光緒十五年（1889年），吉林副都統恩澤與琿春副都統卓淩阿對調，出任琿春副都統，並隨同吉林將軍長順幫辦吉林一切事宜。恩澤的仕途之路始有起色。隨後，恩澤表現出來的卓越治理才能，以及時勢發展的風雲際會，將他推向署理吉林將軍的職位，一個月後，清政府再度下旨擢升恩澤為黑龍江將軍，但鑒於當下戰事緊張，暫時仍署理吉林將軍。至是，恩澤的政治生命達到了頂峰，其軍事才能與政治才能在未來的幾年中也得以淋漓盡致地發揮。
一、中日甲午戰爭
光緒二十年（1894年）7月25日，日本在朝鮮半島海麵襲擊“濟遠”、廣乙”兩艘中國軍艦。同日，日陸軍突襲駐紮牙山的清軍。成歡位於牙山東部，地勢險峻，易守難攻。經慎重考慮，葉誌超、聶士成移師於此，並分左右兩翼展開。7月28日黎明，日軍集中主要兵力乘夜
突擊駐紮在右翼的清軍，
經過數小時的激戰，成
歡失守。葉誌超遂放棄
公州，直奔平壤。8月1
日，中日宣戰，甲午戰
爭全麵展開。
宋慶、依克唐阿率四萬多人駐守交通要道丹東縣東境，靜候日軍。10月24日，日軍第一軍取道鴨綠江，雖遭遇黑龍江齊字營的奮力反抗，終因武力懸殊，敗退至紅石粒子。
26日，日軍接連攻陷九連城、鳳凰城、岫岩等重要城池。10月20日，日軍第二軍直攻旅順、大連。11月24日，日軍占領旅順。光緒二十一年（1895年）1月，日軍再次發起對山東威海的進攻。3月23日，占領牛莊，登陸澎湖島。
光緒二十一年（1895年）年4月17日，李鴻章與日軍首相伊藤博文在馬關簽下《馬關條約》，清軍宣布投降。
恩澤雖未參與甲午戰爭，卻時時關注甲午戰爭的動向。光緒二十年（1894年）12月16日至翌年2月，依克唐阿、長順等率軍對海城進行五次反攻，卻始終未光複海城。聽聞此消息，恩澤恨不能親赴戰場調度指揮。恩澤與長順共事六年，之間卻沒有建立起深厚的情感。相較新疆八年的征戰，無論是金順還是劉錦堂，在恩澤心中都有很深的印記，原因在於金順與劉錦堂在作戰方麵表現出的卓越軍事才能為恩澤所欽佩。換言之，恩澤所欣賞的對象，除了有一身武藝馳騁沙場，而且需具備優秀的軍事才能。光緒二年（1876年）8月10日的黃田戰役中，清軍夜襲匪窩，劉錦堂各部占領山岡，金順率領部下右路進攻，餘虎恩等左路夾攻，順利攻取黃田。金順與劉錦堂在新疆諸戰役中表現出的軍事才能讓恩澤甚為心服。因此，恩澤視金順為忘年益友，視劉錦堂為師長。情感上，恩澤雖然親金順、疏劉錦堂，但是恩澤對兩人都敬重有加。相較之下，長順除了有高昂的作戰熱情，卻無精密的作戰計劃。知曉長順參加甲午戰爭，恩澤不禁心下暗憂。
甲午戰爭之初，長順上奏，“淮軍士氣消沉，神機營以及東三省的士兵雖人數眾多卻缺精兵勇將。大敵當前，前線卻無可用之將才，為救急前線，朝廷應速派精兵駐紮朝鮮，火速增援。”其時，日軍勢如破竹，直逼大連，長順仍上奏要求派精兵駐朝。可見，長順實屬有勇無謀。歌謠“依（黑龍江將軍依克唐阿）瞎打，長（吉林將軍長順）坐坡，宋慶（清軍前軍統領）一敗八百多”在東北民間長期流傳，亦可反映出長順麵對日軍時作戰的慌亂。
戰爭的結果可想而知，清軍連番潰敗，直到簽訂《馬關條約》。恩澤心雖有萬分惱怒，卻無處發泄。隻能屢次上疏，對《馬關條約》的簽訂表示抗議，並建議朝廷“戰”方能獲得一線生機，“和”隻能招致更多虎視眈眈的目光。但是，此時的清廷顯然已經沒有“戰”的能力和“戰”的勇氣，如恩澤一般所謂主戰派的奏議也隻能成為一紙公文，而被束之高閣。
二、“農安慘案”與“調查長順案”
明朝末年，農安一帶成為蒙古族的遊牧之地。清初，朝廷對東北土地實行封禁，將農安一帶劃為郭爾羅斯前旗地。由於自然災害、戰爭的影響，流民越來越多。為了解決流民去向，清政府逐漸放禁。其時，已開墾土地即使變成良田，仍被成為“老荒”，老荒之間的土地被稱為“夾荒”。