當前科研投入模式正遭遇全社會乃至科研人員自身的質疑，更與經濟社會發展的實際需求脫節嚴重，亟需改革。
科研資源“投入產出比”低下，正引起全社會關注。《瞭望》新聞周刊記者采訪多個科研院所、高等院校以及科技型企業了解到，在現行管理模式下，科研資源錯配、科研質量失察、科研成果擱淺等問題越發突出，大量科研人員也對此質疑不斷。科研資源管理模式，業已走到了改革邊緣。
2013年我國全社會研發投入已達1.2萬億元，其中財政科研經費5000億元，居世界前列。科研院所、高等院校以及各行業企業，構成了我國科研工作的中堅力量，也是科技資源投入的主要方向。
各界科研人員反映，目前分配方式決定了大量科技資源的使用效率低下，難以支持催生出數量大、質量高的科研成果，其中最突出的表現是，科技資源投入
《瞭望》新聞周刊記者走訪發現，目前全國科研院所、高等院校中的教授、副教授，承擔著大量科研項目，項目金額少則三五萬，多則數十萬。講師、在校研究生乃至本科生，也跟著“老板”搞科研，往往四處找發票報銷項目經費。
科研項目的來源廣泛，國家各個部委、地方各級政府部門都掌握部分資金，用以支持高等院校、科研院所和政府內部的研究機構展開各自領域科研工作。
“項目成果就是論文，由主管部門主持驗收，絕大多數都能通過。這種模式下，一些貼近權力、善於周旋的教授往往以量取勝，同時承擔六七個項目，同一個項目申請好幾個部門經費，一年的科研經費達到數百萬元，但拿出來的成果毫無新意、人雲亦雲，也沒人花心思追究，反正終究是財政的錢。”一位不願具名的知名教授對本刊記者說，“官大學問大，權大經費多”是當今我國科研投入模式扭曲的典型寫照。
對於科研項目的設置規則，科技部資源配置與管理司司長張曉原說，目前我國各種科研計劃針對不同問題的提出，分別由不同部門管理，但部門之間缺乏溝通協調，條塊分割造成科技資源配置碎片化，科研項目聚焦不夠。
與科研院所、高等院校的“撒胡椒麵”相比，在作為創新主體、更加貼近應用的企業端，尤其是一些科技型企業，獲得的政府科研資金支持盡管近年來有大幅提高，但仍捉襟見肘。
山東省有突出貢獻的中青年專家、濟南愛思醫藥科技有限公司總經理彭立增說，對於一些需要大量資金投入科研但本身又缺錢的企業來說，目前政府支持的科研經費比較少，像是“石頭小了，丟到水裏連個響聲都聽不見”。
“企業開展一個科研項目，相當於打一口水井，政府的科研經費投入相當於這口井的引水。如果沒有引水，可能這口井就不能出水，變成了死井。”彭立增說。
《瞭望》新聞周刊記者采訪了解到，目前企業申請得到的科研經費數額，通常與企業人員、規模、稅收等掛鉤，企業規模越大、研發能力越強，越容易得到政府科研資源支持。“真渴的企業喝不到水”，導致科研資源支持科研的邊際效應減小。
此外，民營企業申請國家科研項目更難。在爭取科研項目上，民營企業處於弱勢地位，申請同樣的一個課題，獲得的資金支持遠遠少於科研院所和高校。
“民營企業是競爭不過科研院校的，它們有那麼多的專家資源在那裏，我們什麼都沒有。最不公平的就是經費，憑什麼它們什麼都做不出來就拿1000萬，我們企業實實在在推動產品改革創新就隻拿100萬？事實上，民營企業更缺錢。”廣東佳德環保科技有限公司董事長劉勇說。
多位民營企業負責人反映，目前科研項目審批的評委普遍認為“企業有錢，科研經費不算什麼”，但事實上，除了國企央企和一些知名民營企業，大量創業青年、剛起步的民營企業，都麵臨科研啟動資金缺乏的問題。尤其在融資難、融資貴的背景下，政府科研資源是很重要的支持。
除了資源錯配，多位承擔科研項目的院校師生和科研院所專家指出，具體科研過程中，從課題立項、申請，到項目實施、成果驗收，都存在“隨意、鬆懈”的現象，稀釋了資源使用效率，影響了科技成就。主要表現在以下幾方麵：
一些課題立項就無實際意義。有在讀博士說，他跟著導師做的幾個科研項目，既無關於提高政府行政效能的，也無關於改善社會民生的，“感覺就像是政府部門預算多了花不完，拍腦袋想個題目讓院校專家來驗證一下。結果是，高校科研的攤子越鋪越大，論文發了不少，專利申請一波接一波，但很少有回報社會的價值。”
有受訪的教授坦言，課題立項也要征詢專家意見，但誰會說不呢？課題意味著收入，也意味著學術成果，否掉了別人的課題，自己也不會有好日子過。