光緒二十年（1894年）十月，恩澤擢升為黑龍江將軍，並署理吉林將軍職務。當時，駐紮於東北的將領多以驍勇善戰出名，其中不乏名將，如裕祿、增祺、延茂等人。如何服眾？這是恩澤上任後需要解決的頭等大事。如果說彈劾長順已使恩澤盛名在外，建功立業則是鞏固盛名最直接也是最有效的方式。回顧恩澤在光緒二十一年、光緒二十二年的動作所表現出的氣魄，我們完全有理由相信《黑龍江輿圖》完成的必然性。如果說積極剿匪意在向朝廷展示自己的軍事才能，減免稅收則表示出為民眾辦事的誠意，重審同知則表明了自己的政治立場。
一、積極剿匪
光緒二十年（1894年），東北地區遭遇了持續的災荒，再加上繁雜的地租和捐稅，迫使一般的農民無法生活。正是在這樣一個最壞的時刻，由於清統治者不能在實際層麵解決當地百姓的民生狀況，如此一來，它就把這一職能拱手讓給了一些造反者，而後者會加以利用，贏得被遺棄者的忠誠和追隨。
其時，在伯都訥以及烏拉兩地，孟毓奇（即孟福山）、朱承修等人借武聖教、如意教等名目，聚集民眾。隨後，其影響力漸次擴散。在張家口、奉天、吉林、黑龍江等處，亦不平靜，均有武聖教、如意教開壇拜教事。孟毓奇、朱承修借教會的名義，大肆許諾授予老百姓土地、房屋和財產，以便獲得窮人的支持。
此外，還用條文的形式規定了相關章程、儀式和會員應當遵守的戒律。這些舉動在某種程度上起到了動員群眾的作用，據當時恩澤給朝廷的奏議稱，教匪頭目“煽惑匪黨，約期謀叛，被其誘惑者，實繁有徒”。其中，以朱承修為首，自封為總兵元帥，其他人都有相應頭銜。麵對此等危及帝國基業的事件，朝廷立即給予了回應，下旨諭令恩澤派員對該等“教匪”實施進剿。
其時，恩澤初任黑龍江將軍，在東北境內尚未立過戰功，以震軍威。而此前新疆征戰的榮光畢竟已經久遠，恩澤亟須借助一兩件大事提升軍威。這個時間節點出現的“匪徒流竄事件”對恩澤而言，無疑是一個很好的機會。基於此，恩澤非常重視這次征剿行動。恩澤領命後，迅即調派翼長富順及營官保全等，在五常廳東山以內，並吉林府所屬十六窩棚等處，分隊進剿。是時，孟毓奇、朱承修等率領一班教眾敗入樺皮甸子，頑強抵抗。清軍則四麵環攻，擒斬多名。旋追至天成街，擒獲孟毓奇，審明梟示。複經翼長慶祿等派委營員，協同當地民團，在黑林子地方擒獲朱承修及起義軍總兵嶽祥，並就地正法。毋庸置疑，作為地方最高行政長官的黑龍江將軍恩澤，剿滅叛逆、維護地方穩定乃是其職責所在，我們沒有必要從道德的高度對他的這一行為作嚴格的評判。相反，我們更應該看到其難能可貴的一麵：與當時一般的朝廷官員濫殺無辜、邀功請賞略有不同的是，恩澤在這次征剿的過程中，除對首犯給予嚴厲打擊外，對於一些被裹脅的百姓作了寬大處理，訊明情況後即予開釋。
至光緒二十一年（1895年）正月，孟、朱等人發起的這場教眾叛亂最終被恩澤統領下的駐防清軍基本蕩平。盡管業已消弭禍端，清廷仍然感到心有餘悸，在其發給恩澤的諭令中嚴厲申斥，“教匪造言惑眾，並且刊刻邪書，到處散布謠言。時間長了，很容易蔓延，引起民心的波動。為此，亟宜設法查辦，以期消患於未萌。”但與此同時，清廷也對恩澤處理教眾的方式予以勉勵，認為該將軍在這一事件中不動聲色，妥籌辦理，尚稱迅速，沒有激化當地民眾的情緒，釀成事端，堪稱可嘉。
熱河一帶原本聚居著大量蒙古人。後金天聰年間，該地部落領袖紛紛投靠巴圖爾洪台吉。在巴圖爾洪台吉的帶領下為清朝取得江山立下卓越功勳。蒙古貴族遂獲得熱河的領土權。康熙年間，山東大批流民移居於此，以開墾荒地為生，第一批流民被稱為“雁民”，為後續災民的流入開了一缺口。乾隆初期，聚居於熱河一帶的流民已定居，並形成村落。漢民在熱河一帶初成規模，限製下層蒙古人的遊牧生活的同時，也使他們的經濟狀況陷入赤貧的危機。
蒙漢之間的矛盾是引起金丹道起義的內在動因。金丹道是由建昌縣楊家灣的楊悅春倡導的一種民間宗教組織，最初流行於朝陽縣、建昌縣、敖漢旗一帶，教民多為移居於熱河一帶的漢民。其最初的宗教活動近似於佛教，勸人向善，提倡熱善好施、行醫救人，頗為教民追捧。
隨著蒙漢矛盾的加劇，光緒十七年（1891年）十月，金丹道、武聖教、在理教及一些受蒙古貴族壓迫的佃農聯合發動起義。起義之火迅速蔓延至土默特二旗、翁牛特左右二旗、喀喇沁三旗、奈曼旗、朝陽縣、建昌縣、平泉州等地。“替天行道，掃胡滅清”的口號在起義過程中逐漸被置換為凡遇蒙古，無得免者”，演變成一場蒙漢民族的血腥仇殺。“所有蒙古村落、喇嘛廟、天主堂焚燒無餘，並接殺逃難蒙古。又起一逆名曰：巡山會，專搜深山溝壑藏匿之人。”金丹道起義典型地再現了農民起義中非理性因素的膨脹過程。十月二十四日，金丹道起義各路隊伍均遭到清政府的殘酷鎮壓，死傷兩萬多人。