最令人焦慮的是，各高校普遍缺乏師資，黨團員教師人數既少，業務能力又差，連基礎較好的清華大學電機係也有將近三分之二的課程沒有人教。市高校黨委不得不號召所有黨團員一定要努力學習蘇聯先進的科學知識，鑽研教學，提高自己的業務水平。但事後市裏派人到北大、地質學院等校摸情況，發現許多黨團員教師業務不是鑽不進去，就是鑽不對頭。有的搞慣了政治運動，搞業務不習慣。而各校黨委的工作作風保留政治運動的老一套方式，用大刀闊斧、雷厲風行的熟悉方法做號召搞教學，不管教學實際情況，一來就是從上到下的鋪大攤子。
迫於高校淩亂不堪的景象，市委由此向中央提出：“必須培養出大批政治與業務都優秀的共產黨員教授專家來，黨必須經常用極大的關心來培養黨團員教師，幫助他們克服鑽研業務的障礙……目前高等學校中的黨員數量少，質量不高，在教師中黨的力量尤其薄弱，遠不能適應學校工作的需要。從長遠看，沒有一個強大的有戰鬥力的黨，則難以實現高等學校的根本改造。因此，必須積極地發展黨的組織，擴大黨的隊伍。”（見1953年9月北京市委致中央關於高校工作的報告草稿）
這份著名的報告內容還有兩點值得關注，一是首次提出要糾正理論學習中沿用多年的“三反”式思想批判的做法，二是在動員學生“大鬧天宮”之後，罕見地表明要把黨的工作重點由學生轉向教師，在教學工作中起主導作用的應是教師而不是學生。這就為神經緊繃的教授們擰鬆了閥門，原本“號召與命令”、粗暴的教學環境也因此得以些許的改善，而且黨的大門也稍稍地、不經意一般地向教授們傾斜開放。1953年8月13日市高校黨委會曾出過一份內部工作評價報告，他們分析從解放前地下領導學生反蔣反美，解放後依然領導校內曆次政治運動，似乎從來就沒有很好關注過教學工作，許多黨的幹部對教學十分生疏，不知道該做什麼以及如何去做。市高校黨委會對此決定，各級領導今後不要布置過多的社會工作，明確全體黨團員在學校中教好學好就是作了最主要的政治工作，摒棄了企圖依靠學生自下而上地推動教授教學改革的做法。
市裏嚴令，再也不能允許學生在課堂上稍有不適，當場就向教師遞條子提意見。由此企望改變學生“主力軍包打天下”的強悍作風。
四、從嚴把關
1952、1953年知識分子思想改造運動之後，高校黨員教師隊伍中新黨員占了絕大多數，市高校黨委組織部在1953年9月的《上半年建黨工作報告》中，曾經高調形容這批新黨員“確是解放以來曆次運動中新湧現出來的具有共產主義覺悟的優秀分子”。但讓校方棘手的是，新黨員幾年來過於投身政治運動，業務水平普遍較差，鑽研時又怕困難，又不願去接近老教授請教受益。
1953年市委組織工作會議提出高校在半年內應發展900人入黨，分攤到北大、農大等校每個支部平均在四個月內要發展30－50人入黨。北大黨委為了完成建黨的硬任務，抽調了11個正式黨員、22個候補黨員，成立了五個臨時支部，就是專門為了通過新黨員入黨。在這樣狂熱入黨風潮之中，教授依舊沒有作為發展重點。1953年高校黨委會在《北京市高等學校建黨工作總結》承認：“教授年紀大，覺悟低，受舊影響深，有些人曆史複雜，入黨是很困難的，不應作為學校建黨工作的重點。”
院係調整後，先後從地方、部隊調來不少黨員幹部到北京各高校“摻沙子”，高校黨委統計約為350多人。這些從老區來的農村幹部占據人事、黨辦等要害部門，對學校環境不熟悉，對知識分子不深入了解，因而往往過份強調知識分子出身壞，小資產階級氣味太濃厚，鍛煉少，用“不保險”為借口不敢在教授中進行建黨工作。對一些曆史或家庭社會關係比較複雜的申請人，這些幹部采取簡單放棄的態度，不進行必要的調查對證，他們給出的說法是“愈簡單，愈保險”、“沾邊不要”。
