“中醫科研有中醫的規律性，臨床科研有臨床的規律性。不是隻有坐到實驗室裏才叫科研。畢竟實驗室和真實病案之間相差還很遠。科研必須建立在臨床之上，形成一種探索的精神和習慣。”據說，那幾年，經他之手寫的病例數量之多，無人能出其右。而他這位住院醫師，也真的是名副其實——“住到醫院，隨叫隨到”。
“既然當了醫生，這一輩子就得奉獻，就得付出。我不覺得累，相反，那是一個幸福的回憶。親手讓病人轉危為安，就像藝術家做出一個精美藝術品一樣，是一種享受。”王耀獻說。
1995年，作為河南省中醫跨世紀人才，王耀獻被派往北京進修。第二年，考入北京中醫藥大學攻讀博士學位。讀博期間，在導師呂仁和教授教導下，從臨床思辨到科研思路，得到進一步提升。求學之路正如爬山，攀登越來越吃力，視野卻越來越開闊。
1999年畢業後，王耀獻沒有急功近利地為晉升報課題，還是把功夫用在病人身上，在臨床中體會和理解導師提出的“微型癥瘕學說”。癥瘕是中醫病名。癥，征也，有形而可征也；瘕，假也，假物以成形也。癥瘕指肚子內長有腫塊，或脹或痛的一種病症，相當於現代醫學說的腫瘤、炎性包塊等病。為什麼強調微型呢？腎髒內部病理變化靠傳統的望聞問切無法解決，隻有借助現代技術，才能看到腎髒微觀世界真麵目。“微型癥瘕”合起來即是：腎髒病時間長了，腎髒內部氣機阻滯，瘀血內停，久而久之就形成了類似癥瘕的東西，隻不過叫微型癥瘕，微型癥瘕的產生過程相當於腎髒纖維化的過程。這個學說源於糖尿病腎病研究，代表課題“止消通脈寧治療糖尿病腎病的研究”獲2001年度教育部科技進步二等獎。但王耀獻在臨床實踐中，把該學說由糖尿病腎病引入其他慢性腎髒病領域，並提出了聚散消長理論。他發現，癥瘕形成不僅僅是結果，更是是個動態消長變化過程。所有慢性腎髒病進展，是腎纖維化過程，也是微型癥瘕形成過程，由於各種病因持續存在，導致腎髒功能上不斷耗散，結構上不斷積聚，最後造成腎髒形成微型癥瘕，閉塞了經絡，壅堵了水道，而成為尿毒症。圍繞微型癥瘕學說，王耀獻和他的團隊做了很多科研，如國家教育部博士點基金資助課題、國家自然科學基金課題、國家科技部“重大新藥創製新藥”專項、中醫藥行業科研專項（慢病項目）等，培養了幾十個研究生，得到了全國同行認可，其中代表性成果“腎絡癥瘕基礎與臨床應用研究”獲2008年度中華中醫藥學會科學技術獎二等獎 。
“慢性腎髒病病程很長，甚至會延續一輩子，很多人得不到合理的治療，又或者求醫之路很曲折。那麼，從得病到終點（透析或者死亡）全過程中，如何才能得到自始至終的合理治療和合理關懷，盡量延緩病情進展速度呢？”王耀獻根據腎絡癥瘕理論，提出了中醫慢性腎病治療的一體化模式，針對不同發病階段製定了一係列治療方案，這才達到了臨床科研的目的，“來自於臨床，服務於臨床。”
“每次在臨床上有了新想法，我們就會去用基礎研究來驗證。從基礎研究裏發現了新東西，也會再用於臨床。譬如說，我在基礎研究時發現，抗腎纖維化軟堅散結藥（海藻、牡蠣、龜板、鱉甲）比活血化瘀藥（丹參、紅花）好。用傳統觀點不好解釋，但經過臨床驗證，軟堅散結藥卻有延緩腎衰進展的作用，這就和基礎研究互相呼應了。再比如，治療腎衰大家都喜歡用大黃，可是我的動物實驗發現有的還不如不用的好，再聯係到臨床，也不是所有病人都適合用大黃，與每個人體質有關，大黃不能被千篇一律地用在慢性腎髒病中，胃腸熱結的人適合，脾胃虛寒的人就不適合。”
“把中醫理念和現代科研結合起來，也就是整體觀和還原論結合起來。實驗室是還原與分析方法，中醫看病是整體觀的方法，結合起來，對臨床科研來說更合適。”述說這些時，王耀獻的眼中閃動著光芒。
當問到“為什麼不繼續申報大獎”時，他說：“我不是科研家，科研隻是我的生活和工作態度”。
管理，是他的科研延續
2001年，王耀獻從東直門醫院調到東方醫院，任主治醫師。
剛到東方時，該部的腎科隻能算“半個科室”——七八張床位，僅有的幾個病人還是其他科室不願收的臨終關懷病人。來找王耀獻的，大多是請他開個降糖藥、降壓藥。“人家隻是來開藥的，可是我就問問人家有什麼症狀啊，順便指導一下，慢慢就取得了病人的信任。”三個月後，腎科的床位住不下了，醫院這才給了腎科一個獨立病區。
一個主治醫師撐起了一個腎科，王耀獻的名字在東方醫院不脛而走，慕名而來者絡繹不絕。
“我趕上了好時代。”王耀獻說的“好時代”是指，東方醫院和東直門醫院開展競聘上崗，爭奪人才。2003年3月13日，剛提了3個月副高職稱的王耀獻被任命為東直門醫院腎科主任。
他忘不了這個時間。因為，一周之後，北京出現了“非典”，東直門醫院出現了“非典”。
新官上任，還沒開始“燒火”，就碰上如此嚴峻的考驗。外人看來，王耀獻是真夠倒黴的。他卻有一股拗勁，既然已經這樣了，那這把火就從應對非典開始燒起吧。
“東直門醫院是重災區，被政府封閉了，整個醫院隻留了50多個病人，我的病區就管了一半多。”不是院裏為難他，實在是腎科的透析病人不能出院，王耀獻隻能接下這個壓力。後來的日子裏，腎科前後出現了三個“非典”病人，但在王耀獻的指揮下，科室裏沒有一個醫護人員受到感染，大背景是整個醫院已有二三十個醫護人員感染。“你身上正氣足。”事後，有人這樣跟他說。