個試驗田。總體模式還是圍繞職工滿意和病人滿意，後來又加上政府滿意，為政府分憂解愁。我的理念是，在公益中求效益。”
這就涉及到東直門醫院近來年專注的醫改了。王耀獻認為，醫改的核心是強基層，強基層的核心是強人才。為了扶助基層中醫院，東直門醫院專門成立了“中醫戰略聯盟”。到2015年初，參加聯盟的基層醫院已經超過110家，輻射近20個省，京津冀地區更是受益良多。東直門醫院每年抽出專項人力、物力和財力，為聯盟成員辦學習班，出動專家前往巡診。最令人稱道的是，為培養基層醫務人員的科研能力，東直門醫院設立了中醫戰略聯盟科研專項，接納基層醫院申報課題投標，中標者由東直門醫院為其提供科研款項。公立醫院改革的典型代表就是東直門醫院東區，前身為通州中醫院，而今，即將成為北京市最大的中醫院。“這樣一來，優質的醫療資源由中心區域疏解到郊區，符合北京市的發展戰略，而通州的居民也不用再這麼麻煩跑市裏了。”
2013年，東直門醫院國際部成立，這是國內針對高端醫療做出的試水，同時也是在打造首都對國際的一張中醫名片。東直門醫院的試驗田又多了一塊。
然而，對於這位堅持“一切皆為科研”的院長來說，最終不過是大道歸一。2014年，王耀獻獲得全國五一勞動獎章。而現在，他卻開始思考未來管理梯隊建設的事了。
“這幾年，製度逐漸完善，人才隊伍也起來了。下一步，我的工作重點也該轉移了。我還是想做純學者，繼續當好醫生，這是我一輩子的追求和本分。另外，我還想傳經布道，當一個能讓其他人少走彎路的管理導師，把我的經驗傳播出去。”
事實上，王耀獻已經在做了。目前，他正擔任全國中醫院院長培訓的首席專家，還在籌備想寫一部《管理學孫子兵法》。“管理就像打仗。”喜歡軍事曆史題材作品的他說，“兵無常勢，水無常形。放眼全球，縱橫捭闔，真正的希望還在年輕人身上。”