審查入黨的前期過程也成了教授們一道難過的關口，花樣之多、費時之長都令人恐慌。各高校普遍要求申請人要寫數萬言自傳，交待自己的入黨動機、思想轉變過程等等。連有的入黨介紹人撰寫審查報告，也得花費十幾小時。支部大會上黨員不切實際地要申請人挖思想根源，甚至要求分析父親的朋友對父親的影響等，挖不好就掛起來。1954年北京高校係統隻完成建黨任務63.5%，是全市完成最差的黨政係統之一。原因之一就是高校黨組織建黨過於顧及家庭出身，曾明確指示六類人加以控製，其中有直係親屬被鎮壓或判處較重徒刑者、本人曾表示不滿；有直係親屬及重要社會關係在資產階級國家或港澳台等地從事反革命活動或政治麵目可疑，與本人關係密切者；直係親屬、重要社會關係有現行反革命活動或重大嫌疑者，等等。高校黨委還額外細化了一些標準，最顯目的是以下幾條框框：“在土改、鎮反、三反、五反等曆次政治運動中曾有喪失立場行為，如給農會寫信替地主家庭辯解、替資本家父親寫坦白書、替反革命親屬開路條逃跑等。”（見1954年1月24日《北京市高等學校一九五三年下半年建黨工作情況報告》（初稿））
1954年3月市委又給高校係統布置新的一年建黨任務指標為兩千人，高校黨委看作艱巨，視為畏途，就是因為教授、講師入黨標準繁瑣苛刻，自縛手腳，無從展開。實際上，他們知道校內黨的力量很弱，能按教研室為單位建立支部的隻有人民大學一校，觸角伸延得很困難，大量的群眾思想情況收集不上來。到1955年3月，全市教授黨員隻有79人，占全體教授的6.9%。在北大、清華、航空、師大、北醫、農大等重點六校中，664名教授中僅有黨員22名，占3%。比例之低，與政策執行過於苛求有關，也與各校主政者不適當的謹慎相關，因為他們“對舊教授中一部分接受無產階級思想領導變為共產黨員的可能性估計過低”（高校黨委1955年11月21日報告評語）。
五、轉機再現
轉機出在1956年1月中央知識分子問題會議之後，知識分子對於政策的感知首次覺得溫潤、平和。校內流傳著多種說法，有的說周恩來表示可以和蔣介石進行和平談判，有的說中央答應張國燾從香港回大陸做一個新中國的公民，總之大家都了解到中央已有了一個明確態度，就是要減少建設社會主義的阻力。1956年4月中共中央組織部內刊《組織工作》披露中央最新指示精神：要在高級知識分子中積極開展吸收新黨員的工作，在今後7年內，使高級知識分子的黨員數量，達到高級知識分子總數的三分之一左右。目的在於進一步密切黨和高級知識分子的關係，更多地了解高級知識分子的思想情況和要求，以便於對他們進行教育和改造工作，使黨的政治思想領導得到更有力的組織上的保證。
這期《組織工作》刊發了權威評論文章《做好在高級知識分子中接收新黨員的工作》，鮮明批評了地方上一些過左、苛責的做法，針對性極強：盡管發展對象已經基本上具備了入黨的條件，仍然多方挑剔，不肯吸收他們入黨，常常把發展對象的某些思想作風方麵的缺點強調到不適當的地位，甚至把一些與政治完全無關的生活習慣，也作為拒絕他們入黨的理由。隻要他們思想中還存在某些唯心主義的學術觀點，就認為他們不夠黨員條件，不接收他們入黨，那就無異在黨章規定之外另外附加條件了……我們絕不能說在學術思想上如果有某些錯誤觀點，他就不能再繼續作一個共產黨員。要求高級知識分子的社會關係像一般工人、農民一樣簡單，就等於主張不要發展高級知識分子入黨，這是一種非曆史的觀點，那種隻選擇社會關係簡單的人培養發展，而對於社會關係比較複雜的人就無條件地采取懷疑和不信任的態度，當然是錯誤的。
