這種規模宏大、強力灌輸的政治學習活動，必然觸及了高級知識分子漸變麻木、惶恐的思想深處，趨安避禍，形成了身不由己的漩渦氣場，對主流思想的認可和吸納變為一大部分進步教授生存和發展的本能需求。
北大西語係教授季羨林1935年始留學德國十年，當時正值希特勒統治期間。季雖於1950年就提出了入黨申請，但過去一直認為這段曆史情況複雜，無法搞清，長期不能獲準入黨。1956年北大專門派人做了近兩個月的調查，收集三十幾份證明材料，又研究了他當時的著作和經濟生活情況，證明季當時就反蔣愛國，反對希特勒，因而為季做出明確的結論。季羨林心急之下，曾向校方提供了留德日記原本，供黨組織查證時使用。日記中必然有年輕時經曆的男女感情、人際評價等隱私內容，原本不便公開卻變相成了黨務人員的閱讀物，季的此舉純屬出於無奈，內心慌張一團難以言說。
六、由熱轉冷
1955年底市高校黨委內部宣布，已經作為黨員培養對象的全市教授、副教授共135人，占教授、副教授總數的8.8％。到了1956年教授及講師入黨驟然間形成井噴之勢，北大1月至9月共接收黨員339人，相當於1954、1955年兩年發展黨員總數的一倍多，一口氣接收了15名教授，其中有學部委員2人、副教務長1人、正副係主任5人，消滅6個白點，14個係中有10個係有了教授黨員。北京貿易學院黨委反複批判右傾保守思想，2月7日至10日的四天時間，竟一下子通過40人入黨，而1955年全年隻接收13人入黨。反右派運動一經展開，各級黨組織發現不少新黨員難以通過反右鬥爭的考驗，尤其以1956年大麵積突擊入黨、政治上不夠條件的新黨員最為嚴重。1956年全市高校共接收六千餘名新黨員反右一役後大約有20％的人被清洗出黨。1956年4月2日，市高校黨委組織部草擬出1956－1957學年度教授中發展黨的培養對象，其中最為耀眼的是13位科學院學部委員，計有周培源、湯用彤、金嶽霖、馮至、黃昆、張維、張光鬥、王竹溪、魏建功、江澤涵、戴芳瀾、段學複、梁思成。據市高校黨委組織部統計，截至1956年9月底止，已批準146名高級知識分子入黨，完成年度計劃的65％，現在高級知識分子中共有黨員758人，黨員在高級知識分子中的比例已由原來的17％上升到22.5％，其中批準了62名教授入黨，完成該項原訂年度計劃的84.9％。現有教授黨員共有164名，比例由原來8.5％增至13.6％。（見1956年10月18日《北京市高等學校接收高級知識分子入黨的情況》）1956年10月10日市高校黨委向市委彙報說，各校書記院長親自動手，培養談話，做介紹人，具體指導支部工作，教授發展總數相當於過去七年的12.5倍。高校黨委還稱，從7月份通過287人入黨到9月份通過123人入黨，有下降趨勢。現在是入黨旺季，時間已緊，需帶有一定突擊性，爭取完成年度計劃。
但這種入黨熱潮頗令黨內部分高層官員擔憂，一次次采取慢刹車的方式。1956年2月清華黨委一鼓作氣，派出專人對300多人的政治情況進行摸底，並組織近千名積極分子上黨課，黨委分書記興致所到，當眾宣布今後兩年要吸收20％的人入黨，招惹與會者興奮得又蹦又跳。市委主管常務的書記劉仁得悉後在2月28日批示道：“不要這樣宣布，這樣做，很容易追求數字，發展偏差。”
到了1956年底，有的高校開始陸續反映新接收的黨員存在一些問題，歸之於有些預備黨員因為入黨時審查得不夠嚴格細致，有時思想問題未能很好解決。北師大反映，“數學、化學、生物三係今年共接收新黨員125人，其中有13人，占10.4％，表現差，進步不大。”（見1956年12月25日市高校黨委《對北京市高等學校1957年發展黨工作的意見》）年底中央突然做出一個緊急決定：“在明年（1957年）基本上停止接收新黨員，隻有在有必要有可能的地區和部門，在確保新黨員質量的條件下，才可以接收一些人入黨。”細究起來，這蘊含著中共高層對1956年勢不可當的入黨熱潮有所不滿和反思，相當程度上認為出現了右傾和負麵的效果。
轉年，反右大戰即將來臨，中央當事者籌劃全局之中特意在1957年6月發出《關於在一兩個月後吸收一批高級知識分子入黨的通知》，認定有必要在一兩個月之後首先吸收一批在這次運動中表現好的左派高級知識分子入黨，一打一抑盡顯運動占先、平衡的謀略。
