1.報賬係統平台建設不完善
係統軟件平台的規範建設，對整個係統的運營起著至關重要的作用。網上預約報賬係統操作平台的上馬準備工作繁重，前期報銷係統模塊設計工作量大，主要包括相關會計科目設置、範圍的界定、登錄人員權限、個人信息的錄入及銀行端口等財務功能界麵設置。報銷模塊科學、精細的設計對編製財務決算表及高校財務管理密切相關。任何一項設置不完整，將影響後期的運營、業務處理、信息質量。
2.報銷信息錄入不規範
由於缺乏固定的或專業的報賬人員，報賬人員呈多元化，而財務報賬政策性較強。傳統報賬模式下，習慣於當麵交流，有錯及時糾正。實行網上預約報賬，操作相對較複雜，存在報賬人申請、簽批、審核的報賬流程，個別人對新生事物會存在一定的抵觸心理；加之報賬人非專業會計人員，因個人層次不同，操作流程不熟悉，對經濟業務歸類、審批等存在非專業性，易導致隨意擴大項目開支範圍、內容、隨意改變資金用途，不按項目進度進行，導致支出結構不合理，預算執行嚴肅性受到影響，同時增加了報銷退單的風險，重複遞交，預約次數增加，網上審批次數增加、無形加大重複工作量。
3.培訓不到位
教職工忙於教學科研，不可能集中在某個時間進行培訓，加上對象的廣泛性、層次性、分散性，由有限的財務人員進行大規模培訓的工作量巨大，要對一個不懂財務的“門外漢”在短時間培訓成一個熟練工有相當大的難度和壓力，易造成培訓的不到位、培訓效率低等問題。
（二）財務安全性方麵
1.網絡風險
網上預約報賬係統依賴於網絡媒介，生存於網絡環境中，網絡係統的開放性增加了網絡風險，而財務數據具保密性、專屬性，對網絡係統的穩定性、安全性要求較高。通常情況下通過高校財務平台，實行內部局域網，財務網絡與外網實行物理分隔起到了防火牆的作用，但由於與外網的聯係，人為的和非人為的破壞，比如黑客的攻擊、病毒的入侵、係統的癱瘓，銀行支付方麵是否實行專線管理等，都將對財務安全性構成威脅。因此財務軟件平台和網絡係統，任何一個環節出現障礙，都將影響網上報賬順利進行。
2.單據傳遞
實行網上預約報賬，報賬人不用排長隊，通過網上預約後對單據采取櫃台投遞、投遞箱等方式的傳遞都將麵臨資料傳遞過程單據遺失的風險。
3.人為因素
網上報賬的業務處理過程中，若崗位職責分工不清，操行與審核、執行與管理、實施與維護等不相容職務未分離，導致網上修改數據不露痕跡、隱蔽性高，人為操縱舞弊風險增加；加上財務人員非計算機專業人士，對電腦知識缺乏，風險防範意識不強，若無專人負責網絡維護，出現隨意更改添加軟件功能，導致執行風險、維護風險、記錄風險、報告風險等財務風險增加。
（三）製度建設方麵
由於開放式的網上財務辦公環境，針對不同情形，對財務人員權限及操作方麵規程、網絡財務等配套製度的建設及相關監督體係必不可少，製度不完善，報銷無法可依、無據可查，磨擦增加，矛盾升級不可避免；財務漏洞增加，無法保障數據信息的安全。
（四）空間製約性方麵
網上預約報賬係統使得報賬工作在校園網這個開放的環境下實現了由有形向無形、從現實到虛擬的轉變。對於住在校外的教職工，報賬存在空間限製，無法在校外完成網上預約報賬。
三、網上預約報賬模式下如何完善財務管理
（一）重塑財務管理目標
隨著教育市場化進度的加快，財務活動由封閉型走向開放型，財務日常管理中重視成本控製、目標管理等經營理念得到升華。在財務活動中，要以戰略的眼光，加強財務管理及監督，將財務目標由過去追求社會效益最大化的單一目標轉移到追求經濟效益和社會效益最大化的複合目標上，實現財務管理目標由單一化、事業化轉到多元化、經濟化、產業化、績效化，並逐步走上科學化、理性化、合理化的軌道。
（二）改變財務管理手段
1.實行“統一領導，一級管理、二級核算”的財務管理機製
在高校的統一方針政策下，明確權責利關係，落實領導權、財權、事權，由學校統一領導；財務部門實行一級管理：審核、監督、管理，讓財務人員有更多時間對財務信息數據進行挖掘；二級部門進行網上報賬、會計核算，做好報賬前的基礎工作。隻有考慮到資源配置方式的科學、合理安排，高校財務管理體製設計是否優化才能在高校財務管理體現。
2.加強複合型會計人才的培養
《會計改革與發展“十二五”規劃綱要》（財會[2011]19號）中指出：要著力打造熟悉會計審計準則製度、內部控製規範和會計信息化三位一體的複合型人才隊伍。對於新模式下，財務活動不僅體現在核算、服務、過程的管理方麵，更體現在監督、分析、預測、決策的綜合型管理方麵，因此要促進會計人員樹立以教職工為本的服務理念，培養協調溝通能力，提高工作主動性、積極性、責任感，加強自主學習、優化知識結構，努力成為一個複合型會計人員。