雖然這篇評論文章最後表態，應該充分警惕高級知識分子變成“特殊黨員”，不能遷就，防止他們的資產階級思想作風在黨內起侵蝕作用。但通篇的主旨還是全麵檢討近些年來入黨程序上的失誤，高高拉起教授入黨的閘門。
1956年1月8日，市高校黨委組織部召開建黨問題座談會，著重研究在高級知識分子中發展黨的問題，與會者披露了不少學校建黨不易的內情：由於中央及市委組織部過去關於入黨問題的控製規定也有些偏嚴，如北大29個教授培養對象中，按市委組織部控製規定計算，有7人因有海外反革命社會關係及曆史問題而不能入黨。清華最近準備發展的6個教授中也有一半因海外反革命社會關係而被控製，電機係25個講師中就有21人屬控製範圍。（1956年1月20日《高等學校動態簡報》第117期）其實早在1955年，主管組織工作的市委書記處書記範儒生看到幾年間高校建黨遲遲打不開局麵頗為焦慮，號稱機密性極強的北京航空學院中教師黨員僅有48人，不到總數的十分之一；而新成立的北京工業學院也是對外保密重重，但11個機要專業教研室也有9個沒有黨員。範儒生在5月高校組織工作會議上抱怨說：“如果學校教師社會關係都是港澳台，家庭成員都是被鎮壓的，本人都是五類反革命，那學校辦不辦就值得考慮了。學校不可能把壞分子都集中起來。”他還批評道：“有人愛哭，就被認為不堅強，不能入黨；和別人吵過嘴即是群眾關係不夠好，也不能入黨；某積極分子在停電時未及時通知另一教員，一年多不能入黨；過去發展袁翰青、樊弘都出了大問題，現在教授入黨太困難，怕入黨後不好管理。你發展助教不解決問題，在教學上助教起不了作用。”
北大曆史係教授周一良申請入黨時才40出頭，屬於左派少壯代表人物。他的入黨受困於1940年左右在哈佛讀書時曾見過戰犯陳立夫，為美陸軍特別訓練班教過一年日文。為此，周一良寫過冗長的解釋文字，他說明隻是代表中國留學生出麵，要求陳立夫和美方交涉，免服中國留學生兵役；再則他給美軍上課，隻是專為美軍訓練對日作戰的翻譯，並無其他政治活動。1955年周隨翦伯讚到荷蘭參加漢學家會議，意外見到30年未見的堂姑母周仲錦，周仲錦請吃飯，周一良生怕以後說不清自己，不敢前往，回國後即向組織彙報。糟糕的是，有關部門似乎認定周仲錦是在西德活動的一個國民黨特務。周一良的夫人鄧懿為北大中文係副教授，解放前曾給美國間諜李克（1952年被捕，後釋放回國）夫婦補習過中文，鄧懿的弟弟鄧寶善則在台灣為國民黨軍官。反複審查多年後，直至1956年初才下結論：“未發現周一良與李克夫婦及鄧寶善有政治上的聯係。”作為出色的泌尿科專家，40歲的吳階平已經擔任北醫第二附屬醫院副院長。他的入黨卡在他的姐夫和老師身上，姐夫高淩南與陳立夫關係密切，曾當過國民黨政府駐新加坡總領事，但與吳自1935年後就不來往了。婁克思為協和醫學院的美籍教授，有關部門認為他是美國特務分子，吳與他有過來往，調查後也認定隻是一般師生關係。再者，據原城工部崔月犁證明，1943年後吳即與地下黨有聯係，曾給地下黨員看過病，但當地下組織動員吳去解放區，而吳未去。1949年後吳批判崇美思想，在抗美援朝誌願手術隊中表現刻苦，主動靠近黨，入黨態度非常堅決，但就因上述細節反複查證，拖延五六年而不得而入。