反右派運動一經展開，各級黨組織發現不少新黨員難以通過反右鬥爭的考驗，尤其以1956年大麵積突擊入黨、政治上不夠條件的新黨員最為嚴重。1956年全市高校共接收六千餘名新黨員，反右一役後大約有20％的人被清洗出黨。1956年以來各校共接收130名教授入黨，因暴露階級立場、世界觀等方麵的嚴重問題，因為是右派分子或嚴重右傾等原因被取消預備黨員資格的8人，延長預備期的16人，尚未最後確定的22人。
北師大教授馬特入黨時，就曾提出入黨後不參加黨的組織生活作為條件，而校黨委當初並不了解這個情況，就被基層支部因湊數之故“糊塗地”拉入黨內。鳴放時馬特同情右派言論，主張教授治校，很快即被清除出黨，情緒消沉，與黨組織的隔閡越來越大。北大中文係教授、老作家吳組湘也被取消預備黨員資格，理由是入黨時檢討了民主個人主義思想現在卻又不認賬了，不按期交黨費，反責怪支部組織委員不通知他，並說：“明知我忘交黨費，又不提醒，過幾個月開除出黨，豈不是在黨內造成恐怖氣氛？”
外國語學院黨委上報說，教授許國璋自我感覺入黨仿佛是謀士入幕，黨應該以謀士待我，我與黨應平起平坐，在教育問題上黨應聽我的。對右派的猖狂進攻認為是“民主生活空前繁榮”，在基層工會委員會中，支持出大字報批評黨委。更讓人詬病的是，“許的生活作風欠樸實，資產階級趣味比較突出，吃的好。”許國璋被延長預備期一年，從1958年11月23日算起（見1959年7月7日《外國語許國璋轉正》）1958年決定延長預備期的還有清華張光鬥、外國語學院周玨良等，尚未確定的有北大馮至、虞福春，清華李酉山、王英傑、史國衡，師大白壽彝等，這些著名教授都因各自一時之誤處於飄搖之中。1959年間，據北大、師大等七校調查，在預備期滿的763名預備黨員中，超過預備期兩年以上的就有100多人，占13％，其中有的已超過預備期達四五年之久。拖延之久，處理之重，拉鋸之烈，顯示各級黨組織對教授、講師預備黨員的政治行情有了懷疑、防範的新考慮。
七、磨難沉浮
五十年代對不適黨員的組織處理是極為嚴厲的，據1955年市高校黨委《北京市高等學校兩年多以來清洗黨員的情況》介紹，自1952年5月到1955年2月，通過“三反”、整黨、忠誠老實運動及辦理候補黨員轉正等工作，北京市高校共清洗隱瞞曆史的不忠實分子、階級異己分子、覺悟很低及消極蛻化分子等88人出黨。1956年黨雖然對高級知識分子采取的多是懷柔的溫和政策，但內部依然維持剛性的本質。如北大黨委報告稱呼馮友蘭、侯仁之為“投機取巧分子”，企圖混入黨內。侯仁之為北大副教務長，申請入黨一直艱難，主要在於他與一多年好友（托派重要分子）的關係未能查清，兩人之間保持通信有二十年之久，這個托派被捕之後從家中搜出二百多封侯的來信，其中有一封竟是侯告知自己要申請遞交入黨申請書，並說：“已按你告我的情況向黨作了交代。”北大黨委視其為一個敵情，不可獲諒，根本斷了侯的入黨夢想。1956年底北大物理係教授入黨一直是空白，唯一的積極分子、老教授王竹溪遲遲不能獲準，就是因為校黨委認為王對解放前擁蔣反蘇的政治態度缺乏認識批判，還有他竟然認為封建道德與共產主義道德差不多。
1956年3月27日，清華大學黨委書記蔣南翔在黨員大會上公開表態，顯示了黨內幹部強硬、正統的主流意識：“高級知識分子應該懂得共產黨是他們的光榮歸宿，靠個人本事吃飯而忽視黨的領導作用的思想必須徹底批判，即使在他們入黨之後也必須按照共產黨的道路徹底改造自己的思想麵貌，黨內不能有任何特殊的黨員，根深蒂固的實驗主義唯心思想必須徹底批判，政治上必須建立集體主義觀點。”
1957年反右運動及1958年交心、撥白旗運動對不少高級知識分子來說是一個個夢魘不斷的難關，在運動的汙泥中或折翅難飛，或脫胎換骨，其內心艱難竭蹶無以複加。
截至1961年7月12日，市委大學部統計全市高等學校中黨員人數已達四萬餘名，約占高校總人數的20％，為解放初期全市高等學校黨員總數（1314人）的30倍。這是中共高校組織在五十年代苦心經營、跌宕起伏的結果，其中最顯眼的是相當多的老教授身處思想風暴的中心眼，曆經九九八十一磨難，不由自主地裹擁在洶湧潮流中時浮時沉，他們集體向左轉向、信服和深深依賴，應該說是中國高級知識分子群體五十年代最耐人尋味的標誌動向之一，他們所有的付出和不對稱的代價值得後人細細玩味。