陰曆正月二十六日清晨，努爾哈赤將大軍分成兩部分，大部分騎兵直撲覺華島，少量兵力繼續攻打寧遠城，以牽製城中守軍，阻其呼應島上。城中連續激戰兩日，將卒早已疲憊不堪，而破損城牆又亟待修補，根本無法派兵支援覺華島，袁崇煥隻能眼睜睜看著後金鐵騎向覺華島而去。
後金騎兵從覺華島北麵打開了突破口。島上明軍多係水手，又經幾日鑿冰之苦，寡不敵眾，全軍盡沒，平民7000餘人也幾無幸免。屠殺之後，後金縱火焚燒糧倉，濃煙蔽島，火光衝天，明軍在關外的重要後勤基地頓成廢墟。
後金撤軍，臨走時，留下話來：“待四月草青之時，再去攻城。”寧遠保衛戰的勝利，為袁崇煥贏得了巨大的聲譽，因為此前朝中所有官員都一致認定他守不住寧遠。他守住了，為自己爭得了主動權。皇帝給他升了職，遼東巡撫。經略高第等人，按兵山海關，拒不救援，獲罪。
鋪天蓋地的讚譽向袁崇煥湧來。山西道禦史高弘圖在奏疏中說：“寧遠被圍，舉國洶洶，一重門限，豈是金湯？自袁崇煥有死地求生，必死無生之氣，則莫不翕然壯之……然後知從前無不可守之城池，而但無肯守之人與夫必守之心。今崇煥稱必守矣，況且出奇挫銳，建前此所未有，則又莫不翕然賢之。”
也有人提出，覺華島之屠幾乎抵消了寧遠之捷，所以此役雖勝實敗。但正如薊遼總督王之臣所說，倘若寧遠不保，後金必將長驅直抵山海關，覺華孤島焉能幸存？況且，島上諸將卒皆力戰而死，比之此前望風而逃之輩，又長了一段誌氣。
勝利是毋庸置疑的，而勝利所帶來的影響比勝利本身要大得多。對此持論最為貼切者，當屬兵部尚書王永光：“遼左發難，各城望風奔潰。八年來賊始一挫，乃知中國有人矣。蓋緣道臣袁崇煥，平日之恩威有以懾之維之也。不然，何寧遠獨無奪門之叛民，內應之奸細乎？”
士氣和信心，比什麼都重要。
然而袁崇煥的信心時時經受著考驗和衝擊。1626年，魏忠賢領導的閹黨再興大獄，前禦史黃尊素、吏部員外郎周順昌、蘇鬆巡撫周啟元、左都禦史高攀龍、左諭德繆昌期、禦史周宗建、禦史李應昇等，被魏忠賢誣以貪贓受賄之罪，全部下獄拷死。“東林黨人”再遭毀滅性打擊。
也是在這一年，蘇杭織造太監李實步浙江巡撫潘汝幀的後塵，給魏忠賢造了一座生祠。祠堂本是祭祀已逝祖先或先賢的宗廟，而魏忠賢尚且活得好好的，就有人為其建祠堂，可見其勢力之一斑。明熹宗朱由校不僅不反對（也可能是不敢反對），還為其題額曰“普德”。
國內立即掀起了給魏忠賢立生祠、歌功頌德的高潮，成為明晚期一道惡劣風景。遠在邊關的袁崇煥也加入了這一行列，他和薊遼總督閻鳴泰一起上書皇帝，請求在寧前為魏忠賢立祠。皇帝賜名曰“懋德”。
袁崇煥此舉當然是違心的，但他沒有辦法。事實上，寧遠之戰結束後一個月，袁崇煥就曾向皇帝上書，直言反對太監出鎮軍中。袁崇煥認為，軍中戰守之總兵已經夠多了，如今又來了六個太監，而太監又有隨行，軍法不能約束，有害無利。皇帝說，內臣出鎮清查，實屬萬不得已，況且這幾個人都是精挑細選出來的，秋毫無擾，所以不必多慮。
朱由校反複叮囑袁崇煥，魏忠賢赤心為國，守法奉公，他的手下一定也是如此。
袁崇煥無奈，忍氣吞聲，為痛恨之人立生祠，希望以此避免閹黨掣肘。他必須抓緊時間籌備邊防，以防後金來犯。
草青之時，後金沒來。
草又黃時，努爾哈赤死了，他的兒子皇太極即位。
袁崇煥派使者前往沈陽吊唁，以探努爾哈赤之死是否屬實。也就是在這段時間，袁崇煥開始與皇太極議和。按照《明史》的記載，議和之話題是後金提出的，他們意欲攻打朝鮮，故而求和，以阻止袁崇煥趁機出兵。
袁崇煥似乎也想利用這個時機，整修邊防，恢複失地。他在給皇帝上書時說，錦州、中左、大淩三城亟待修複，可以和為計，趁後金忙於東事，抓緊修城；等到後金知道真相時，三城已經完工；即便他們再起戰火，也不過燒至關外四百裏的錦州，寧遠無憂，山海關無慮。
梁啟超先生認為，以和為守，以守為戰，正是袁崇煥對付後金的核心策略。
三城尚未全部竣工，袁崇煥收到了皇太極的書信：你明說議和，卻暗修城堡，是何道理？
1627年5月，後金解決了朝鮮問題，再次進攻寧遠。
上將由來無善死
像他的父親一樣，皇太極抱著必勝之心前來，卻帶著失敗離開。
後金先圍錦州，不下；後攻寧遠，又不下。袁崇煥坐鎮寧遠全盤指揮，滿桂與趙率教奮勇護城，遂保兩城不潰，時稱“寧錦大捷”。
這次勝利沒有給袁崇煥帶來好運。像寧遠大捷一樣，寧錦大捷的功勞又多數算到了太監的頭上。在給督餉禦史劉徽奏章的批複中，皇帝說，寧錦之捷係魏忠賢殫心籌劃、委任得人之效。
但魏忠賢並不滿意，在其授意下，一堆人開始大肆攻擊袁崇煥，指責他不救錦州。事實上，袁崇煥並非沒有援救錦州，他隻是認為寧遠之兵不可妄動，但此時他的辯解已不起任何作用。7月，袁崇煥免官，回鄉。
在家鄉，袁崇煥過了一段寄情山水的生活，會友，吟詩，募修廟宇。在他人生的最後幾年，這樣的輕鬆閑適並不多。
1627年9月，年僅21歲的天啟皇帝朱由校駕崩了，他17歲的弟弟朱由檢接替了皇位，年號定為崇禎。本該舉國悲痛的時刻，朝中的許多大臣卻長出了一口氣，他們覺得新皇帝登基也許會帶來新氣象，改變目前亂作一團的朝政。
朱由檢沒讓他們失望。上任兩個月，他就削去了魏忠賢的職位，並命令他離開京師。12月中旬，這個臭名昭著的太監自殺身亡，他的親屬和黨羽遭到了殘酷的清洗。
第二年夏天，在多數廷臣的強烈要求之下，袁崇煥重新回到北京，恢複了他在東北地區最高軍事長官的職位，以兵部尚書兼右副都禦史，督師薊遼，兼督登萊、天津軍務，而且被賜以尚方寶劍。
這是袁崇煥一生事業的頂點，再往後，他開始在不知不覺中向下走，一直走到不可能再向下之處。這個下降的過程不長，總共不過兩年時間。
兩年中，袁崇煥身上發生了三件值得反思的事，它們全都爭議巨大。
第一件，是他向新皇帝許諾“五年複遼”。袁崇煥似乎被浩蕩皇恩感動得過頭了，未加思索，便脫口給出了一個讓皇帝十分高興的期限。事後，他的同僚問及五年平遼的策略，他說，皇上聖心焦勞，所以安慰他一下。從1622年到1628年，六個年頭過去了，他性格中自負和情緒化的一麵還是沒有改過來。
第二件，是他殺了皮島（今朝鮮椴島）總兵毛文龍。毛文龍率領一支兩萬餘人的軍隊，長期孤懸遼東海外，基本沒打過什麼勝仗，而且私通後金，虛領軍餉（謊稱有兵十餘萬），殺降人謊報戰功，幾年來遊離於明朝管轄之外，確有死罪。但袁崇煥殺掉毛文龍，還是有些冒失，即便他有尚方寶劍。因為許多大臣認為毛文龍可以起到牽製後金的作用——這些大臣中，有一部分被指為閹黨遺孽，據說他們曾收受毛文龍的巨額賄賂。
《明史》記載說，朱由檢得到袁崇煥殺毛文龍的消息，大驚，但念及毛文龍已死，自己還要倚賴袁崇煥，所以下旨表揚袁崇煥，以安其心。
但毛文龍的支持者卻在京師散布消息，說袁崇煥之所以要殺毛文龍，是為了與後金講和，以化解自己“五年複遼”的承諾危機，而後金開出的條件就是殺掉毛文龍。
1629年夏天時，北京城中的輿論已經對袁崇煥十分不利。
第三件事，是由後金可汗皇太極發起的。1629年10月，皇太極避開寧錦防線的袁崇煥，率大軍繞道內蒙古，費盡周折，從喜峰口越過長城，陷遵化，又陷通州，直逼北京城下。事實上，袁崇煥此前早已數次提醒朝廷注意防範這條路線，但始終沒有得到重視。而且後金所破隘口，係薊遼總督劉策所轄，所以，當袁崇煥得到京師告急的消息，率5000騎兵從間道風馳電掣馳援北京之時，他覺得自己最起碼是無罪的。
他不知道，死亡的陰影已向自己襲來。
在廣渠門外，袁崇煥打了一生中最後一次勝仗，他擊敗了皇太極。但這場勝利不能挽回他的命運——北京城中早已流言遍布，市井小民說後金突至，乃袁崇煥縱敵；朝臣則說袁崇煥是引敵長驅，逼迫皇帝接受和局。
恰在此時，兩個被後金抓獲的太監逃歸，帶回了更確鑿的證據——他們親耳聽到了後金士兵的對話：袁崇煥與皇太極有密約。實際上，這是皇太極設下的反間計。
這一年，陰曆十二月一日，袁崇煥下獄。
“上將由來無善死”，就像袁崇煥在詩中所寫的那樣，他最終走上了和熊廷弼一樣的命運終局。
八個月之後，1630年秋天，袁崇煥以通敵賣國之罪，被磔於市。
《明史》上說：“初，崇煥妄殺文龍，至是帝誤殺崇煥。自崇煥死，邊事益無人，明亡征決。”
如今的寧遠城頭，依然處處飄揚著寫有“袁”字的旗幟。
寧遠歲月是袁崇煥一生中最輝煌的篇章，他在這裏先後擊敗了後金兩位傳奇人物。努爾哈赤與皇太極，父子二人，都止步寧遠，飲恨而歸。
事實上，直到1644年朱由檢在萬壽山自縊身亡，後金也沒能突破寧遠，進兵山海關。
這彈丸小城由此成了一個傳奇，它的象征就是袁崇煥。
走在遍布歲月痕跡的城牆上，我常常忍不住浮想聯翩：倘若明朝多幾個袁崇煥，或者，袁崇煥沒有被磔死，曆史又該呈現出怎樣的麵貌？
梁啟超先生在《袁督師傳》中說：“若夫以一身之言動、進退、生死，關係國家之安危、民族之隆替者，於古未始有之。有之，則袁督師其人也。
這是一個高不可攀的評價。